在明白了朱载坖的用意之后，李如松当然知道下面应该怎么做的，朱载坖对李如松说道：“参谋军务，乃是要务，朕托付于李卿，勿使朕失望也！”
朱载坖对于李如松所寄予的希望还是很大的，朱载坖希望李如松承担起参谋军务的重任，负责为朝廷决断军机要务，朱载坖将此次征讨努尔哈赤的战事交给了李如松，让他来掌握战事节奏，和在前线的张元功、严绍庭等人决定战事，朱载坖也警告李如松，张元功毕竟是公爵，同时又是前敌指挥，李如松必须要予以尊重。
这点李如松还是很清楚的，他虽然倨傲，但是并不是蠢货，他很清楚张元功的份量，他可是戚继光的弟子，同时也是深受朱载坖信任的勋臣武将，自然是要给予足够的尊重的。同时按照朱载坖的指示，和张元功等人商量好了应该怎么处置女真人。
在李如松的命令之下，辽东、大宁、吉林三都司和朝鲜之兵四面合围努尔哈赤，同时官军派出大量的尖哨和骑兵，打探女真人的情况，辽东地方官府和辽东总督衙署也发布命令，要求女真各部内附，接受朝廷的安排西迁，否则的话就视为叛逆同党，予以剿灭。
同时官军在辽东的骑兵也开始集结，作出一副要远出捣穴的态势，给努尔哈赤施加了强大的压力，在官军强大的压力的，辽东的女真人只有两个选择，要么放弃自己的祖祖辈辈所生活的地方，内附大明，迁往西北，要么就投靠努尔哈赤，和大明对着干，但是和大明官军作对，在女真人心目中还是一件很渺茫的事情。
而除了军事的打击之外，朱载坖还将功夫做到了战场之外，朱载坖发内帑给辽东地方官府，给愿意迁移到西北的女真人安家银等事项，给他们钱财，同时对于带领女真人来投奔大明的，按照带来人丁数量的多少给予官制，你能带来十个人丁，就当小旗，带来五十个，就当总旗，拉来一百，就当百户。
整个部落来内附大明的，还在这个基础上额外加两级，通过这种手段，大明要招揽大量的女真人去西北，同时削弱努尔哈赤的力量，将女真人分化成两部分，终于大明的和与大明作对的，很明显，中国有句古话，识时务者为俊杰，这句话在女真人这里一样很适用。
大部分的女真人都是俊杰，这使得努尔哈赤更加孤立，而明白了朱载坖意图的李如松在和张元功、严绍庭等人商量了之后决定逼努尔哈赤主动出击，官军和朝鲜军队封锁各处交通要道，断绝努尔哈赤的一切物资供应，使得努尔哈赤的后勤濒于崩溃，官军的目的很明确，就是逼女真人主动出战，而官军就可以以逸待劳，将其歼灭。
而在倭国，现在形势也有所变化，倭国的这些叛乱大名，公推毛利隆景为盟主，准备对抗大明和倭奴都统使司的土兵，但是毛利隆景自己的地位就不稳固，在前任家督毛利元就隐居后，毛利隆景与兄长吉川元春分掌毛利家大权。而后毛利元就去世，其孙毛利辉元继承家督之位，隆景与元春共同辅佐辉元统领毛利家，军事方面由元春负责，政务、外交方面则由隆景负责。
但是他们两人却不合，而毛利家的家督毛利辉元却不想和大明作对，因为毛利家的扩张沿用久用的结盟方式，与东国大名并不相同，毛利家东面五国的领地大多是威压当地豪族及小名而成，也就是继续他们“豪族之长”的精神。但问题是，这个形式并不十分强韧，如要约束这个“豪族联盟”的发展，必要的妥协并不能缺少，加上毛利家在军队上的不平衡发展——水军重于陆军，更使毛利家倚重盟友的陆军及自身强大的水军来保持强势势力。就如毛利元就所说：“我家十国，面对一次危机后可能只余五国，再一次、两次危机后可能只有原本吉田乡的领地”。
毛利辉元很清楚现在的情况，官军和亲大明的各土司，总兵力不下二十万，就凭借毛利家和这些丰臣、德川余孽，加起来不过十万之数，战斗力更是悬殊，在这种情况下，无异于以卵击石，但是若是不可能，毛利隆景恐怕也不会善罢甘休的，而且这些大名也不会轻易放过毛利家的。
同时毛利隆景也不好对付，丰臣秀吉对他有恩，十分赏识他，毛利家在秀吉麾下立功无数，而毛利家实质上的指挥官却不是毛利辉元，而是隆景。因为隆景的功绩，秀吉再三提拔，想让隆景脱离毛利家，成为独立的大名，但隆景却坚持婉言谢绝。但是隆景一直是很感激丰臣秀吉的。
而丰臣秀吉被官军所杀，隆景一直想报仇，这次能够纠集十万之众，他认为可以报答丰臣秀吉的知遇之恩，虽然毛利辉元不同意，但是他在毛利家的影响力是远不如隆景的，所以毛利辉元为了保全毛利家，选择放弃家督之位，携带家眷投奔大明，这样就可以两头下注了。
对于毛利辉元的投奔，方逢时等人是极为重视的，毕竟他也是倭奴都统使司众十分有份量的土司，他的主动投奔可以为视为一个对大明极为有利的消息，所以方逢时热烈接待了他，同时向朝廷奏报此事，为毛利辉元请封，朱载坖也当然明白方逢时的意思。
当即下达诏书，任命毛利辉元为倭奴都统使司都统佥事，许诺在平定叛乱之后给他一块土地，当然，石见银山自然是要收归大明朝廷直接管理的，但是毛利家依旧是倭国的豪族，同时还有大明的支持，对于毛利辉元来说，并不是什么坏事，他和大明是各取所需罢了。
同时提督刘綎也指挥各军出战，按照朝廷的命令，此战主要由倭国土兵开打，官军反而不做主力，只有这些土兵无法获胜时官军才会出战。