不仅仅对于这些藩属要加强管理，对于这些西夷，也要重点防范，朱载坖认为要海防、岸防并重，除了要修建大量的岸防炮台之外，对于远洋水师也要继续投入重金，同时朱载坖命令各水师要寻找可靠的锚地，不仅仅在大明沿海要建立水师军港，也要在各个藩属的战略要地建立军港，方便水师屯驻。
这样一方面加强大明对于这些藩属的控制，另一方面也加强水师在远洋作战的保障，朱载坖命令内阁和军机处完善大明的国防政策，报请朱载坖御批之后昭告天下，通过这种方式，朱载坖调整了太祖的政策，从对藩属的放任自流到加强管理，以大明的宗藩体制建立大明在南洋的势力范围。
同时眼下的事情就是对于东北、西北两场战事的处理，朱载坖认为朝廷的战略就是优先解决东北的事情，同时也要加强对于西北战事的支持，除了军事手段之外还要使用外交手段，多管齐下，加强朝廷对于西北的控制。
除此之外，就是处理东北的善后事宜了，朱载坖认为，女真人最好还是不要待在东北的好，为了彻底的消弭女真人对于东北的祸患，同时加强朝廷对于西北边防的控制的，朱载坖认为要将女真人有计划有步骤的迁移到西北去，一方面是利用他们在蒙古人中打一颗钉子，互相制衡，保障朝廷在西北的稳定，同时将女真人从东北迁出，消弭他们对于聊懂得额威胁。
同时改变朝廷之前对于女真人的态度，之前朝廷对于女真人的态度是分其枝，离其势，互合争长仇杀，以贻中国之安，让女真各部各自雄长，不相归一，让女真各部彼此互相牵制，陷于分裂、混战不休的状态。这不光是之前朝廷对于女真人的办法，甚至是朝廷对于各少数民族的一贯做法。
朱载坖对于这种做法并不赞同，朱载坖认为这种办法有养蛊的可能，这点是极为危险的，朱载坖认为朝廷之前所采取的这种制衡措施很容易养蛊，还是要想办法加强对于这些边疆少数民族的控制，而迁移女真人到西北去就是第一步尝试，女真人和蒙古人不同，他们本就掌握了农耕技术。
从辽开始，女真人就会农耕了，金国在建国之初就确定了发展农业的方针，提倡不忘稼穑的艰难，所到之处屯种，轻徭薄赋以劝农，特别是金太宗在对宋战争已取得胜利之后，把奖励农桑作为恢复生产的主要政策。从太宗起经熙宗、海陵王到世宗大定、章宗明昌，北方各族人民在较为安定的生产环境中，从事正常的生产劳动，使北方农业逐渐走向恢复、发展和繁荣。当此之时，群臣守职，上下相安，家给人足，仓廪有余，“天下治平，四民安居”，号称“小康”。
而在前元，为了加强对女真人的管理，在其居住区内恢复了辽金时期的旧驿道，使处于黑龙江口的女真人西通蒙古地区，南达元大都。其次，蒙古贵族在女真地区提倡屯田耕种，扶助农耕，促进了女真社会的农业发展。除了肇州及水达达屯田万户府外，还有不少女真人被迁到滨州、辽河、庆云等处专事耕耘，元朝发给农具、耕牛。这些女真人的农耕水平是很高的。
同时，女真人能征惯战，如果能够为大明所用的话，确实是一把好刀，所以朱载坖准备将这些女真人迁移到西北去，一来是他们会耕种，能够在西北扎根，二来就是通过女真人制约蒙古人，同时用女真和没有回教化的蒙古人来对抗回教在西域的传播，这点是很重要的，朱载坖对于回教一向是严加防范的，朱载坖决不允许宗教凌驾于朝廷之上，敢有这种想法的，一定要重处。
所以朱载坖命令先从尼堪外兰部做起，将这些内附的女真人安排到西北去屯垦，编成卫所，加以屯田，同时也要要求张元功、严绍庭等人严加进剿，对于女真人予以严惩，将这些不恭顺的女真人予以消灭。
而同时提督参谋军务总署李如松也向朱载坖上疏，他认为张元功、严绍庭在辽东的进展太慢，请求朱载坖严敕其从速进剿，作为李成梁的长子，李如松在辽东待的时间不算短，对于辽东还是比较了解的，他认为女真部落松散，即便是努尔哈赤有觉昌安、王杲的血脉，能够号召起一部分建州余孽，其兵力也是不足的。
所以李如松要求张元功、严绍庭立即进剿，将其歼灭，但是由于朱载坖之前已经密旨给张元功、严绍庭了，要他们一定要稳妥行事，所以张元功顶住了李如松的压力，仍旧在调集兵马粮秣，派遣尖哨查探情况，并没有轻易进兵。
朱载坖也召见了李如松，询问李如松对于此事的看法，李如松的看法很简单，现在官军已经对女真人形成了泰山压顶之势，兵贵神速，就是要迅速进剿，李如松为此还弹劾了张元功和严绍庭，认为他们贻误战机。
朱载坖直接对李如松说道：“按兵不动，是朕的旨意。”
这下轮到李如松有些惊讶，朱载坖在用兵上是极少直接干预作战的，一向都是放权给大将们处理，这点居然破天荒的直接干预作战这是很稀奇的事情，而且是以密旨的形式下达了不同的命令，朱载坖当然知道李如松对此有些不解，朱载坖问道：“以卿之见，努尔哈赤现在要干什么啊？”
李如松说道：“陛下，自然是招降纳叛，好抵抗朝廷大军。”
朱载坖点点头说道：“李卿说的不错，既是如此，何妨再等他一等呢？”
李如松当然不傻，他明白朱载坖的意思，就是要让这些对大明心怀异志的人都跳出来，才好一举歼灭，所以朱载坖才命令张元功暂缓用兵，就是等待努尔哈赤聚集力量。