对于在刘綎的指挥下，官军迅速进剿，朱载坖还特地颁布上谕，在讨平倭乱之战中立功最大的土司，朱载坖会任命他为倭奴都统使司都统使同知，这点对于这些土司们的诱惑力还是很大的，因为对于现在的倭奴都统使司来说，所谓的都统司年纪尚小，而且在大明的严厉控制之下，是不可能履行什么都统使的职务的，而同知显然就是已经是都统使司的长官了，要是能够当上这个都统同知，就相当于成为倭国土司的长官了，虽然比不上之前的倭王权势重，但是依旧有很大的权力，所以不少有实力的土司也想要争取这个同知的地位。
同时官军大举扫荡，对于这些反叛的倭国土司，刘綎的态度是很明确的，就是破城杀人，杀到他们胆寒为止。虽然对于刘綎的举动，也有一些言官上疏弹劾，认为刘綎杀戮过重，但是朱载坖一概予以留中，根本不予理睬，同时还密旨给刘綎，要他大张挞伐，以彰天威，刘綎自然是心领神会，指挥官军大开杀戒。
而在辽东，朝廷虽然调集了重兵，但是却并没有发动攻势，将努尔哈赤部包围起来之后，官军逐步推进，稳扎稳打，在切断努尔哈赤的物资供应渠道之后，辽东地方官府开始将这些内附的女真人迁移到西北去，按照之前朝廷所设定的方案，对于这些蒙古人，朝廷要采取集中安置与分散安排相结合的办法予以安置。
所谓集中安置，就是以部族作为单位集中安排，在西北临边之地重新建立建州卫、建州左卫和建州右卫，发挥女真人为大明屏障的作用，而同时为了防止女真人做大之后反而威胁大明，朝廷还是要将这三卫予以分开安置，同时由官军加以监控，这样的话，既让女真人发挥大明藩篱的作用，又要防止这些女真成为大明的祸患，这点是极为重要的。
而一些不愿迁移的女真人则是投靠了努尔哈赤，最开始努尔哈赤是极为高兴的，因为的实力一下子从不过万余人扩张到了三万五千余精壮，使得努尔哈赤的实力现在比之以前提高了数倍，但是很快努尔哈赤就笑不出来了，因为这些几万张嘴是要吃饭的，尤其是这些所谓的精壮，他们要能够保持战斗力，是需要粮秣食品的。
而现在官军严密封锁各处道路，别说粮食这种大宗物资，就是食盐现在努尔哈赤都极为短缺，但是官军虽然聚集了大军，但是张元功和严绍庭谨守营垒，控制各条交通要道，却并不进攻，努尔哈赤当然很清楚官军的意图，就是准备困死女真人，官军有粮秣可以转运，冬季也可以就近运输煤炭和进行樵采等方式度过辽东的寒冬，但是缺乏物资的女真人就很麻烦了，但是要想主动进攻，对于女真人来说也不容易，官军都是修筑了各种工事，目的就是为了扼守要害，不让女真人突围。
现在天气还比较炎热，同时女真人擅长渔猎，再加上王兀堂部之前毕竟还是有一些储备的，所以现在努尔哈赤尚不缺乏物资，但是他很清楚，一旦这种封锁的时间增加，对于女真人来说是极为不利的，到时候官军依靠封锁就能够使得女真人的战斗力大打折扣，努尔哈赤也尝试了几次去进攻官军的小型营垒，发现根本就是得不偿失。
张元功等人严格限制各个小型营垒所储存的物资数量，同时官军各部之间以烽燧等形式加以联系，将骑兵作为机动部队加以部署，使得官军的互相支援能力很强，而且官军凭坚据守，又有火器之威，女真人往往要付出不小的代价才能够攻克官军一个小据点，还要冒着官军支援部队迅速赶到的风险，即便是攻破这些营垒，所得的物资也是非常之有限的。
这种消耗对于努尔哈赤来说是极为不利的，因为官军可以随时补充兵员，而女真人要想补充兵力就很难了，对于女真人来说，这些消耗就是慢性自杀罢了，他也在苦思冥想，想要找一个破局之法。
而在大明朝廷，对于辽东战事，朝廷之上也是讨论不少，朝廷调集重兵于辽东，但是张元功、严绍庭却顿兵不战，每日所耗费的钱粮何止千万？不少官员都认为朝廷应该迅速结束此战，减少国帑的浪费，但是朱载坖显然不是这么想的，战胜努尔哈赤其实并不是一件难事，以大明现在在辽东所集结的兵力，一鼓作气击败女真叛军，不是什么难事，但是朱载坖要的不是击溃战，而是歼灭战，朝廷必须要毕其功于一役，这次彻底消灭女真对大明的风险，所以朱载坖的态度就是不惜物力，要选择最稳妥的方案才行。
所以之前朱载坖就和李如松等人商量过了，朝廷的策略是逼其主动进攻，朝廷先在野战中将其击败，然后在大军进剿，永绝后患，这样做的好处是稳妥同时能够最大程度的永绝后患，当然大军长期屯驻，所耗费的钱粮也是极大的，但是朱载坖的看法是宁可耗费钱粮，也要彻底消弭女真对于大明的威胁。
所以对于朝臣的上疏，朱载坖都予以留中，同时以上谕的形式明发军前，要求张元功、严绍庭等人持重用兵，务求必克，在朱载坖上谕的指挥下，官军不断缩小包围圈，步步紧逼，压缩努尔哈赤的活动空间，逼迫女真人主动追求和官军的决战。
李如松之前就和张元功等人商量了，兵法有云，围师必阙，对于女真人来说也同样是如此，官军也给女真人留了一个破绽，就是朝鲜军队，这次官军也征调了朝鲜军队参与围剿女真人，其实大明也很清楚朝鲜军队战斗力孱弱，所以也朝鲜方向也配置官军以加强实力，但是总的来说，在官军的参与围剿女真人的各部中，朝鲜方向确实是相对比较弱小的，这也成为了官军的一个破绽。