对于这些事情，朱载坖都一一予以安排，在这其中，新成立的军机处还是发挥了很大的作用，对于军务的处理，军机处还是比较有效率的，一般都能够当日给出意见，提请圣裁，同时朱载坖也频繁的召见军机大臣们，或者有时候整天在军机处与军机大臣们一道处理政务，得到决定之后，军机处可以直接使用急递迅速的将上谕或者是军机处的命令向各部或者是相关衙门予以传递，效率确实是比之前高多了。
同时朱载坖也在完善内阁和军机处的各种职权，内阁是负责处理朝廷日常事务的部门，主要是负责政务的处理，而军机处主要是负责军务的处理，两者之间是有明确的界限的，同时军机处的保密程度更好，保密措施也更加严谨，这点也是军务的特殊性的所决定的。
在之前的改革中，朱载坖通过练兵军务处将原本属于兵部的对官军的指挥调度之权收归皇帝，然后又通过军机处将镇协和卫所官军统一到一起，加强了朝廷对于军务的管理，也成立了相对独立的军令机关，负责管理大明卫所和镇协官军，但是朝廷的军事改革不仅仅要收权，更加重要的就是对于军事体制的改革，卫所制度现在存在很大的弊端。
尤其是在东南，之前的抗倭战争中，东南的卫所全然无用，只能依靠募兵抵御倭寇的袭扰，谭纶在担任兵部尚书的时候就曾经说过：“比来法令废弛，行伍空虚，各该卫所官军大都桀鷔不驯，顽钝无耻，驱之戎行则恍然自失，责之城守则恬若罔闻，于是乃复以供赋之民受登陴之役，事之倒置，未有甚于此者。夫彼以积弱自名，难于不教而战，水陆之防固无望矣。至若撄城自守，力犹可为，顾又所养非所用，所用非所养，则又焉用养彼为哉？”
南方的各个卫所，几乎是全无战斗力，即便是朱载坖大力整顿之后，也只能够从南方各都司中拣选情况，以镇协官军的标准予以训练，才保证了各都司都有一支可用之兵，但是南方的都司卫所糜烂，确实已经是非常严重的问题了，在之前的备倭之战中，唐顺之、胡宗宪等人就对于大明卫所的孱弱有了很深刻的认识。
之前这些重臣们曾经向朱载坖上疏讨论过此事。他们认为：“东南事体绝与西北诸边不同，西北诸边虽是兵财殚弱而成法具在，储粮恤兵，岁有画一，只是废坠不举耳。若东南事体，一则以海寇猝起，事属于草创，一则以连年被寇，力尽于支吾取办，一切未虑经久，其大者臂指相使之体统未明，唇齿应援之机宜莫辨。”
而戚继光等卫所出身的军官们对于卫所其实也是满腹抱怨，他们在讨论卫所和募兵的优劣还有东南各西北的差异的时候曾经说过：“至如浙直所募之兵则朝南而暮北，有今日在浙江应募，明日在淮扬应募者，如暂时雇倩之人，主人不得而有之，又安得而用之。军需则移东以补西，一年之财只彀半年支用，无名之费百出于民；而军人告缺四月、五月，缺粮者往往而是，大率昔人所谓不终岁之计。祖宗时备倭规制，沿海屯田水寨诸法漫然无迹可考矣。故西北诸边莫急于振旧废，东南海备莫急于定新规，此其大较也。”
这点朱载坖确实已经注意到了，在北方和南方，卫所的表现是截然不同的，北方的卫所，主要是军官们对于军屯的侵占，和卫所军户滋生繁衍之后的屯田不足问题，但是朝廷从获得一定制度弹性的卫所中、已经应募的士兵中抽调精锐，同时循着上一期募兵、募军经验继续扩大召募，将之集中训练，组成具有一定机动作战能力的营兵。东南则不同，废弛的卫所未经整顿，随之废坏的海防设施和规制需要重建，北边的募兵经验并不全然适用于东南，骤然扩大的军费开支需要经理，这使得雇佣性募兵的出现和新的财政、基层组织的改革成为必要。
换言之，北方的卫所还是具备战斗力的，主要朝廷能够解决卫所的军屯和保障士卒们待遇，北方的卫所还是能够迅速恢复一定的战斗力的，同时朝廷在北方卫所中征募士卒等一系列工作也比较顺利，但是在南方问题则相对复杂，南方的军户不愿待在卫所中，对于应募参军的热情也不高，同时南方卫所的糜烂程度也更甚，这点确实是非常令人头疼的问题。
所以在对于兵制的问题上，东南和西北呈现出两种截然不同的态度，北方的各个都司卫所经过整顿之后，将多余军余抽调组建新卫所，落实给军户的军屯，保障脱产士卒的待遇之后，成为朝廷镇协官军的有力补充，卫所官军在北方很得力，使得朝廷能够将镇协官军作为机动兵力予以征调，和隆庆以来对于卫所的整顿有很大的关系。
但是在南方，基于抗倭以来的经验，南方官员们对于整顿卫所并没有多上心，他们认为客兵异地作战缺乏保卫乡土的意愿，不仅不受当地官府节制而且有剽掠所得的物质利益，以致浪费朝廷财政资源和扰乱地方社会秩序，所以东南上下对客兵多持反对意见。乡兵在军事上具有保卫乡土的防御意愿而缺乏前往邻近地区的协防意愿，粮饷上处于自备、官养的两难之境，时间上因农业生产的季节与倭寇入侵时间相合而难以寓兵于农。所以在管理、选择、训练、赏罚上完全由官府主导的募兵成为合适的选择。
他们主张废卫所，行募兵，但是在朝廷上此事的反对声浪一样是很大的，都司卫所乃是大明祖制，怎么可能轻易废除，朱载坖对此也是不能赞同的，但是南北方对于此事的争论越来越大，加之南方在整顿卫所军屯的过程中，卫所和地方的矛盾频发，使得地方官府认为卫所是御敌无方，扰民有术。