除了这些之外，对于朝廷来说，为了加强对于这些土司们控制，最重要的就是加强对于这些土司继承和升迁贬黜的管理，同时这些手段，逐步加强对于这些倭奴土司的管理，按照朝廷对于这些土司的管理制度 ，对土司有考察制度，对土司实行升迁和惩罚。凡土司善民者又忠于职守或立有军功者得以升迁，对于违犯朝廷法度的，也要予以严惩，在这点上大明的制度还是比较严密的。
土司若有犯罪者皆给予惩处，惩处之法亦比元朝要更加严厉。违制犯罪行为包括违抗朝命、争袭夺印、互相仇杀等。违抗朝命者多发配他地充军；争袭者除不准袭职外，还要发配远地；互相仇杀者除本人处死外，家人还被迁往他地，对于一些严重的犯罪，甚至予以处死等极刑，如四川马湖土知府安鳌，弘治八年，为事问拟凌迟处死，家口迁徙。
对于这些土司犯罪，朝廷的态度一向是轻重有别，对于一般的土司犯罪，不可尽绳以法，因此在处理土司犯罪时采用宽贷或赎罪的形式较多。但是对于涉及到对抗朝廷等严重犯罪的时候，朝廷是绝对不会手软的，对于这些情况，朝廷一向都是采取严厉打击的办法，以维护朝廷的权威，尤其是朱载坖即位以来，对于土司的态度更加严厉，敢不恭顺的，都要予以打击，对于这些倭国的地方势力也同样是如此。
除了这些之外，还有就是对于土司承袭加强管理，大明对于土司的承袭，管理是十分之严密的，所有的明文法令皆在防冒袭及因承袭不明引起族人的争端。承袭的经过大概是：土司应将承袭之人依次呈报，在呈请袭职时，要取上司印结、本人宗支图及邻境保结方能承袭。
按照朝廷的相关规定：土官在任，先具应袭子侄姓名开报合于上司，候亡故，照名起送承袭。为了防止冒袭等事情的发生，后来朝廷还规定：“预取应袭儿男姓名造册四本，都、布、按三司各存一本，一本年终类送本部，以凭查考。以后每三年一次造缴。土官病故，该管衙门委堂上官体勘应袭之人，取具结状宗图，连人保送赴部，奏请定夺。”
同时对可袭人的顺序、年岁亦有明确的规定：“令土官应袭子孙，年五岁以上者，勘定立案。告袭之日，年十五岁以上者，即令袭职。如年未及，暂令协同流官管事。”
按照朝廷的规定，承袭顺序是：土官有子则长子继承，无子则按孙、婿、妻、舍人（土司家族）、女及外亲。妻、女承袭时有发生，如云南楚雄府同知高政死后，因政卒无子，妻袭，又卒，其女奏乞袭知府。上曰：‘皇考有成命，令袭同知。”
一旦为朝廷查获冒袭等行为，朝廷是要予以严肃处理的，轻则予以罢官夺职，重则甚至要出兵征讨，绝其种类，对于倭国同样是如此，之前这些所谓的大名对于承袭一事是全看自己的心意，倭国朝廷是无法管理的，但是现在大明是要管的，要经过安东都护府审核，向礼部理藩总署上奏批准之后，才能够予以承袭，加强朝廷对于倭奴都统使司麾下土司的管理。
对于这些土司，朱载坖还准备实施土流结合的管理办法，在土司之后也并不是全是土官，也要有相应的流官，同时对于土司也要予以升赏，作为朝廷控制这些土司的重要手段，朱载坖在和礼部以及相关的重臣们商量之后，决定在倭奴都统使司实行土流结合的官制，土知府以下，都是世袭的土官，这点不必有所变更，而土知府以上，如宣慰使、都统司佥事、同知等官，则是实行流官制度，从土司中选拔忠诚可靠，对大明恭顺的土司担任，通过这种形式来加强大明对于这些倭奴土司的管理和控制。
同时朱载坖还给方逢时下达了上谕，对于这些土司，首先是要申以信义，也就是向他们宣布大明朝廷相关措施，虽然朝廷将倭国除国夺封，但是针对的仅仅是倭国王室，只要没有参与谋逆的，大明依旧承认他们的各种权力，他们仍旧能够管理自己的土地和百姓，只要向大明效忠即可。
第二件事情就是维护局势的稳定，朱载坖已经调发了援兵前往倭国，就是为了增加安东都护府的兵力，弹压倭国，对这些土司们实施武力威慑，但是朱载坖告诫方逢时和刘綎，不要轻易用兵，以维护稳定为上，朝廷打击的对象始终是那些和朝廷明确作对的土司，对于能够接受大明统治的，可以暂时不动，务必要保证朝廷在倭国的各种厂矿的正常运作，向大明输送足额的金银和铜料、硫磺等物资，这是大明经略倭国的主要目的，不能舍本逐末。
第三就是对于这些倭国的本土势力要既用且防，对于忠于大明且对大明恭顺的土司，要予以加赏，加以扶持，但是同时也要加以防备，不能够任其随意做大，这点是极为关键的，尽管他们现在表面上对大明恭顺，但是难保不是内藏奸诈，所以在赏赐他们的时候也要防止他们的做大，影响到大明的利益，这点是最关键，朱载坖不想再养出一个努尔哈赤来，对于这些蛮夷，是要始终警惕的。
第四就是兵不可大用，然亦不可不用，朝廷已经调发大兵，剑已出鞘，那就是必要见血的，对于那些同谋共逆或者是对于大明不恭顺的，要调集倭国土司和朝廷官军，予以严厉镇压，展示朝廷的实力，震慑这些倭国的地方势力，这点是很重要的。
朱载坖将这些以密旨的形式发方逢时和刘綎，至于具体操作，朱载坖则放权给安东都护，朱载坖要的是朝廷在倭国的统治秩序稳定，矿产正常出产，同时剿除这些有异心的土司，其中的平衡，自然是由方逢时在掌握。