这是涉及到朝廷军制大问题，即便是朱载坖也不能够随意决定，朱载坖决定先和太子等一道在内阁召集辅臣、部院重臣，在京四品以上官员和科道御史等一道商量此事，对于现在地方官府和卫所的矛盾，其实主要就是在整理军屯过程中发生的，在北方，卫所要强势的多，同时北方卫所军屯侵占主要就是本卫的军官们，朝廷对于这些人是有办法处理的，在朝廷实施卫所军官更戍之后，对于军官侵占军屯的情况，已经算是得到了一定程度的遏制。
同时北方的人地矛盾没有那么尖锐，朝廷还将北方大量的卫所和军余自己迁移到了边疆和新收复的地区，这就是使得这些卫所的军屯得以空置出来，朝廷得以将这些多余出来的军屯土地调拨给其他卫所使用，所以在北方，卫所和地方官府的冲突，相对没有那么激烈，同时北方由于边防任务较重，所以对于都司卫所有所倚仗的，在这种情况之下，北方各都司还能够和地方官府和睦相处，矛盾相对没有那么大。
而在南方就完全不一样了，首先南方地狭人稠，人地矛盾本身就相对比较严重，即便是地方官府，也根本没有多余的土地给卫所，而且和北方卫所的情况不同，南方的卫所军屯，受到隐没、侵占的军屯情况的更加复杂，除了卫所军官对于这些军屯的侵占之外，还有当地百姓侵占，地方豪强的侵占，都是客观存在的事实，对于朝廷来说确实是更加难以解决的。
同时朝廷对于军屯追缴，使得地方官府极为头疼，一方面是朝廷要求将被隐没、侵占的军屯全部追缴的严令，同时卫所在朝廷的支持之下也要求将之前被隐没的军屯追回，另一方面是地方官府对于这些是极为头疼的，因为不仅仅牵涉到地方的百姓，还有这些地方的士绅，往往为此导致卫所、官府、士绅之间不断地打官司。
而地方官员对于这些事情是极为头疼的，从地方官员的角度哦，这些田地无论是在地方的士绅们手中还是在百姓手中，起码是可以增加地方的赋税的，但是要是在卫所手中，军屯籽粒是不归地方官府掌握的，虽然本色征收在地方官府，但是这些籽粒都是要上缴军储，以供卫所和镇协官军的军储军粮的，所以从地方官府的自身的角度而言，他们肯定是希望能够将这些土地留在地方，而不是交给卫所。
同时一些军屯的争端由于年深日久，实在是难以厘清，对于地方官府而言，这种事情实在是极为痛苦的，再加上这些士绅们在影响力，使得地方官府在处理此事的时候不免偏向于治下百姓和士绅，而卫所自然是不干的，尤其是现在五军都督府的权力得到了恢复，卫所则是一直上告，要求都司、行都督府甚至是都督府来解决此事，由此就形成了南方地方官府和卫所之间的巨大矛盾。
除了军屯土地这一因素之外，还有就是财政问题，因为按照朝廷现在定例，地方都司卫所脱产士卒的军饷、军粮等供应问题，是有朝廷和地方官府共同负责的，地方也要承担一部分开支，而镇协官军则是由朝廷全额承担军饷军粮的，所以对于地方官府，尤其是南方的地方官府而言，他们认为卫所是远远不如募兵的，卫所毕竟是要地方官府来承担开支的，而随着倭患的平定，南方暂时没有用兵之需，所以他们认为卫所是徒费钱粮，要求撤销或者是减少卫所的呼声不断。
同时他们认为应当加强募兵，尤其是本乡本土的募兵，南方的官员们之前上疏朱载坖称：“其家在是，则所获工食便于归寄，防春之暇便于归耕，其人善恶便于保结，召之则聚，散之则归。若四方泛募，则是乌合之众、无赖之徒，招之甚易，散之甚难。今日之兵，夫他日之盗贼也。盖离家久远，财不得寄归，淫酗赌博，恒心亡矣。一旦革之，非劫夺何以生乎？”
他们认为就是本乡本土募兵，才是最好的办法，因为本地应募者，官府可以通过户籍和产业进行控制，加以军事纪律和社会关系的约束，能聚能散；外地流民则既难加以纪律的约束，又没有产业的拖累，在解雇后容易成为社会的不稳定因素。这也说明东南募兵不同于被纳入卫所制的北边募军，官府需要后者终身服役及从其家庭获取长期稳定的兵源，故而不会予以解散；而前者既然存在被解散的可能，那么军役仅仅是本人有限的责任而不连带家庭。
这点也是南方和北方募兵的最大区别，同时南方的官员们认为卫所不堪大用，又难以解决，除了给地方增加负担之外，别无他用，他们在奏疏中说道：“自军政久废，始有民兵之设。若以此辈不堪振作，即当散其伍于民间，而另图兵农之长策，如今之召募与民壮，未始不可。如既不能用，又不能散，而馈饷如故，民何以堪？”
朱载坖向重臣们询问对于此事的看法，兵部尚书梁梦龙认为卫所必不可废，他说道：“陛下，召募之兵与尺籍军大有所异。尺籍之军，世受国恩，无问老少强弱，皆有常饩，且老疾有例，纪录有粮，夏布冬花，优恤备至，其月食粮一石，调遣更支行粮四斗五升，马军又得关支草料，为之帮贴，已足称事。召募之兵非强壮不得入选，既无素养之恩，有疾辄便汰去，又无常食之惠，既为车战，即不给马，自非酌拟尺籍人马之食而稍优之如北方民兵然，则人必不乐从。”
梁梦龙认为卫所士卒世受国恩，在可靠性是远远高于募兵的，同时由于有军屯可以保障他的家属，同时朝廷对士卒家属予以优待，可以使得朝廷以较少的军费养一支规模较大且有战斗力的军队，而如果使用募兵的话，军饷肯定是要更高的。朝廷财政难以承受。