朱载坖还谕令云中办事大臣张学颜，和顺义王等详细沟通，要求土默特部帮助大明和和硕特部建立联系，在大明和土默特部之间搭建沟通渠道，朱载坖很清楚的，大明不可能将所有的蒙古部落予以征服，针对蒙古部落，军事打击固然是很重要的，但是对于蒙古人来说，通过贸易等其他政策加强朝廷对于蒙古诸部的控制，同时在其中纵横捭阖，通过各种手段予以制衡，以加强朝廷的对于这些边疆地区的控制，这点是极为重要的。
而对于朱载坖来说，现在要处理的不仅仅是西域，还有就是倭国，虽然朱载坖调发了大批援军前往倭国，但是实际情况如何，由于山海阻隔，朱载坖也不能够完全得知，这点朱载坖是很清楚的，而且倭国和蒙古毕竟不同，倭国还是有较长时间的独立了，所以其反抗程度可能为很激烈，这也是朱载坖大举增兵弹压倭国的主要原因。
而对于倭国，朱载坖才采取的策略也是和其他地方所不同的，朱载坖之前就介入了倭国的事务并且在倭国驻军，将其王室予以打压，朱载坖很清楚首先就是要降低倭国王室的作用，所以在之前大明介入倭国事务之后，朱载坖最核心的谈判条件就是要求倭国天皇自去僭号，向大明天子称臣，去掉神格，要知道在之前的倭国，尽管所谓天皇没什么政治权力，但是天皇制中的天皇在很长一段时间内则作为神统治倭国的，所以朱载坖做的第一件事就是消灭它的神格，使得它成为大明天子的臣子，这样的话，倭王在倭国的地位就大幅度降低了。
但是对于倭国来说，还有一个重要的势力，就是所谓的公卿阶层，也就是公家，所谓公家，原本是指服务于倭王与倭国朝廷、住在京都的五位以上官僚群体，三位以上称“贵”，四位、五位称“通贵”。其与古代豪族存在渊源，在律令官僚制下通过官位相当制、荫位制及官职家业化形成世袭贵族体系。公家原指倭王或朝廷，后与“武家”相对，特指政务上辅佐朝廷的贵族。
这个阶层在当下看起来没有什么存在感，因为毕竟倭王都没有什么权力，依附于倭王的公家能有什么权力？公家并不是某种意义上的文官系统，公家是已经把某种范围内的官位当成世代传承的职业，促进了贵族世袭化。其实公家对于武家的见识大多局限于“没文化”、“粗鄙”、“乡下人”、“不知礼数”等等，多是世代传承的贵族自尊心作崇，加之公家在文化上完全可以碾压武家。
所以公家在倭国还是有很重要的更加重要的是，这些公卿和僧人垄断了知识和文教，这对于朱载坖来说是不能容忍的，朝廷就是要通过文教来教化倭国，使得倭国心向大明，实行由夷到夏的变化，所以朱载坖暗示方逢时等人对于这些公卿予以严厉打击，而下一步就是严厉打击这些所谓的僧人们，朱载坖给这些人的路只有两条，要么按照大明朝廷所制定的政策执行，要么就是等着被收拾，生存还是毁灭，这是一个问题。
除了这些势力之外，对于大明现在构成威胁最大的就是倭国的这些地方势力了，尽管朝廷之前已经采取了很多措施削弱倭国的力量，但是这些地方仍旧非常之强大，他们对大明的统治是构成了威胁的，直接动武是显然不可取的，一来是这些所谓的大名还是拥有很强大的实力，他们在自己的领地内就是土皇帝。
大名在各自的领地内还是最大限度地保留了管理内部事务的特权。实际上，大多数大名都喜欢把他们的领地想象为自治的小国家：他们可以傲慢地对忠诚的武士团发号施令，他们守卫各自的边界，监视宗教机构，随心所欲地向农民和商人征税，随时发布自己的法令，只要他们自己认为有必要就施行严刑峻法，他们鼓励有益于当地经济的商业企业，为了自己的利益可随意干预领地内居民的私人生活。
尽管官军对于这些倭国大名的军队具备压倒性的优势，但是对于官军来说，重要的是维护整个倭国的稳定，尤其是倭国的各种厂矿为大明提供所需要的金银和铜料等，朱载坖不希望有一个混乱的倭国，这点是很重要的，所以对于这些所谓的大名，朱载坖采取的措施就是区别对待。
朱载坖命令方逢时发布诏命，对倭国除国夺爵，废除倭王，改为倭奴都统使司，其实对于这些大名的利益来说并没什么实际的损失，但是随着土司制度的建立，这些倭国的地方势力必须放弃自己所谓的大名身份，成为土司，这点是政治上的考验，其次就是朝贡与差发，这是经济上的考验，还有对于土司承袭等的管理，大明其实都有了很成熟的制度了。
朱载坖认为要分而治之，对于这些倭奴土司，不能一上来就直接将所有大明的土司全用上去，要循序渐进的使用，大明对于土司的控制，主要是朝贡与差发，朝贡是政治上是否对大明忠诚的一个重要依据，这点朱载坖是很清楚的，和接受大明册封一样，是不容讨价还价的，这点必须贯彻到底，不接受大明册封，用服色，向大明朝贡的，那就是形同叛逆，官军和忠于大明的土司要一道出兵将其讨平，除了由朝廷直接控制一些地盘之外，还要将这些反叛土司的领土分封给忠于大明的土司，以鼓励忠诚。
而差发则是进一步的措施了，朝廷将土司所纳赋税称为差发，“认纳粮差”或“岁各出差发银”。朝廷对土司所征差发银一般来说是较轻的，“多不过二千五百两，少者四十或五十两” ，并且还有因灾害或土司有功等原因而蠲免。朝廷征取差发，目的不在经济上的所得，而是注重在政治上的影响。是进一步加强对于土司控制的手段。