朱载坖随后在武英殿召见了在京的军机大臣们，对于此事，朱载坖是极为愤怒的，他将方逢时和刘綎的奏疏给军籍大臣们的传阅，其实方逢时也在事情发生之后紧急调查了事情的情况，其实事情的原因并不复杂，朱应桢奉诏抵达倭国之后，就向倭王传达了朝廷的命令，同时开始调查倭国内部的情况。
在朱应桢和他麾下的锦衣校尉们在调查之后发现，这些倭国内部反抗大明的势力，是和倭国朝廷有很深的关系，所以朱应桢准备寻求安东都护府的帮助，而就在方逢时准备调集兵马的时候，一伙浪人袭击了朱应桢的住所，幸得随行的锦衣校尉0拼死保护，才逃得一死。
现在情况已经是非常之明白了，袭击朱应桢肯定是和倭国朝廷内部对大明不满的人脱不了干系，这点是很清楚明白的，现在大明必须要处理此事，朱载坖之前已经命令军机处调发援军，驰援安东都护府了，倭国现在是大明重要的原料来源，倭国所出产的金银、铜料、硫磺等物对于大明来说还是极为重要的，在这种情况之下，朝廷对于倭国自然是十分重视的。
朱载坖召集军机大臣们，主要就是商量应该怎么处理现在的情况，袭杀朝廷钦差、大明国公和天子亲兵，随便哪一条都是弥天大罪，这点不管是朱载坖还是军机大臣们都是很清楚的，如果大明不对这种情况严加打击的话，天子的威严何在？大明的国威何在？
所以军机大臣的门意见都是严办此案，必须将幕后主使揪出，抄家灭族，这点朱载坖是赞成的，如果这样性质恶劣的事情大明朝廷都无动于衷的话，那倭国恐怕就翻天了，这点朱载坖还是很清楚的，但是对于具体应该怎么处置此事，军机大臣们的看法是不相同的。
徐渭、俞咨皋等人的建议是大动干戈，派遣重兵到倭国弹压，对于倭国朝廷和所谓的公卿进行毁灭性的打击，徐渭甚至还提出建议，干脆借此机会将倭国加以郡县算了，对于徐渭等人的这个想法，朱载坖不置可否，郡县倭国，看起来是开疆拓土，但是会冲击大明的宗藩体制，这其中的利弊是需要仔细权衡的。
而申时行等人就相对保守的多了，申时行他们对于郡县倭国持反对意见，认为现在时机还不成熟，但是应该仅此机会尽可能的消灭倭国境内反对大明的势力，消弭倭国的祸乱，为郡县倭国创造条件，这点得到了朱载坖的支持，现在大明的重点不在倭国，西域和安南的战事仍在继续，尽管安南的祸乱已经被平定的差不多了，但是西域的战事规模却在扩大，在这种情况之下，朱载坖必须控制战事规模，保证朝廷拥有足够的机动力量，这点其实是非常之重要的。
但是朱载坖也部分支持了徐渭等人的观点，就是必须严惩倭国，尤其是倭国朝廷，这点是极为重要的，朱载坖认为这次的事情大明必须做出最强烈的反应，也就是对于倭国的这些反抗势力予以清剿，同时对于倭国朝廷的地方势力进行整顿，加以威慑。
而领班军机大臣俞咨皋也向朱载坖和其余的军机大臣介绍现在军机处的应对方略，为了增援倭国，朝廷从京营、亲军诸卫和蓟镇、昌平镇、真保镇调发援兵五万，从天津前往倭国，从辽东镇、辽东都司、大宁镇、大宁都司调发援军三万，走陆路过鸭绿江经朝鲜前往倭国增援。北洋水师的舰队也前往倭国，加强在倭国的水师存在。
从兵力上来说这次大明所动员的兵力确实是非常之庞大的，绝对能够说的上是强大了，接下来的事情就是应该怎么收拾倭国人了，大明这次要严厉整顿倭国，将大明在倭国的权威再次强化，上一次大明打击的是倭国境内的地方豪强势力，而这一次，大明针对的将会是倭国的朝廷的公卿阶层。
朱应桢的遇刺说明在倭国朝廷内部还是存在反对大明的力量，这点朱载坖并不感到意外，据锦衣亲军的密报，现在的倭国国王野心颇大，对于大明管理倭国的方式颇为不满，同时还有一些地方势力，被打散的浪人等，他们都对于大明控制倭国极为不满，所以才会有这次的事情，朱载坖很清楚，这是对大明的严重挑衅，必须要严厉惩罚，同时还要有人为此承担责任。
对于此事，朱载坖的看法是很简单必须有人为此承担责任，不仅仅是有人被官军收拾，同时就是对于倭国和倭国朝廷的政治地位予以打击，朱载坖下达诏令，命令安东都护府彻查本案，同时将倭国国王解送京师交三法司会审议处，降封倭国的等级，之前倭国和朝鲜、琉球、暹罗等藩国一样，倭国国王是郡王，但是赏亲王服色，但是现在看来，倭人是给脸不要脸了。
朱载坖在和礼部以及理藩总署商量之后决定，降倭国及倭王等级，革除倭王王号，对倭国予以除国处分，也就是将倭国的地位从属官降为属夷，这是有很大的区别的，属国是有独立权力的，如朝鲜、琉球等属国，虽然是大明的属国，但是在自己的国土内享有独立的行政权，在外交上服从大明，更加类似于诸侯国的性质，有在土地上独立发展的权力，可以适应发展需要，制定相关的经济、政治、文化、外交政策等。当然，他们也有服从命令、镇守疆域、为大明作战、纳税交贡、朝见大明天子五大义务。
而属夷则没有独立地位了，属夷是要接受大明派驻的官署的管理的，同时也没有独立的内政权力，如女真等属夷就是最典型的例子，尽管朝廷承认属夷酋长世袭，但是属夷要接受督抚的管理，同时属夷的领土也是大明的国土，这点是很重要的。