对于朱载坖的这个决定，重臣们其实是支持的，大明这次不但要让这些反抗大明的人付出代价，同时还要加强对于倭国的控制，这点是非常之重要的，严惩倭国不仅仅是为了加强对于倭国的控制，也是意在震慑这些藩属，让他们明白，大明的宗主国地位绝不容挑衅。
朱载坖命令内阁立即督促翰林院，草拟诏书，用印之后明发，军机处相机调度官军，务必要维护倭国的稳定，同时朱载坖还召见礼部、兵部等相关衙门的堂官，与内阁一并商量在革除倭国王号之后的处理办法，按照大明的规定，在革除了倭国王号之后，应当在原属地上设立相应的羁縻州县或者卫所，来实施对于倭国大小地方势力的管理。
这也是秦汉以来的旧制了，汉代封土着酋长为王侯，唐宋设羁縻州，元代置宣抚司、蛮夷长官司，至本朝融合元制并更趋完备。这些羁縻机构主要分布于东北、西北、四川西部及青海、西藏，形成羁縻都司、卫、所及土府州县体系。大明在少数民族聚居地设置地方机构，主要分两种：一种是文官系统，如土府、州、县；一种是武职系统，即宣慰、宣抚诸司及羁縻都司、卫、所。而朝廷要在倭国实施哪一种制度，是值得思考的问题。
朱载坖认为，所谓羁縻，“羁”就是用军事和政治的压力加以控制，“縻”就是以经济和物质利益给以抚慰，在具体的政策上，朝廷一般是在少数民族地区设立特殊的行政单位，如土州县或者羁縻都司卫所等机构，保持或基本保持属夷原有的社会组织形式和管理机构，承认其酋长、首领在本民族和本地区中的政治统治地位，任用少数民族地方首领为地方官吏，除在政治上隶属于大明、经济上有朝贡的义务外，其余一切事务均由属夷首领自己管理。
应该说虽然羁縻的独立性远远小于属国，但是在羁縻政权在内部还是很强的独立性了，这点朱载坖是很清楚的，为了要将倭国的王爵予以革除，不仅仅是要惩罚倭国，更加重要的是将倭国从属国的地位上予以出去，从属国降为属夷，这样的话，朝廷日后就可以用改土归流的名义将倭国予以实际控制。
同时朱载坖还有一个考虑，就是羁縻体制有一个什么好处，羁縻政权对朝廷是相对独立的，这点确实是的，但是同样的，在羁縻政权内部，也是相对独立的，朝廷虽然给予这些所谓的部落酋长以都指挥使甚至都督、土知府、宣慰使、招讨使等职务，但是在实际的行政中，这些羁縻政权内部同样是相对独立的，即便是这些所谓的都督们，也不一定能够统御下面所有的部落首领，这就非常适合现在大明对于倭国的统治策略。
现在大明对于倭国的统治策略主要是两点，第一就是消灭倭国内部的反抗力量，这些反抗力量主要包括两种，以现在倭国朝廷和所谓公卿为主的倭国统治集团上层，还有就是反抗大明的这些倭国逆贼，第二就是建立起大明在倭国的统治地位，之前大明更多的是通过倭国朝廷和地方的豪强来统治倭国的，但是现在看来，倭国朝廷对于大明并没有想象的那么恭顺，所以朱载坖果断决定将倭国朝廷予以处置，同时对于倭国的各个地方势力加以册封，这样的话，尽可能的加强朝廷对于倭国的控制。
朱载坖在给安东都护府和倭国的诏书中也明确解释了朱载坖为什么要这么做的原因，朱载坖在诏书中说：“然其道在于羁縻，彼大姓相擅，世积威约，而必假我爵禄，宠之名号，乃易为统摄，故奔走惟命，此则朝廷统御之道也。皆因其俗，使之附辑诸蛮，谨守疆土，修职贡，供征调，无相携贰。有相仇者，疏上，听命于天子。”
大明对于倭国的这些地方势力予以册封，同时直接建立大明在倭国的统治，这点对于大明来说是非常之重要的。而至于到底适用哪种土官，按照朝廷的一贯政策，羁縻都司、卫、所主要设置在东北、西北、四川西部及青海、西藏地区，当地民族从事游牧和狩猎，在这些地区仿照内地的卫、所制度，任命当地各族酋长为都督、都指挥、指挥、千户、百户、镇抚等官，发给敕书、印信，按其本民族习俗统辖部众，而隶于兵部，它的性质和设置西南农业地区的土府、州、县及宣慰、宣抚诸使大致相同。
而很显然，倭国并非游牧部落，所以应该是适用文职土官的事例，按照大明的一贯制度，文职土官主要有军民府（土府）、土州、土县，设官如府州县，土府、土州、土县的文职土官其设置与官衔和流官相同，在官衔前均冠以“土”字，以区别于流官。土府：设土知府，正四品；土同知，正五品；土通判，正六品；土推官，正七品；土经历，正八品；土知事，正九品。土州：设土知州，从五品；土同知，从六品；土通判，从七品；土吏目，从九品。土县：土知县，正七品；土县丞，正八品；土主簿，正九品；土典吏，不入流。此外还设有把事、巡检、驿丞等土官。
而在军民府之上，则是宣慰使，职务正三品，已经是文职土官中最高的，不过在大明之前历史上，也有从二品的土官，也就是之前莫氏向大明投诚之后所设立的安南都统使司，安南之前从属国降为属地，改其十三道为十三宣抚司，各设宣抚、同知、副使、佥事，听都统黜陟。命莫氏为安南都统使秩从二品，世袭，三年一贡。
既然已经有成例了，朱载坖于是命令礼部照此办理，将倭国从属国降为属地，革去倭王爵位，改设都统使司。