朱载坖选任的军机大臣主要有三种人构成，一种就是文官当中的知兵之臣，如梁梦龙、徐渭等人，另一种就是大将，如李成梁、俞咨皋、张元功等人，还有的就是亲臣，如崇安侯谭国佐，驸马都尉李和等，他们都是皇亲国戚，和皇帝的关系不一般，同时军机处的保密等级是很高的，朱载坖规定不准任何无关人员接近军机处的办公地点，锦衣亲军和东厂在外围值守，违者格杀。
朱载坖对于军机处的要求就是三个字勤、速、密，军机大臣和军机参赞轮流全天值守，随时处理相关事务，同时不管是文书的上行还是下达，军机处都享有最高的邮驿权限，使用邮政总署的急递或者是塘报以最快速度进行情况汇报和命令下达，同时必须确保保密，军机处地处内廷，戒备森严，严禁无关人员窥探、走动。所有讨论和文件处理均在皇帝直接掌控下进行，有效地防止了信息泄露和官僚体系的相互掣肘。
朱载坖给军机处定下的规矩就是紧急军情，要做到当日奏、当日批、当日发，必须要保证效率，而在军机处成立之后，朱载坖首先就赋予了军机处一个极为重要的任务，就是实施官军的更戍论调制度，除了西域和安南等边疆有战事的地方，朱载坖命令军机处仔细规划，调整官军的布防，同时对于官军各部进行调整，同时对于官军军官们也要进行调整轮换。防止军官们在一地时间过久，出现专兵的可能。
同时朱载坖对于军机处的一个重要职能就是清军督练，对官军各部实施训练监察，保障官军各部的训练水平和战斗力，这就要求先要制定出一个详尽的考核标准，朱载坖命令军机处按照各兵种的实际情况，制定出适合于镇协官军和卫所官军的考核标准，由清军督练总署负责实施，对于官军各部进行考核，制定考成标准，在军中一样推行考成法，训练水平差的官军军官是要被弹劾甚至送卫尉寺予以军法审判的。
而朱载坖很清楚，清军督练总署要执行这个任务，必须是要大量的人力，同时还需要一定的武装力量，否则的话，这些丘八爷可不是这么好对付的，朱载坖要做的第一件事就是整肃军纪，严明军法，其实现在的官军军纪已经比之嘉靖年间好多的，戚继光主持练兵军务处的时候，就严格要求军纪，在戚继光的整顿之下，官军的军纪已经有所好转了，同时由于朝廷还是能够保障军饷、粮秣等的及时发放，所以士卒逃亡的风气大有好转。
但是朱载坖还是很清楚，军中的各种贪墨、甚至是虐待士卒的行为仍旧存在，朱载坖之前的想法是通过锦衣亲军来进行监督，但是实际上锦衣亲军所承担的侦缉职能已经是非常之重的，他们的注意力主要在地方上，对于驻地官军这样一个相对封闭的群体，锦衣亲军其实是鞭长莫及的，而且锦衣亲军的主要职能在不在于此，作为朝廷和皇帝的耳目和侦缉机关，锦衣亲军更加重要的是负责对于逆党、邪教等重大案件的侦缉，至于军纪维护等，朱载坖决定专门成立一支部队负责此事。
朱载坖命令在军机处下设宪兵都指挥使司，成为军机处的直属机构，宪兵都司的主要职能就是维护军纪，处置军内贪腐，会同清军督练总署核实军籍、考核训练等事务，宪兵实行招考制度，从全国各卫所识字军余、各镇协识字士卒和民间识字青壮中予以征募，加以训练，宪兵的待遇极好，选入即享受小旗待遇，同时严加训练，从锦衣亲军中抽调部分精干校尉，负责充实宪兵都司，整肃军纪军法。
朱载坖还专门下诏解释了这次整顿军纪的目的：“欲成完完节制之师。譬如竹之有节，节节而制之，故竹虽虚，抽数丈之笋而直立不屈；故军士虽众，统百万之夫如一人。军政不肃，法律不严，遇敌则退，谁肯以父母妻子之身，而蹈必死之地？凡赏罚，军中要柄，朕所特重也。乌合之众，上下不亲，非有赏罚，孙、吴不能以为将。是故申明赏罚，务求公正，赏之以众情所喜，罚之以众情所恶，此治军之要也！”
朱载坖命令军机处会同律例馆共同修订大明律的军律部分，严明军法，对于恃强凌弱、忿争无礼、伤农田、损兵器、奸淫盗窃、泄密投敌等严重违纪的恶行，皆要严惩不贷、军法示众。同时也要制定军纪规范和奖惩措施，严格军纪军法，才能够使得官军有战斗力，宪兵都司职能主要是维系军纪，约束其他军人行为举止，处理军队中的各种刑事案件，特别是军人的违反军纪的事件。同时配合清军督练总署对于官军各部实施考成，逮捕、审讯犯罪士卒、军官，将其移送卫尉寺，对于重大案件上，和锦衣亲军一道办案，为锦衣亲军提供武力支持。
朱载坖任命锦衣亲军都指挥同知刘守有担任宪兵都司都指挥使，负责将宪兵都司迅速组建起来，而在朱载坖正在如火如荼的开展改革的时候，一份从倭国来的急递使得朱载坖勃然大怒，隆庆二十六年二月初八日，京师还有些春寒料峭的时候，倭国的急递传递到京师了。
安东都护府都护方逢时、征东大将军、提督倭国水陆军务事刘綎联名向朝廷奏报：朝廷派往倭国查察情况的钦差，成国公、锦衣亲军都指挥佥事朱应桢在倭国京都遇刺，身负重伤，方逢时、刘綎已经调集重兵包围京都了，同时请求朝廷增兵倭国，严查此案，穷究幕后主使，将涉案之人一体诛戮。
朱载坖揽奏大怒，当即命令军机处调发援兵，立即下达命令，从京营、亲军诸卫、蓟镇、真保等镇、山东、辽东两都司抽调兵力驰援安东都护。