现在朱载坖还要求巡按御史承担起更大的职能来，显然对于巡按御史来说是有些力不从心的，因为巡按御史的主要职能是监察，而不是司法，他们在地方更多的是监察官员是否有违法行为，这点是非常之重要的，御史是风险官员，并不是法司官员，这点定位是要清楚的。
虽然御史们在履行监察职能的时候不可避免的要接触司法，甚至巡按御史在履行职能的时候很重要的一项工作就是平反冤案，受理辖区百姓对于地方法司审判案件不公的申诉，按照朝廷规定，对于地方法司审理不公的，可赴按察司及巡按监察御史处陈告诉冤。巡按御史及按察司官即与受理推问。经审理裁断后，民诉冤抑如果得实，则将原审主管官吏依律究治。对于应请旨者，须具实奏闻。若原审未经结决，当事人又赴本管上司告理，巡按御史及按察司官不得辄便受状追卷或变易是非，须即时附簿，将卷宗材料发于原审衙门，令其在规定期限内立限归结。
但是总的来说，巡按御史行使的是监察权，即便是在涉及司法案件审理的过程中巡按御史介入了，更多的是行使的抗诉权而非公诉权，这个权力，确实不应当巡按御史在行使，而且巡按御史也确实没有那么多的精力在处理普通刑事案件，需要在都察院下成立一个专门的部门予以负责。
在和阁部重臣还有翰林院等予以商量之后，朱载坖决定恢复检事御史，在都察院下设检察总署，为从二品衙门，由左副都御史执掌，所谓检事御史，按后汉书所言就是：“御史检事，移付司直。”其职能就是是将所要纠劾的事项与典章律令相对照，如果查验出有违制的情况，就依照律令典章的规定移交有关部门处理。
朱载坖取检事御史的检和察，成立新的部门，也就是都察院检察总署，所谓察，覆审也。这就凸显了检查总署的职能，就是对于地方巡检司、州县官府从破获的案件，由这些检事御史和下属的检事们再次审核，要达到律令所规定的证据清楚，事实确凿，才能够由检事御史或者是检事们向大理院等审判机关提起官纠举，追究相关人等的责任。
而和大理院一样，检察总署也是三级设置，在都察院设立检查总署，负责与大理寺相制衡，而在各省直设立检查厅，负责处理本省直的各类刑事案件，在府州设立检查分司，负责处理本辖区的刑事案件，由检查分司派出检事轮流在各县审查案件，对于各县尉、同知等移送的认为已经侦破的案件，检事要详细审阅案卷，提审当事人，确认明白无误之后，才能够提起官纠举，移送大理分司予以审断。
同时将原本属于刑部的律例馆移交给翰林院，由翰林院领导，负责对于律例的修订和解释。
而除了之后，朱载坖还要求制定诉讼法，也就是所谓的诉讼则例，在原问刑条例的基础上予以修订，对于各级法司机关能够受理的案件，都予以详细的规定，根据可能判处刑罚的轻重还有所涉及的类型以及民事案件的金额等，确定初审法司，朱载坖规定实施复审-复审制度，也就是两审定谳，对初审不服的可以向上一级的法司请求复审，两审定谳之后，仍旧不服的，可以向大理院或者是检察总署京控，而死刑必须由大理院复核之后才能够执行。
而在军中则是由卫尉寺和锦衣亲军行使审判和侦查职能，清军御史代行检查职能，建立起一套相对完善的司法制度，通过对于司法制度的重塑，朱载坖想要达到的是将司法权力上收，同时以对于司法机构的改革推动整个大明官制的改革，由于法司的专门性，检事、推官等司法官员，必须由明法科出身，同时法司、监察官员犯脏罪，加三等处罚。
朱载坖关于三法司的改革旨意下达了之后，州县正印官反而是最开心的，虽然看似朝廷将原本属于州县正印的司法权拿走了，但是对于州县正印官来说，他们反而从这些庞杂的案件中得以脱身，不再处理这些他们本不熟悉的案件，将精力放在治民理政上来，所以州县正印官反而是最支持的。
而对于三法司来说，也并没有太大的意见，大理院这次权力得到了极大的加强，真正拥有了和刑部、都察院平起平坐的地位，而都察院、刑部也各自有分工，他们对于此事也是乐见的。
所以对于三法司和地方法司衙门的改革是很轻易的执行了，但是下一个问题就不是那么好处理的了，对于州县正印来说，原本最重要的就是钱谷和刑名两样，朱载坖已经解决了刑名，下一个解决的自然就是钱谷了，确实现在的户部是极为臃肿的。
本来户部的职能就是非常之繁杂，户部掌全国疆土、田地 、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。其内部办理政务按地区分工而设司。各司除掌核本省钱粮外，亦兼管其他衙门的部分庶务，职责多有交叉。
按照大明会典的规定，原本户部尚书主管全国户口、赋役方面的政令。侍郎掌稽核版籍、赋役实征等会计统计工作。其日常工作有为移民垦荒，招抚安置流民，以鱼鳞图册、黄册为根据，抑制豪民兼并；以限田裁异端之民；以树艺课农官；以草地养马放牧；以电种召佃尽地利；对多年积欠赔累可根据情况给予蠲免；根据各省收支情况，调剂余缺；差役的减轻免复；对灾区贫老的抚恤救济，对有功人的赏赐；权量市籴，评估物价；征收山泽坡池、关市、坑冶之税；赡军输，督漕运，赡及转输屯种，开中以实边，和百官俸禄支给；定期编造户口册籍，调整户等，了解人口及土地增减变化；对隐匿户口，侵吞土地等不法行为及时给予制止、纠正。