对于大明来说，户部确实是一个极为重要的部门，朝廷干什么事情，总是离不开钱粮的，这点其实大家都是很清楚，户部的作用显然是极为重要的，同时户部的衙署也是十分之多的，不仅仅是户部本衙下属的机构众多，还有相应的直属部门和与之相对应的各种衙门也是非常之众多的。
在户部本衙之外，直接受户部领导的还有总督仓场衙门和司农寺、税务总署、总理盐政衙门、东南发运使衙门、派驻各边镇的管粮郎中、主事等，也都是直接由户部管理的，还有海关总署等衙门，也是和户部密切相关的，可以大明朝廷的各个衙门，没有不和户部打交道的，而要对于户部进行改革，确实是牵一发而动全身，不管是朱载坖父子还是内阁、部院重臣们，对于此事都是极为慎重的。
而且部分官员们看法仍旧是不必大动干戈，这点朱载坖当然也明白他们的意思，一方面是所谓的祖制在这些官员们的心中的重要性，另一方面是一旦对于部院体制进行打破，会使得原有比较稳定的上下级关系被打破，会在朝廷上引起动荡，这点是一些臣子们所担心的事情。
所以朱载坖一直在就此事与阁部重臣们商量，并没有轻举妄动，同时命令在外督抚们也可以以密疏上陈的形式直接向朱载坖奏报相关的事情，而在正旦日之后，朱载坖更是多次召见相关的臣子们，从内阁辅臣和部院重臣，尤其是户部和与财政相关重臣们意见。
朱载坖和王国光等人商量之后，对于整个财政系统的整顿还是有了一个初步的方案，这点朱载坖还是很清楚的，对于整个财政体制的整顿，首先就是对于户部的拆分与重组，户部作为掌管全国土地、赋税、户籍、军需、俸禄、粮饷、财政收支的机关，其地位和作用自然是不言而喻的，所以户部的事务也是最为繁杂的，这个改革，对于户部的职能要予以拆分。
原本户部主要是以地域组建的各司，以地域作为户部管理的方式，但是现在除了基本的田赋和徭役折色之外，对于大明来说，财政的来源已经极大的拓宽了，海关关税、工商赋税还是各种专卖禁榷物资的收入，都是大明财政的重要组成部分，在这种情况之下，原本按照地域所组建的各清吏司已经不能够满足需要了，而且各清吏司的职权和品级太低，难以形成以上率下的作用。
吏部设4个清吏司，户部设13个清吏司，礼部设4个清吏司，兵部设4个清吏司，刑部设13个清吏司，工部设4个清吏司。各司之长官称“郎中”，副职为“员外郎”。各清吏司郎中的品级不过五品，尚不如地方知府的四品，虽然是京官，但是其职权和品级是严重不对应的，他们所掌握的权力极大，尤其是吏部、户部等各司的郎中的权力。
而且清吏司下属的官吏数量都明显不足，难以处理户部纷繁复杂的事务，这点王国光等人也是认同的，但是为了解决这个问题，有两个办法，第一就是扩大清吏司的权力和品级，增加清吏司的官吏数量，吏部的建议就是如此，吏部建议将清吏司由正五品升格为正四品，与知府平级，同时扩充清吏司的官吏数量，以应对现在清吏司所面临的复杂工作。
另外一种办法就是在清吏司上设立署，形成部——署——司三级管理体系，这样也确实是可以解决现在事务过于繁杂的问题，对于此事，朱载坖召集了内阁以及在京四品以上官员商量此事，大部分的官员们赞同第一种办法，认为不必增加管理层级，就可以解决现在的清吏司事务繁杂的问题，官员主要是担心一旦设立三级管理体制，就会导致官吏的数量急剧膨胀，行政效率降低。
事实上从朱载坖即位以来，大明的官吏数量规模已经大规模的增加的，不过之前主要增加的吏员的数量，由于实现了吏员考选制度，朝廷各级官府的吏员数量大幅度增加了，而且采取考选的办法，同时各种新设立的官署也需要大量的官吏，所以这些年大明的官吏数量本来就是膨胀的很厉害，只不过由于财政增长较快，这些新增加的官吏并没有对大明的财政造成很严重的负担。
但是重臣们对于此事仍然是非常之担心，官吏数量的增加会导致冗官的增多，不仅会对大明的财政造成很大负担，也会影响大明的行政效率，前宋三冗之害一直是大明官员们所一直要避免的，所以对于增加机构和相应的官吏，大明朝廷一向是非常之谨慎的。
但是朱载坖也有自己的考虑，即便是提升了各司清吏司的品级，但是对于户部等相关的衙门，清吏司的编制和职权仍然是太小了，一般一司所执掌的，不是一省的事务就是全国的某项专门事务，其职权不可谓不重，而仅仅以一个四品衙门予以执掌，对于有些事情来说确实是很难贯彻朝廷的决策，毕竟他们所面对的也许是各地的督抚大员的，对于州县以及布按二司来说，朝廷各司确实是有很强大的震慑力，但是对于这些督抚大员们来说，这些郎中、主事就不够看了。
这点确实是朱载坖所必须要考虑的，朝廷所制定的各种政策，从各部院寺监达于地方，必须有相应的权威，才能够保证朝廷的政策能够贯彻到地方，尤其是有关钱粮的各种事情，本来就是地方和朝廷矛盾最尖锐的方面，为了争取钱粮，地方和朝廷之间经常不断交涉，甚至于阳奉阴违，这种事情都是十分之常见的，所以朝廷必须加重户部及其下属的权威，保证朝廷政策的实施，才能够发挥户部的作用，保证朝廷不会大权旁落。