对于这点，其实朝廷上下并没有多大的异议，大理寺作为三法司之一，却是唯一一个正三品衙门，确实是极为不合适的，这点大明的官员们也是很清楚的，要发挥大理寺的复审职能，就必须加重大理寺的权力，对于刑部和都察院形成制衡。
除了将大理寺升格为大理院之外，朱载坖还对于三法司的职能予以调整，将审判职能全部转移到大理院，而刑部则是成为内务部门，原本刑部直接处理刑事案件，既负责侦查，又负责初审，权力极重，大理院和都察院都难以实施有效的监督，毕竟刑部自己就能够将整个案件处理完，不管是都察院的监察还是大理院的复审，都是事后的监督。
再加上大明的案件何其众多，大理院也不能够对所有的案件和所涉人等予以一一复核，往往是通过查阅案卷来实施复审的，如果再让刑部一家专管初审的话，各种冤案绝对会层出不穷的。
所以朱载坖决定对于三法司的职能予以调整，将审判权力从刑部移送大理院，而刑部而成为侦查机关，针对大理院的改革主要是对于京师大理院和地方各级分司衙门，在京师大理院，设立大理卿一人，秩正二品，负责天下案件的审理、复核以及对于冤假错案的平反等，其下设有大理少卿两人，协助大理卿执掌院事。
同时按照都察院的建制按省直设立各司，负责按照地域对于大明全国各地的上诉、申诉案件予以复核，还要设立慎刑和京控二司，慎刑司负责大明全国的死刑复核，恢复唐制，死囚三复奏，在大理院核准之后，执行前需三次奏报皇帝，由其勾决，由大理卿亲自呈报，以示慎杀之意。
而京控司专门负责接收对于地方审断不公的申诉，还有对于地方法司审断不公的控诉，而在地方，建立起各省直大理寺和各府州大理分司的体制，以府州为单位，建立大理分司，负责地方的案件处理，而在县一级，则是由大理分司派遣推官，巡行轮流到各县受理相关案件，行使初审权，防止推官久居一地，得以舞弊。
这样一来，就是司法权从地方州县衙门予以剥离，收归朝廷掌握，这样尽可能的避免冤假错案，而审判权被转移到了大理院之后，刑部的职权并没有因此减轻，刑部虽然被剥夺了审判权，但是成为内务机关，所管理的事项比之之前是更加复杂了，巡检总署被调整为刑部直属的从二品衙门，同时将原本有巡检总署掌握的户籍等事项，上收到刑部本衙管理，在刑部内设户政司，专门负责管理、登记户帖等事项，同时刑部将原本按照省直所设立的各司调整为按照职能所确定的各司。
在改革之后，刑部下设户政、提牢、警巡、侦缉、督捕、秋审等司，负责相关业务办理，以提督巡检总署作为刑部的核心业务，加强对于内务的管理，而在地方上也是如此，提刑按察使司作为刑部在地方的机构，同样行使相关的职能，将审判权移交各省直大理寺。
而对于地方的司法事务，同样也要做一些调整，首先就是改革诉讼制度，原本大明是侦查和公诉、审判一体的，但是现在朱载坖将侦查和审判的权力予以分开，侦查归刑部，审判归大理院，而都察院则是要行使公诉和监督职能了，其实按周制，确实是有公诉制度的。
也就是所谓的官纠举，是指官吏和官府发现犯罪而提起的诉讼。按照周制，它包括官吏的举告和官府的纠劾两种形式。凡伤害他人至流血而被害人不提出告发的或告发后故意不受理的、伤害者利用恶势力迫害他人不得提出告发的，禁杀戮，官要查明事实并向司寇提起诉讼。
西周时期还设有负责起诉的“禁暴氏”，“禁暴氏”掌理人民以暴力伤害他人，凡横行霸道、自行其是、诈伪欺骗，于法禁令，造谣生事，散布不实言论的行为，“禁暴氏”应查明事实，向司寇提出诉讼，由司寇科以刑罚。凡国家有事，召集众人诛杀违犯禁令的遍示大众。男女奴隶群聚出入使令差役时，纠察他们，对于犯禁令者，提出诉讼，由司寇刑处之。
所以朱载坖认为应当在刑事案件中恢复这一职能，也掌握这一大权的自然是都察院和其下属的巡按御史他们，之前都察院作为三法司之一，同样享有审判权，对于一些案件，是直接可以受理并且审断的。
巡按御史所处理的案件，主要是有重大社会危害性，可能致使社会秩序动乱的严重犯罪行为，巡按御史享有直辖受理并拏问审裁之权。主要涉及私铸钱银或武器、贩卖私盐、劫杀人财、盗贼劫掠等严重危害社会秩序的重大犯罪行为。
按照朝廷定例，对于私自铸造、伪造钱币或“知情买使”等“阻滞钱法”之事，巡按御史予以拏问究治。还有就是制造违禁军器等严重犯罪，除普通弓箭刀枪等冷兵器之外，对于“盔甲、旁牌、火筒、火炮、旗纛、号带”等军用兵器不允许民营匠铺私自制造。敢有违抗者，即拏送押至巡按御史处从重问罪。
除此之外，由于都察院是监察机关，对于地方的官员违法，也可以当机立断，予以处置，巡按御史巡察地方时，对于六品以下官员犯罪，巡按御史可辄令提问。世宗皇帝的，更加细化了规定，对于五品以上，巡按御史可“指实参纠”；对于六品以下贪酷不法的官吏，巡按御史可“径自拏问”或“即便拏问”。
而朱载坖即位之后，则是对于巡按御史的权力予以加强，同时提高了证据要求，巡按御史在各地巡视所纠劾的文武职官及各司堂上官，对其贪污受贿、滥用职权及奸佞害民等各类犯罪行为，俱要分门别类“指摘所行实事”开报，回奏文书不能敷衍用事，不得用笼通考语塞责，必须详实俱细。