在处理了这些事情之后，朱载坖召集内阁辅臣和太子、部院重臣们，一道商量大明未来的政策走向，这也是朱载坖的为政传统了，朱载坖一向对于内阁首辅和阁臣不轻易点用，一旦点用，也不轻易更易，基本上还是能够尊重内阁辅臣的权威，所以朱载坖即位以来所用的首辅，在为政上都表现出了很强的个人色彩。
朱载坖的第一位首辅是徐阶，徐阁老以三还为政治主张，强调调和鼎镬，是几位首辅中比较温和的任务，主要是保证了从嘉靖到隆庆政权的平稳过渡，而接替徐阶是李春芳，李春芳虽然也以温和着称，但是在实际的政务中，也强调要改变官场上的怠惰之风，主张温和改革，平稳推进。
而高拱、张居正两位则是强势首辅，他们都主张大刀阔斧的进行改革，以重振大明的国威，只不过两者改革抓手不同，高拱主张整顿吏治，治民先治官，也张居正则主张以财税制度作为主要的改革方向，在他们两位的主持之下，隆庆新政得以推行，而朱载坖作为皇帝，更多的是处理在新政中出现的问题和反对的声音，在朱载坖的直接干预之下，对于各个反对新政的利益集团进行了打击，保障了新政的实施。
现在张居正去位，张四维接任首辅，整个朝廷都在猜测，这位新任首辅的施政策略是怎么样的，还有就是首辅和次辅之间的关系问题，和张居正、高拱不同，这两位在担任首辅期间，由于和朱载坖有相对密切的关系，能够得到朱载坖的支持，所以在内阁当中是一言九鼎，权威极重。
但是现在张四维这个首辅显然不具备这一点，对于张四维来说，虽然张四维也是朱载坖的讲官出身，但是张四维和朱载坖的关系显然没有高拱、张居正好，而次辅申时行，也是实力强劲，不仅仅是状元出身，而且深受朱载坖的信任，更是太子讲官，而且现在是东南官员的领头羊，在内阁中还是王锡爵为羽翼，对张四维这个首辅构成了极大的威胁。
而张四维强在部院重臣中和地方督抚中晋党也有很强的实力，现在首辅和次辅之间的矛盾已经是很明显的了，虽然在朱载坖的压制之下，他们不敢有过多的动作，但是暗地里的斗争肯定是少不了的。对于这些事情，朱载坖当然也是心知肚明的，所以这次召集重臣们就是为了解决这个问题。
在张居正担任首辅的期间，厉行考成法，对于大明的赋税体制进行了调整，从实物税变为了大部分都是货币税收，对于朝廷来说，大部分的赋税都实现了赋役征银，对于朝廷的收入和开支是一件好事，朱载坖认为对于财政的改革仍然要继续下去，继续厉行清丈田亩，同时对于田赋和徭役折银等要予以适当降低，减轻百姓的负担，同时加大对于工商业的赋税征缴，以保障朝廷的开支。
而张四维和申时行的冲突主要在与朝廷的下一步方向，以申时行为代表的东南官员们认为，海关关税已经是大明财政的重要支柱，所以朝廷的施政重点应该围绕着海关来展开，要鼓励出口，奖励实业，放松对于东南的各项管理，促进经济发展，才能保证海关关税的征缴，而以张四维为代表的北方官员们则认为，朝廷一向以东南之财，养天下之兵，所以朝廷要加强对于东南的控制，加强朝廷的控制，强化朝廷的力量，才是正理。
但是申时行等人认为，朝廷过度干涉东南的经济，并非好事，但是朱载坖显然不是这么想的，关税现在对于大明来说确实是很重要，但是朱载坖认为对于日益膨胀的商人集团加以限制也是很重要的，朝廷对于这些商人也要予以管束了。
还有就是朝廷下一步的决策问题，张四维认为北虏、西番等仍旧对大明构成很严峻的威胁，朝廷要想办法维护北方，尤其是西北的边疆安全，但是很多官员尤其是东南出身的官员们认为朝廷在西北的扩张是没有收益的，朝廷白花花的银子投入到这些沙漠、高原上，根本无法收回成本。
朱载坖之所以点用了张四维担任首辅，就是因为张四维是晋党出身，而且一向善于迎合上意，张四维已经看出来来，朱载坖对于南方的扩张基本上已经算是告一段落了，大明在南方主要就是将安南予以彻底的消化，这不会导致全国性的战争的，而朝廷的重点仍旧在西北，这点从朱载坖干预活佛的选定就可以看出来。
所以张四维上来就主张在西北维护大明的边境安全，这点也得到了朱载坖的支持，而除此之外，朱载坖提出了就是大规模的基础设施建设，首先就是道路的建设，朝廷每年要拨出专门的款项，以保证道路的营建，还有就是城市建设，以南北两京和苏松等人口密集的大城市作为进行城市建设的样本，要建立完善的城市管理制度，严格卫生制度，防止出现瘟疫。
对于技术的发展也是朱载坖所关注的事情，大明现在已经进入了一个技术瓶颈期，现有的技术已经无法满足大明的各方面需求了，对于大明来说，要重点推动技术的进步，保证大明在技术竞争中不落后，这才是朱载坖最关心的事情。
所以在未来的几年中，大明也要专注于内政，尽量发动战事，但是如果有敢于挑衅大明的，也绝对不能放过。除此之外，就是黎维潭和郑松等此次南征献俘，朱载坖命令将他们斩首弃市之后，首级祭祀成祖、仁宗、宣宗，以告慰祖宗在天之灵。
而朱载坖本人，则是正式迁居西苑，日常庶务，交由太子处理，朱载坖本人只负责军国重事的处理，还有皇太孙的教育。现在皇太孙已经出阁读书了，除了讲官进讲之外，朱载坖也要亲自教导。