朱载坖认为，可以借此事加强朝廷对于乌斯藏的控制，要使得朝廷重视有关活佛选拔的事情，在乌斯藏的政治生活中，宗教是很重要的一件事情，这些活佛在当地有非常大的影响力，这点即便是朱载坖这个皇帝也不得不重视，乌斯藏的政治和宗教联系是极为紧密的，所以朱载坖对于活佛的选任也要加强控制，以保证大明对于乌斯藏的控制。
这点朱载坖是很清楚的，所以朱载坖专门召见了礼部尚书陈经邦和大学士罗万化，他们都是善于处理外交和藩属问题的臣子，这次朱载坖要以索南加措的身后事为抓手，介入乌斯藏，理藩院要发挥应有的作用。要制定相应的规矩，重点在于朝廷直接参与对于活佛的择立，这点是朱载坖的意图。
罗万化等人当然也明白这个意思，朝廷要通过对于活佛选择的干预，加强对乌斯藏的控制，不过朝廷的干涉也要有度的，毕竟这些活佛和他们背后的宗教、土司势力在当地势力强劲，所以朝廷要达到一个平衡。
朝廷的目的是使得乌斯藏和内外蒙古的喇嘛教互不统属，而都辖于朝廷，犹江汉朝宗于海，加强对于蒙古和乌斯藏的控制，同时对于地方势力加以抑制，在羁縻的基础上逐渐增加朝廷的影响力。
说白了，就是要在喇嘛教内部建立起一套在国家控制之下的选拔宗教首领继承人的领导人选拔制度。说白了就是一种集权，朱载坖认为，要实施金瓶掣签制度，其实就是加强集权，将原本依附于地方势力的宗教集团，以金瓶掣签制度为纽带，集中到了朝廷的掌控之下，罗万化等人也充分理解了朱载坖的意图，不管是朱载坖提出的金瓶掣签还是之前朝廷所设想的一系列方案，都是方式的不同罢了，本质上都是加强朝廷的控制力罢了。
朱载坖所提出了金瓶掣签制度，其实也就是对于这些地方宗教势力加以管理的手段罢了，按照朱载坖的想法，金瓶掣签的第一步一样是寻访转世灵童，朱载坖在和理藩院以及相关的重臣们商量之后认为，在这一步应该重视尊重当地的风俗，朝廷不过多的干涉，这样的话，可以尽可能的减少当地对于朝廷政策的抗拒。
而在具体的选择转世灵童的候选人中，朝廷不多加以干涉，而是充分尊重乌斯藏本地的风俗，一般由当地的髙僧通过诵经祷祝观察天象等等宗教仪式，得到一个神谕，指示出转世灵童所在地的方位。然后再通过对所指示的方位某一自然景观，建筑物等进行进一步的观察，得出转世灵童所在地的具体信息。而在寻到转世灵童的候选人之后，必须让灵童对转世活佛生前所用法器等物进行辨认以确认是否有灵性参加掣签。
具体到金瓶掣签本身，由内官监制造以用于选择转世灵童的金瓶，由朱载坖赐予理藩院，而理藩院则是负责进行金瓶掣签的主要部分，按照罗万化等人所制定的规则，参与金瓶掣签的有理藩院官员、当地的朝廷最高军政长官、土司头人、还有宗教领袖，在所有人的见证之下经过宗教仪式选出相应的转世灵童。
按照罗万化等人所设计的办法，所有人到齐之后，先将寻访出的灵童生辰分别用蒙、汉、藏文写在特制的象牙签片上，并用黄纸包好放入金瓶内盖好，然后开始做掣签之前的宗教仪式。由当地的高僧大德进行几昼夜不停的宗教祷祝仪式后，仪式的主持者当众用抽出一签，以确定转世灵童。整个过程都是为了体现宗教的权威性，同时也在客观上杜绝了徇私舞弊的可能，保证了抽签的公正性。
而掣签的结果由在场的所有人签字具名确认之后，上奏朝廷，经由理藩院审核之后，上奏朱载坖，由皇帝御批之后才能够正式成为被朝廷认可了的转世灵童，只有在皇帝御批同意了之后，在朝廷批准之后才可以按照佛教仪式，正式给转世灵童举行受戒仪式。
而从转世灵童到活佛，还需要一个重要的宗教仪式，就是坐床，只有经过坐床之后，转世灵童才能够变成真正意义上的活佛，对于对于活佛的教育，朝廷也要插手，不仅仅要接受宗教教育，还要求到京师来朝见天子，接受教育，大明派驻相应地方的官员也要负责对于活佛的教育，使得他们能够忠君爱国，坐床仪式也要在理藩院和当地最高军政长官的见证之下进行，从而成为真正的活佛。
朱载坖命令理藩院制定相关的条例，同时要确定那些活佛是要有金瓶掣签来决定的，同时在特殊情况下，可以免予通过金瓶掣签来决定，免于掣签一般必须得到地方最高军政长官与地方宗教首领、土司头人的一致同意，上报理藩院，转报皇帝最后决定，是否举行掣签仪式。
同时也要加强对于这些活佛们的管理，根据其影响力大小，分别由朝廷或者韦帝直接赐予国师、禅师等各种享有不同特权的封号，并赐予印信。对于职掌一方政教大权、在政治上有极大影响力的宗教首领，如统领乌斯藏和蒙古各部的四大活佛，则加封国师称号，授予金册金印。而其他的活佛，也要分门别类予以管理，保证宗教秩序和朝廷对于宗教的管理。
对于这些僧人，也要予以安抚，最重要的安抚措施就是赏抚，实行按职定禄的措施，与朝廷官吏领取俸禄一样,活佛职衔越高，俸禄越多,当然这样的话，俸禄大部分都集中在上层喇嘛手里,因为他们既是宗教领袖,又是行政长官,而且是大地主，是朝廷的重点安抚对象。
而敕建寺庙的定额喇嘛的钱粮从内帑中领取,地方寺院中,凡获得朝廷官方认可等级在册的喇嘛,每月可从地方政府领得钱粮,如果遇到讲经,法会等大型宗教活动,朝廷额外赏给银两，作为对于活佛和宗教的支持。