当然，对于当下的大明朝廷来说，最紧迫的问题就是西番和西域的问题，对于由索南加措去世所引起的有关活佛继承的问题现在还尚未解决，虽然朱载坖已经命令理藩院制定相应的则例了，但是乌斯藏是否能够接受，还是一个未知数。
朱载坖的态度是很简单的，就是这是朝廷的决策，由不得西番在这个问题上讨价还价，这点是朱载坖的底线，虽然朱载坖现在是希望通过羁縻的手段控制乌斯藏，但是并不排除动用武力，朱载坖当然很清楚官军现在上雪域高原是很困难的一件事情，但是朱载坖必须展现出强硬的姿态，来逼迫乌斯藏接受朝廷的条件。
所以朱载坖任命襄国公李成梁为征西将军，前往西宁驻节，同时在西宁校阅三边官军，威慑乌斯藏，而令朱载坖和大明朝廷比较头疼的是西域的问题，之前瓦剌部被达延汗所击败，西逃到西域去，原本瓦剌部已经逐渐被削弱了，景泰年间，瓦剌太师也先在纷争中败亡，蒙古草原陷入混乱。随着瓦剌实力衰落，瓦剌首领已无力单独同大明保持朝贡关系，故而大多是与哈密使臣或小王子伯颜猛可王的使臣同来。
但是朱载坖在北方大举扩张大明势力范围，多次对蒙古出兵，同时收复了河套，消灭了土蛮部，使得大明在北方的势力范围得到了大举扩张，而在这些举措的背后，是大量的蒙古部落西迁，这些不愿臣服于大明的蒙古部落，都纷纷西迁，如鄂尔多斯部、土蛮部残余等，他们的西迁都极大的加强了瓦剌部的实力。
原本瓦剌部在西迁到西域之后，面对哈萨克人、吐鲁番的维吾尔人等的打击，瓦剌已经是分崩离析了，从也先被杀之后，瓦剌的实力原本是一降再降，瓦剌在哈密原有的地位被土鲁番所取代，虽然瓦剌活动重心移至哈密一带，也已经无法控制这一地区了。因此为争夺哈密地面，瓦剌与土鲁番的关系是充满矛盾冲突的，阿黑麻速擅时期，由于瓦剌屡被打败，并受残杀，瓦剌人给阿黑麻取了“杀人魔王”的绰号。
为了能够在西域立足，甚至多次向大明朝廷上疏，愿意诚心内附，但是当时的大明朝廷没有足够的能力处理西苑的事情，所以并没有搭理瓦剌，但是现在大量的蒙古部落西迁，使得瓦剌的力量大幅度增强，现在瓦剌已经压制了哈萨克人、维吾尔人，消灭了吐鲁番，直接对大明的哈密构成了严重的威胁，虽然朝廷在哈密安排了重兵驻守，同时加以屯垦，但是瓦剌的多次袭扰使得大明的屯垦屡屡遭到破坏，朝廷现在必须正视瓦剌在西域的威胁了。
朱载坖说道：“自成祖以武定天下，欲威制万方，遣使四出招徕。由是西域大小诸国莫不稽颡称臣，献琛恐后。又北穷沙漠，南极溟海，东西抵日出没之处，凡舟车可至者，无所不届。自是，殊方异域鸟言侏人离之使，辐辏阙廷。岁时颁赐，库藏为虚。而四方奇珍异宝、名禽殊兽进献上方者，亦日增月益。盖兼汉、唐之盛而有之，百王所莫并也，余威及于后嗣，朕亦得益也！”
朱载坖的态度是很明确的，就是要考虑在西域用兵了，哈密和关西七卫是朱载坖好不容易才收复的，断然不能再丢失了，不过朱载坖也很清楚，在西域作战，所需要的钱粮等的准备必须要非常之充分才行，不过现在河套的屯垦已经有所产出了，朝廷在陕西三边的军储情况有所改善，不过现在重要的是探明西域的情况，为大明出兵做好准备。
同时就是解决乌斯藏的问题，朱载坖命令由三边总制郑洛负责和乌斯藏交涉，表明朝廷的态度，大明可以支持格鲁派和帕竹政权，但是前提条件是他们接受大明的金瓶掣签制度，先安定了乌斯藏在说，对于朝廷来说，这是当下的重要事情。
朱载坖将这些事情交给内阁处理，除此之外就是对于工商业的征税问题，朱载坖很清楚，一涉及到征税，在大明就容易被扣上与民争利的帽子，在大明，不仅仅是官员们不敢轻易提加税的事情，就是堂堂天子，在这个事情上也有谨言慎行，免得被人所诟病。
但是朱载坖不是一般的皇帝，他这次当着太子和阁部重臣们提出了有关工商业征税的事情，对于商业，大明是一直有征收的，对于朝廷来说，主要是通过钞关来进行征收的，一些官员们也有过阐述，如原户部尚书方钝就曾经说道：“古之圣王均天下之才，以顺天下之功，谓士税其才，农税其收，工税其艺。有贱丈夫者计利之心炽，驾轻舟以网四方之利。是以朝廷既设税课司局以司市厘，又设钞关以征行商。”
对于商业的征税，一向是存在的，并且在大明也是能够接受的，但是对于工场进行征税，在大明还是第一次，应该怎么征收，确实是一个问题，而且现在对于大明的商税政策，一直有一些官员持怀疑态度，原吏部尚书张瀚就曾经上疏认为：“取盈于官，不若藏富于民，往代商政旋起旋废，既有掠夺商贾之嫌，又难脱本轻而末重，末重而不能支之患。”
认为现在的大明商税制度是有问题的，朱载坖认为，趁此机会，全面讨论大明的工商业税收的问题，由内阁领导户部、税务总署等相关衙门制定有关工商业的赋税则例，规范朝廷对于工商业的榷税。
对于现在大明的商税问题，最受人诟病的就是重复征税的问题，之前就有官员上疏称：“祖宗立法，商货征税，悉有定规，税其一不税其二，征于彼不征于此。两京则有宣课司之设，而府州县则有税课局之设，鱼课则有河泊所之设，盐铁则有场冶之设，至于木竹有工部抽分厂之设，舟船有户部钞关之设，其取利于民，极为纤悉而周密矣。”