张居正认为，唐代之所以晚唐的君主多没有功臣配享太庙，主要还是因为中晚唐藩镇割据，朝廷对于地方的控制能力大为减弱，整个朝廷也没有说的过去的人才可以配享太庙，实际上处于一种苟延残喘的状态，而大明如果也这么的做的话，不是将先帝和晚唐那些乐色相提并论了吗？
而且前代的所谓配享太庙制度，多不完善，如辽就只有圣宗耶律隆绪庙庭有功臣配享，只有太尉，乌者和北边拽剌，耶律欲稳两人配享太庙，难道有辽一代，只有这两位功勋卓着的大臣吗？显然是不可能的，如耶律休哥、耶律斜轸、韩德让等名将，都是名震华夏的大将，他们都不能配享太庙吗？
再比如说前元，只有配享武宗海山庙庭的宣慈惠圣皇后弘吉剌·真哥，这些都是蛮夷之风，大明不能够向他们学，张居正的意思很简单，就是还是要效仿前宋之制，为所有的先帝都安排功臣配享太庙。
但是张居正的这个建议遭到了左都御史海瑞的坚决反对，海瑞认为，配享太庙乃是人臣所能获得的至高无上的荣誉，是要垂之后世，昭示天下的，朝廷必须秉持大公至正的原则，严格的进行审查，不符合条件的就不能进入太庙，否则配享冗滥，就失去了原本的意义。
对于海瑞的这个发言，很多重臣们表示了支持，不管是曹魏还是唐宋，能够配享太庙都是一件极为荣耀的事情，虽然看起来两宋是为每位皇帝都安排了功臣配享太庙的，但是这也导致两宋的配享制度不稳定，经常有重臣因为其他事情被迁出太庙，然后又再次配享的，虽然这反映了两宋的党争激烈，但是这种行为本身就伤害了配享太庙制度的严肃性。
所以海瑞认为，与其这样的配享，还不如不配享，配享太庙，对于人臣来说，是极为荣耀的事情，也是朝廷对于忠臣良将至高无上的奖励，所以必须要慎之又慎，一旦作出决定，就不能轻易更改，这是有关朝廷信誉的大事。
大部分的臣子们都支持海瑞的观点，对于配享太庙，朝廷要慎之又慎，要抱着宁缺毋滥的心态，而在具体的评选标准上，经过大臣们的讨论，认为还是要以功劳为主，主要是要有开基创业、拓土平叛、安疆保民、忠心报国这样品质的功臣才能够配享太庙，非有大功者不能配享太庙。
朱载坖基本同意了这个观点，因为按照这个观点，武臣在配享太庙中的人数比例肯定会大大增加，而同时第一个出局的就是在文臣中呼声最高的三杨团体，之前关于配享太庙的人选问题上，三杨一向是热门人选，很多人认为三人均历仕永乐、洪熙、宣德、正统四朝，先后位至台阁重臣，正统时加大学士衔辅政。以“三杨”为代表的台阁体诗文，内容上歌功颂德，粉饰现实；艺术上追求雅正，流于平实。永乐至成化年间，文坛几乎为台阁体垄断。时人咸称杨寓有学行，杨荣有才识，杨溥有雅操，称西杨有相才，东杨有相业，南杨有相度。故论我朝贤相，必曰三杨。
所以在配享太庙这个问题上，三杨一向是热门人选，但是朱载坖首先要否决的就是三杨，原因很简单，就是弃土，自永乐五年布告天下诸国设交趾布政使司以来，虽屡有叛乱，但成祖以大军一往，都旋即扫平。20年以来、其地已承大明教化甚深，不在云南、贵州之下，忽然弃之，天下震惊。
虽然放弃交趾有很多不能明言的原因，但是无论怎么说，放弃领土是绝对不能容忍的，如果朱载坖连这个都不顾，而让三杨配享太庙的话，岂不是鼓励这些臣子们放弃大明的领土了？虽然放弃交趾是宣宗皇帝所做的决定，但是三杨作为当时的辅臣，肯定是负有不可推卸的责任的。
放弃交趾给大明带来了极为严重的后果，最重要的后果就是对于大明朝贡体系的冲击，原来的交趾地区是中国内部管辖的地区之一，结果黎利的反抗直接变成了藩属国的地位，这点给当时的其他藩属国带来了很大的影响。黎利的反抗运动可以成功，并且大明皇帝并没有过分在意这件事，就间接说明大明的国力并没有之前繁盛，之前交趾发生动乱，成祖就派兵平定，这次同样发生动乱，居然草草了之。无疑暗示藩属国，可以进行一定的反叛运动，争取独立。
所以朱载坖认为，仅凭这一点，三杨就不能配享太庙，而以这个为标准，孝宗朝的刘大夏等人也肯定是要被予以排除在外的，原因很简单，当然放弃哈密，也是他们所做的决定，朱载坖的这个条件是硬性条件，只要有弃土这个行为的，不管功劳多大，一律不能进入太庙。
而能够开疆拓土的，则是要予以重点考虑，这点上朱载坖特意提出来宪宗朝的王越，曾三次出塞，收取河套地区，于红盐池之战、威宁海之战中两次远袭鞑靼。因军功获封威宁伯，身经十余战，出奇取胜，动有成算。又提携后进，笼络豪俊，深得众心。
朱载坖认为他虽然有结交太监等一些在文臣们看来所不齿的行为，但是白璧微瑕，仍旧应当予以加赏，朱载坖特旨令王越取代刘大夏配享孝宗皇帝。
除了这些人之外，对于朝廷来说，比较重要的就是于谦的处理方式，之前很多很多官员们都要求将于谦配享太庙，以功劳而论，于谦是绝对足够的，挽狂澜于既倒，扶大厦于将倾，对大明来说，于谦绝对是立下了大功的人，以于谦的功劳，配享太庙绝不为过，但是于谦毕竟是被英宗皇帝所杀，虽然朝廷已经平反昭雪了，但是毕竟对于英宗来说是很难堪的事情，所以也有一些臣子们认为保险起见，还是不要让于谦配享太庙的为好。