对于这个问题，左都御史海瑞认为于谦应当配享太庙，原因很简单，虽然英宗皇帝确实杀了于谦，但是实在徐有贞等一帮奸佞的欺骗之下才作出的决定，英宗皇帝事后也非常之后悔，英宗在生前也说过：“于谦实有功。 于谦始终景泰朝，被遇若一身，死无余赀。”
而且宪宗皇帝在为于谦平反的诏书中也明确说道：“卿以俊伟之器，经济之才，历事先朝，茂着劳绩。当国家之多难，保社稷以无虞；惟公道而自持，为机奸之所害。在先帝已知其枉，而朕心实怜其忠。”
孝宗皇帝在上谕中也明确说道：“于谦气禀刚明，才优经济，兼资文武，茂着声猷，当皇祖北狩之时，正国步难危之日，乃能殚竭心膂，保障家邦，选将练兵，摧锋破敌，中外赖以宁谧，人心为之晏然，回銮有期，论功应赏，不幸为权奸所构，乃陨其身，舆议咸冤。”
大明数代先帝都肯定了于谦的功绩，此事天下皆知，若是朱载坖对此事遮遮掩掩的话，反而会让人家觉得朝廷心虚，所以于谦配享太庙，是当之无愧的。海瑞的这个观点也得到了张居正的支持，他也认为这是纲常气节制所在，朝廷正好用此来激励士子们报效国家。
朱载坖也认为正当如此，不仅仅是要肯定于谦的功劳，更加重要的是要借由此事肯定肃宗皇帝的功绩，虽然朱载坖为肃宗皇帝上了尊号，但是在大明的皇帝中，肃宗似乎仍旧有些名不正言不顺的意思，朱载坖正好利用这次功臣配享太庙的机会，为肃宗皇帝正名。
所以朱载坖当即决定，于谦配享肃宗皇帝庙庭。
除此之外，朱载坖还钦点了一人配享仁庙，就是原苏州知府况钟，虽然况钟品级不高，仅仅是三品，远远比不上这些部堂大员或者是内阁辅臣，但是况钟作为大明循吏的代表，朱载坖认为仍然是有很重要的意义的，通过将况钟配享太庙，向天下的官员们传达一个信息，就是配享太庙并非是高级官员们的专利，只要能够向况钟那样，积极任事，为朝廷，为百姓办事，朝廷依旧会予以加赏。
在商量完了这些事情之后，朱载坖宣布在内阁的领导之下，会同翰林院、都察院、吏部、礼部、兵部、国史馆等相关衙门，共同确定配享太庙的人选。
不过朱载坖现在最关心的就是配享太庙的武臣，朱载坖很清楚，虽然朱载坖三令五申，在选择配享太庙的功臣上，不分文武，惟以功绩论，但是朱载坖很清楚，指望这帮大明文官们干这件事情，显然是不太可能的，他们不光有文武之争，还有门户、出身、乡里、学派等各种各样的分歧，在配享太庙这么大的荣耀面前，虽然文官们内部有各种各样的矛盾，但是如果朱载坖不加以干预的话，那是肯定会整出一份让朱载坖很无语的名单的。
朱载坖于是召集勋臣、参赞军务大臣们，一道在一旁商量应该让那些勋臣武将配享太庙，第一个就是保国公朱永，作为继张辅之后勋臣中能够拿的出手的名将，朱晖也算是非常不错的将领了，前后八佩印，征荆襄、延绥、建州诸贼，战果也算是说的过去了，让朱永配享宪宗皇帝，也算是一个不错的选择。
除此之外，勋臣们还向朱载坖举荐定襄伯郭登，他是郭英的曾孙，也是勋贵武将中的佼佼者，土木之变中，郭登奉命随从护卫至大同府，被超拜为都督佥事、参将，辅助广宁伯刘安镇守大同。七月，成国公朱勇等战死于鹞儿岭，英宗及群臣仓促商议回师之事，郭登向随行的阁臣曹鼐、张益建议从紫荆关回师，但是不听。
等到英宗被俘，也先率军带着英宗在大同索要财物的时候，郭登与刘安及侍郎沈固、给事中孙祥、知府霍瑄等出城拜谒，伏地痛哭，将二万余两白银及宋瑛、朱冕、内臣郭敬的家产进献给英宗，以赐给也先等。这天晚上，敌军在城西扎营。郭登企图派精锐前去劫营迎驾，可惜没有成功。
郭登也是勋臣中战功卓着，而且文武兼备的人才，郭登统兵多次击败也先，斩获上千，极大的提振了官军在土木之变后的士气，朱载坖也同意了勋臣们的建议，以郭登配享英宗皇帝。
除此之外，朱载坖还决定以太保兼太子太傅、左都督、大同总兵官周尚文配享世宗皇帝，周尚文是嘉靖朝名将，为人多谋略，擅长骑射，有“飞将军”之称，在马芳之前，周尚文是唯一能够和俺答抗衡的官军大将。
但是朱载坖很清楚，还有一位重量级人物没有处理，就是王守仁，虽然朱载坖有意冷处理此事，但是很显然，现在朝廷内外心学门徒甚多，前首辅徐阶、李春芳通过密疏向朱载坖陈述王守仁的功绩，请求将王守仁配享武宗皇帝，而在朝廷内部，翰林学士知制诰赵志皋、礼部左侍郎署理藩院事罗万化等一众臣子，纷纷向朱载坖上疏，认为王守仁功绩彪炳，理应配享太庙。
但是首辅张居正却向朱载坖上密疏，希望朱载坖不要将王守仁配享太庙，张居正的不支持王守仁配享太庙的理由很简单，之前在李春芳担任首辅的时候，已经让王守仁陪祀孔庙了，对于王守仁来说，尊荣已极，无以复加了，现在这些王学子弟还想要王守仁陪祀太庙，张居正认为这不可行，鱼和熊掌不可兼得，朝廷不能将心学抬的太高，否则到时候就会反噬朝廷的。
现在心学门徒本就人数众多，在朝廷内外拥趸不少，朝廷要是再将王守仁的地位拔的过高的话，形成尾大不掉之势，到时候麻烦的是朝廷和朱载坖，所以张居正在密疏中建议朱载坖以王守仁已经陪祀孔庙为由，否决令其配享太庙的提议。