朱载坖在批阅之后，将这份名单下发给朝廷讨论，果然如朱载坖预料的一样，威力巨大，朝廷之上为了此事迅速展开了大讨论，不出朱载坖的所料，对于仁宗、宣宗、宪宗、孝宗这四位应该配享太庙的功臣，朝廷上下是没有什么意见的，但是英宗、肃宗、武宗、世宗四位皇帝分歧就非常之大。
不过对于这个，朱载坖暂时没有理会，朱载坖首先就提出了一个问题，就是被拟定出来的这些重臣们，只有文臣，并没有勋臣、武将，这恐怕有些不妥吧？毕竟要按照祖制的话，配享太庙的反而是武臣更多，占据绝对优势，而非是文臣。
对此，礼部尚书徐学谟上疏予以解释，他认为太祖、成祖创业靖难之时，多倚仗武臣，所以太祖成祖两朝，能够配享太庙的，多是武臣，而成祖之后，天下承平，海内安定，偃武修文，朝廷治理天下，所依靠的多是文臣，所以配享太庙的也多是文臣。
对于徐学谟的这个解释，朱载坖认为不能接受，朱载坖下达上谕，认为文武之道，一张一弛，不可偏废，朝廷治天下以文，守四方以武，不仅仅要用文臣配享太庙，还要将一些功勋卓着的武将也配享太庙。
朱载坖还亲自点了一人，就是定兴王张辅，朱载坖在给朝臣们的上谕中说道：“定兴王于南征之际，实总师旅。审几出谋，克明克断。率先将士，奋勇不顾身。遂生絷凶渠，摧逆抚顺。历事四朝，为国元老上将。自王振盗权专横，三杨皆避祸，不以国家安危自任。己巳亲征，心知不可而从之出，不免于难。诚可惜哉！当配享宣庙，以昭天下也！”
朱载坖认为张辅功勋卓着，又以七旬高龄，身死贼手，深可悯恻，不死于交趾以为忠，而死于土木以为不忠，朱载坖认为实在是对其不公，所以要求将张辅配享宣庙，至于为什么不配享英庙，原因很简单，他不配！同时也是肯定张辅在追随宣宗皇帝平定汉王之乱的功绩。
朱载坖的上谕下达之后，最激动的就是现任英国公张元功，得知消息的张元功向朱载坖上疏道：“臣家百年之愤，得雪于陛下也！”
除了张辅之外，朱载坖还要求礼部会同兵部等，从历代元戎大将中挑选勋名卓着的，也要配享太庙，不能仅仅只选择文臣配享太庙。
而除了这个问题之外，还有一个人也在朝廷之中引起了巨大的争议，那就是王守仁王文成公，原因很简单，他该不该配享太庙，也是一个重要的问题，如果以功劳算的话，王守仁是绝对足够配享太庙的，讨平两广之乱、宁王之乱，为大明立功甚大，而且是文武兼备的人才，以功劳论，绝对足够配享太庙了。
但是另一方面就是王守仁的学说影响很大，拥趸甚多，从嘉靖以来的诸多辅臣都是心学门徒，在朝廷之上的心学门徒就更多了，但是同样数量众多的是反对心学的臣子，他们认为心学乃是歪理邪说，配享太庙，乃是何等的荣光，是要传之后世，垂信千载的，他们认为王守仁虽然功劳甚大，但是持论甚乖，所以不应当配享太庙。
除此之外，在人选的确定上，还有一个重要的问题，就是很多六部和外官们认为，内阁主导拟定的这个名单，过于倾向于内阁了，往往在确定人选上面优先考虑内阁辅臣，而不是六部和外官，既然配享太庙看的是臣子的功绩，那么就应该惟功绩是论，怎么能够偏私呢？
内阁辅臣们这么干，分明是想为自己以后在太庙里面占好坑，这怎么能行？以吏部尚书张瀚、兵部尚书汪道昆、礼部左侍郎掌升平署事王世贞等人为首，纷纷上疏请求推翻之前内阁所拟定的人选名单，重新拟定人选，不能内阁什么都占着吧？
在这几位的鼓噪之下，外廷官员们也都激动起来了，凭什么你们内阁又多吃多占，什么好事都轮到你们内阁，那怎么行，外廷官员们纷纷上疏，甚至连地方的总督大员们也上疏认为配享太庙，乃是朝廷重典，应当考察其功业、人品、才能、名望等，要符合各方面条件的，才能够入选，不能随意确定，尤其是内阁辅臣在其中所占的比重过重，明显不公平，他们要求重新议定人选，付之公论。
朱载坖自然是乐的如此，讨论的越激烈，朱载坖能够浑水摸鱼的可能性就越大，所以朱载坖下诏同意了重新商量人选的请求，首先是要确定能够配享太庙的资格问题。
朱载坖亲自主持了大朝会，与在京四品以上官员商议此事，礼部尚书徐学谟认为，按照礼记：“凡有功者，铭书于王之大常，祭于大烝，司勋诏之。”那么配享太庙的主要标准就是功绩。
而东阁大学士申时行则是引用魏书称：“昔先王之礼，于功臣存则显其爵禄，没则祭于大烝，故汉氏功臣，祀于庙庭。大魏元功之臣功勋优着，终始休明者，其皆依礼祀之。”
功劳、人品，甚至是时代，都有一定的要求。还有一个重要的问题，就是是否要为每一位先帝都配享功臣，按照两宋制度的话，考索两宋十三帝的情况，除宋钦宗（赵桓）没有大臣配享外，其他皇帝都有。
但是唐代就是不是这样，在初唐和盛唐，基本上每位皇帝都有，高祖、太宗、高宗、中宗、睿宗、玄宗都有功臣配享太庙，但是中唐以后，只要肃宗、代宗、德宗、宪宗又功臣配享太庙。
所以说在是否要给每一位先帝都安排功臣配享太庙，确实是一个问题，朱载坖并没有第一时间发表意见，而是询问重臣们对于此事的意见。
首辅张居正的意思是应该取法于宋制，而左都御史海瑞则认为应该取法于唐制，两人都有自己的道理。