朱载坖的诏书下达之后，朝廷的反应是很激烈的，尤其是朱载坖要让高拱入祀太庙，这在大明还是非常之罕见的，大明之前的历史上，能够配享太庙的，无一不是为大明立下汗马功劳的人。
如太祖皇帝升遐之后，进入太庙奉祀，配享他的功臣，就是徐达、常遇春、李文忠、邓愈、汤和、沐英、俞通海、张德胜、胡大海、赵德胜、耿再成、桑世杰12人。
而配享成祖皇帝的，则是张玉、朱能、王真、姚广孝4人，之后的皇帝都再没有臣子附祭。但是对于配享太庙的人员，历朝都有一些调整，世宗修订朝廷祭祀礼仪，为朱元璋增加了配享大臣刘基1人，然后因为姚广孝是和尚，将姚广孝从朱棣的配享大臣中移除，转祀于大兴隆寺。
还有就是太祖朝名将郭英的配享太庙，原本郭英是没有在太祖配享太庙的功臣行列的，但是嘉靖十六年，武定侯郭勋乞请，升进其先祖郭英配享太祖。对此，户部左侍郎唐胄力争，以为不可，但是，世宗没有听取，接纳了郭勋的建议。
在大明，除了太祖成祖之外，其他的皇帝还没有配享太庙的臣子，朱载坖要让高拱配享太庙，这是旷世恩典，这些臣子们自然是眼红不已，他们纷纷上疏，认为高拱配享太庙之事不可。
但是很奇怪的就是内阁诸位辅臣，却罕见的没有任何反应，其实每个毫无反应也早就在朱载坖的意料之中，内阁为什么在这件事情上不发一言，其实原因也很简单，就是张居正等人自己也想要配享太庙这个荣耀，若是现在他们将高拱配享太庙的事情也否决了，等到自己之后想要配享太庙，那是绝对不可能的事情了，所以张居正等人在这件事情上不发一言。
而朱载坖当然是很清楚张居正的想法，于是在文华殿召见了张居正，朱载坖的现在要解决的问题就是一个，现在朝堂之上对于配享太庙的问题意见很大，但是朱载坖要推动此事，所以朱载坖向张居正询问有没有好的办法，对于朱载坖的这个要求，张居正早就有所思考了。
为什么朝堂之上对于朱载坖让高拱配享太庙的意见这么大，并非是他们对高拱功绩有所怀疑，对于高拱担任首辅期间的功绩，满朝上下还是都认可的，问题是大明从太祖、成祖之后就没有功臣配享太庙的事情了，朱载坖猛地要让高拱配享太庙，群臣们很难接受。
张居正对朱载坖说道：“陛下，自成祖以后，就无配享之典，陛下猝然兴之，必有所疑也！”
朱载坖明白了张居正的意思，要想让高拱等人配享太庙，朱载坖就不能一个人吃独食，得给自成祖以后得先帝们都配享功臣才行，这样高拱配享太庙也就显得不那么突兀了，日后张居正等人就也好援引此例也配享太庙，对于朱载坖来说，这个办法确实是能够解决这个问题，直接回复配享制度，所有的先帝们都一视同仁，这样一来，臣子们的反对意见确实是会小很多。
但是对于朱载坖而言，这个事情绝对没有这么简单，历代的先帝都要有功臣配享，这当然可以减少群臣们对于高拱配享太庙的反对声浪，但是对于历代先帝的配享功臣，这可不是一件简单的事情，对于仁宗、宣宗等先帝来说，他们配享的功臣相对比较好确定，因为如三杨、金幼孜、蹇义等人都是大名鼎鼎的任务，没有什么可以争议的。
而对于英宗、肃宗、武宗、世宗等几位皇帝，配享太庙的功臣人选就很微妙了，第一个问题就是于谦要不要配享太庙，从肃宗皇帝本身来说，于谦自然是应当配享太庙的，于谦对于大明也算是立下了汗马功劳的人，但是从英宗皇帝来说，让于谦配享太庙，无异于狠狠地抽留学生的脸，这是万万行不通的。
其次就是武宗和世宗这两位距离朱载坖最近的臣子，武宗朝的问题就是杨廷和要不然配享太庙，从武宗的角度来说，杨廷和立下了安定社稷，拥立新君的大功，但是在世宗朝，杨廷和的形象就不那么光辉了，不管是从大礼议还是左顺门之变，还有世宗皇帝对于杨廷和父子的看法也是极为恶劣的，朱载坖是肯定不可能让杨廷和配享太庙的。
至于世宗朝，那就是更热闹了，不说现在还活着的徐阶，已经死了的张璁、严嵩等人，也都是风云人物，到时候肯定会搞得整个朝廷不得安生的。
要是朱载坖命令为历代先帝选择功臣配享太庙的话，朱载坖可以想象到时候整个朝廷的口水仗肯定是打的飞起，但是现在开来，似乎只有如此，于是朱载坖命令张居正与礼部、国史馆、翰林院一道线小范围讨论一下此事，将历代先帝可以配享太庙的功臣们予以罗列，朱载坖在最终决定。
很快内阁和国史馆、礼部、翰林院就是拟定了一份名单，上奏朱载坖：仁宗朝：黄淮、蹇义等；
宣宗朝：金幼孜、杨士奇等
英宗朝：杨溥、李贤等；
肃宗朝：于谦、王直等人；
宪宗朝：商辂、彭时等人；
孝宗朝：刘健、刘大夏等；
武宗朝：李东阳、杨廷和等；
世宗朝：张孚敬、徐阶等。
朱载坖在批阅了这份奏疏之后，从上述名单中勾去了两人，一个是杨廷和，原因很简单，朱载坖援引世宗皇帝的上谕：“杨廷和为罪之魁，以定策国老自居，以门生天子视朕。”所以朱载坖将其勾去。
另外一个是徐阶，朱载坖勾去徐阶的原因很简单，就是徐阶现在毕竟还活着，就议定其配享世宗太庙，虽然荣耀，但是有些不吉利，朱载坖还希望徐阁老多挺一会儿，所以朱载坖勾去了徐阶的名字，明确规定这次商议配享太庙的臣子，都是已经故去的重臣，仍旧在世的不在此列。