朱载坖要修订翰林官选拔方法的事情，很快就在朝廷中传开了，对于朱载坖的这个举动。翰林官员们自然是极为不满，但是其他的朝廷官员对于朝廷增加翰林官选拔途径这事反而是极为高兴的，之前要想进入翰林院，要么是三鼎甲，要么是朝考，别无其他途径，对于很多不是累世簪缨家庭出身的官员来说，往往对于朝考的准备不够充分，家庭因素在朝考中占有很大的比例。
在翰林院中，父子翰林、族兄弟翰林，还有阁臣子弟入翰林的情况都是非常之普遍的，这种情况的发生，使得朱载坖和朝廷官员对于朝考的公平性确实有了一些怀疑，虽然朱载坖没有说什么，但是这些年以来，阁臣子弟中试然后被选为翰林的事情是越来越多了。
朱载坖对于这些通过朝考选为翰林官的人，实在是不敢抱有希望，所以朱载坖才决定从有经验的官员中考选翰林官，以为朝廷储备人才。
对此反应最激烈的就是现在的翰林官了，他们认为三鼎甲入翰林院和经由朝考选拔翰林官乃是祖制，不能够更易，对于这些看法，朱载坖嗤之以鼻，什么祖制？杨士奇是什么出身，怎么被选入翰林院的，国初之时，翰林官的来源是极为复杂的，像杨士奇这样经由推荐而不是考试来的人多了去了。
所以谈什么祖制？祖制还不需要考试呢，对于这些官员的议论，朱载坖没有予以理睬，而是要求内阁、吏部详细制定考选翰林官的制度，同时改变翰林官的培养方式，不仅仅要坐在翰林院中修史，而是要为大明选拔出合格的辅弼人才。
所以朱载坖要求张居正等人制定一套严格的培养和考核办法，在翰林院学习之后，让这些翰林官们带着翰林官职到地方、科道、六部去任职，以积累他们的经验，培养他们的行政能力，贯彻宰相必起于州郡，猛将必发于卒伍的理念。
朱载坖为此事多次和内阁以及部院重臣们商量，最后制定了翰林考选则例，规定翰林院官员的来源、考选方式和培养办法，除了三鼎甲和朝考考入翰林院之外，科甲出身和制科中式的官员，年四十以下，没有受过处分，任满三年正印官，考绩优良的，都可以通过翰林院组织的考选考入翰林院。
翰林考选以内阁辅臣和部院重臣为考官，对于参加考试的官员，以策论为主要的考察方式，主要是选拔有行政能力的官员为主。同时庶吉士在翰林院散馆之后，不仅仅要留在翰林院中工作，还要轮流到科道、地方、六部任职，积累经验，对于考绩不合格的，要予以黜退，对于翰林官，要严加要求，吏部随时向朱载坖奏明翰林官的情况。
朱载坖要求今年就开始组织第一次的翰林考选，在南北两京翰林院同时举行考选。
而正当朱载坖在处理这些事情的时候，贵州急报，杨应龙作乱，这其实早就在朱载坖和重臣们的意料之中了，但是当朱载坖详细看完了巡抚贵州都御史邢阶的奏疏的时候，还是不由得动怒了，这次最终将杨应龙逼反的，居然是刘綎，他担任贵州镇副总兵，统帅从缅甸、云南、四川等出抽调来的六千援军。
刘綎手下有很多其父刘显的老部将，都是能征惯战之人，因此刘綎自认为很强大，但是他驾驭不对不得法，放纵手下的士卒劫掠，军纪败坏，使得贵州土司对于刘綎很愤怒了，因此杨应龙才认为官军不足为敌，敢于提前作乱，同时朝廷加强在贵州的军事存在也使得杨应龙感受到了威胁，故而在多方的作用之下，杨应龙决定提前作乱。
由于刘綎在贵州搞得土司对官军极为厌恶，不少土司选择跟随杨应龙作乱，而刘綎又骄矜自满，认为自己麾下都是精锐，同时对于张元勋，他也不放在眼中，认为总兵张元勋胆怯，独自率军迎战杨应龙，轻兵冒进，招致大败，所部六千精锐，只剩两千余人逃归，使得杨应龙现在士气大振，邢阶和张元勋只得率兵守卫各州县，战局对官军现在是十分的不利。
朱载坖看完奏疏之后，勃然大怒，虽然刘綎的失败造成的损失并不大，但是对于整个贵州的官军士气大计是非常之沉重的，从朱载坖开始用兵以来，大明还没有遭受过这么惨重的失败，而且是本来可以避免的失败，这使得朱载坖对于刘綎极为不满。
当即召集阁部重臣商量此事，朱载坖问道：“杨应龙作乱，刘綎战败，卿等以为应该如何处置啊？”
张居正认为应该征调西南官军，从速剿灭杨应龙，同时对于刘綎，张居正认为他还是有一定的军事能力的，只不过小受挫折，朝廷应该准允其戴罪立功。
朱载坖不认同张居正的观点，朱载坖认为刘綎战败，必须严惩，朝廷军法如山，岂可儿戏？刘綎骄矜自大，招致大败，数千官军战殁，同时间接壮大了杨应龙的实力，而且桀骜不驯，不听巡抚邢阶和总兵张云勋的指挥，如不重惩，不能彰显朝廷军法之威。
朱载坖要求将刘綎下卫尉寺严审，但是被重臣们给劝住了，并非他刘綎的原因，重臣们主要是考虑到其父刘显现在正在缅甸作战，刘显为朝廷安定缅甸，居功甚伟，要是朝廷重惩刘綎，会使得刘显寒心的，兵部尚书汪道昆建议，将刘綎罢官送归其父处。
但是这个建议也被朱载坖否决了，朱载坖认为刘綎还是有些本事的，既然不能将其下卫尉寺，那就将其降三级为播州守备，令其戴罪立功，同时朱载坖亲自给刘綎下旨，明确说明这次刘綎本当送法司严惩的，但是念在其父效劳经年的面子上，朱载坖准允其戴罪立功，倘若再有不听节制，丧师战败的事情发生，朱载坖必将其身送东市，以正军法。同时命令刘显从缅甸、云南再抽调三千精锐，调归刘綎指挥，让其戴罪立功。