朱载坖认为，仅凭殿试和朝考就确定翰林院的人选，对于大部分的官员来说实在是有些不公平，而且朝廷选拔翰林官员，不仅仅只是选拔学识优长、文采过人的官员，更重要的是为朝廷储备人才，所以不管是六部、都察院、各寺的官员还是地方的州县官员，只要符合一定标准的，都可以经由考试选拔进入翰林院，将这些在地方和朝廷历练过的官员选入翰林院加以培养，才能够培养出合格的人才。
对于朱载坖的想法，张居正和张瀚都认为有些过于大胆了，因为无论是进士选官还是翰林院选拔，都是沿袭已久的成法，朱载坖要想轻易改变，绝对不是一件容易的事情，所面临的阻力肯定是不小的。
对此，朱载坖是当然早就有所预料的，他对张居正说道：“法者天下之公器，变者天下之公理，只要能够对大明有益之事，朕决不退缩。”
思索再三之后，吏部尚书张瀚才说道：“陛下，臣以为，若贸然变动进士授官之法，恐怕不妥，毕竟兹事体大，又涉及科举，宜徐图之。”
朱载坖当然明白了张瀚的意思，进士选官的改革，兹事体大，不能够轻易动，而是要慢慢来，因为即便是现在就将这些制度定下来，也是要等到下一科才用，所以还有时间，而翰林的考选所涉及的人少，容易操作，所以要优先进行，不能一下子就同时对科举选官和翰林院选官同时变更，这样所造成的影响太大，即便是现在朱载坖已经完全掌握了朝局，也要尽可能的保证朝局的稳定。
朱载坖于是询问张居正和张瀚具体的办法。
张居正认为，虽然现在从新科进士中选取庶吉士的办法有一定的弊端，但是不能够完全废除，因为从新科进士中选取庶吉士不仅仅是祖制，而且也有优点。
这些从新科进士中选取的庶吉士，能够在更短的时间内跻身国家高级文职官员行列，在翰林院通过一系列的学习和考核后，其中有才能者迅速的从官僚群体队伍中脱颖而出，并且在考选成为庶吉士之后直接进入韩林院学习，并不直接参与官场生活，从而使得庶吉士能够远离官场不良习气，进而保证庶吉士群体的正直性，同时他们可以使得朝廷中央官员群体的年轻化，使得官员群体富有活力。
所以张居正认为，直接从新科进士中选取庶吉士不能废黜，只是增加一个选拔翰林官的渠道，张居正说道：“陛下，自古帝王皆以文章关乎气运，而储才于馆阁。本朝所以储养之者，自及第进士外，止有庶吉士一途，凡华国之文与辅世之佐，咸有赖于斯，故断不可一途选取。”
这点确实是朱载坖所认同的，翰林院这帮人，虽然有些时候缺乏经验，但是搞事情的能力是不小的，不管是当年左顺门外的杨继盛，还是硬刚张璁、严嵩的徐阶、赵贞吉，都是翰林官，这帮人在那个时候还是有些赤子之心的，所以经常被拿来当枪使，比科道还好用。
朱载坖也认同张居正的这个看法，原来的选拔翰林官的途径不必废除，只是要增加从现有官员们选拔翰林官的途径罢了。
张居正和张瀚向朱载坖提了一些建议，首先就是资格问题，必须是进士出身，这点是毋庸置疑的，虽然朱载坖现在一直在推动三途并进，但是堂堂大明翰林院，总不可能真的弄个举人秀才进来吧，所以他们认为，还是必须要限定进士出身的才能够进入翰林院。
不过朱载坖增加了制科出身也可以进入翰林院，毕竟制科的含金量是远远高于科举，制科出身的人进入翰林院也是正常的事情。
然后就是其他资格的问题了，必须一任任满，也就是在中进士之后三年才有资格报名参加翰林院的考选，这样所选拔到的人才才有一定的经验，而且最近三年的考绩必须在中上以上，也就是考绩优等才能够报名，然后就是禁止性条款，因为贪墨被处理过或者是有其他处分的官员一律不允许报名。
而翰林院的考选基本上沿用朝考的模式，但是要更加贴近行政，突出翰林院为国家储才得目的。
张居正直接指出了现在翰林院制度的不足：“陛下，今也止教诗文，更无一言及于君德治道，而每每送行贺寿以为文、栽花种柳以为诗，群天下英才为此无谓之事，而乃为养相，远矣！”
张瀚也说道：“庶吉士，以唐诗正声文章正宗为日课，不知将来所以备顾问，赞机密者果用此糟粕否？”
朱载坖也认同张居正和张瀚的看法，现在翰林院最大的问题就是务虚，写诗作文，草拟诏书那是信手拈来，但是处理政务，他们就提不出来行之有效的建议。
再加上翰林院的这样迁转制度相对固定，庶吉士“散馆”后，成绩优者选任翰林，次者外转至科道官，除极少数的贬官罢黜以外，很少有人能调至地方，担任地方官员。在翰林院里面混日子的人大有人在，选任庶吉士就意味着起点极高，升任高官的机会增大，因此在这样的文化氛围下，庶吉士学习动力不足，部分庶吉士便不思进取，惶惶渡日，虚名猎利，熬过规定学习年限后，坐等迁转，就在翰林院里面熬资历，主打的就是一个只要命够长，三品到我家。
所以朱载坖特地要求在重新制定和翰林院相关的制度时，不仅要修订考选制度，还要修订黜退制度，翰林院是朝廷储才之所，不是养老混资历的地方，对于那些没有政治能力、品行不佳或者充当权贵打手的，要予以黜退，不仅仅是在革去其翰林官的职务，更是要限制其仕途，凡是被翰林院黜退的，再想升迁，必须三考中上以上才行。
朱载坖将此事交给了张居正和张瀚两人，要求重新制定相关的则例，为朝廷选拔、培养人才。