处分了战败的刘綎，朱载坖现在要处理的就是就是应该怎么平定杨应龙，朱载坖很清楚，杨家久镇贵州，在当地还有很有实力的，而且贵州地形复杂，官军经常所用的列阵而战在这里没有优势，兵部尚书汪道昆也对此事不甚了解。
不过巡抚贵州都御史邢阶和巡抚四川都御史叶梦熊也都有奏疏，向朝廷陈述此事，他们认为，大规模调遣官军，既不现实，也没有多大的意义，对于朝廷来说，要剿灭杨应龙，最好的办法就是以夷制夷。
他们主要想调的就是石柱土司和水西土司，播州周边土司中，石柱土司与播州杨氏土司关系较好，双方在杨应龙时期互为姻属。石柱马氏土司希冀彼此庇护，从而政治联姻播州杨氏土司，杨应龙也希望和石柱土司交好，从而壮大自己的声势，但是从杨应龙公开反叛之后，石柱土司是坚决支持朝廷的，叶梦熊也认为石柱土司可用，请求调石柱土司出兵，剿除杨应龙。
除了石柱土司之外，另外一个大的土司就是水西安氏了，本来水西土司和杨氏的关系并不好，据邢阶奏报：“安杨二氏，先世原为难国，安曾求亲，杨氏不从。盖自负为太原诗礼旧家，而安以猡鬼，耻与其为盟。”
但是杨应龙对于水西土司极力予以拉拢，他很清楚，水西土司实力强大，要是水西土司下场的话，他不一定吃得消，所以杨应龙用珠宝厚贿水西安氏，又派人说服安氏，讲明土司唇亡齿寒的道理。水西安氏遂既不帮官军，也不帮播州，按兵不动。准备作壁上观，好坐收渔翁之利。
邢阶在奏疏中认为水西土司也是可以拉拢的，邢阶在奏疏中称：“盖杨氏与安氏，接壤世姻，声势相依倚。杨氏发难之时，天下疑安氏为助。而安氏又与贵州甚近，若安助杨，无论杨不可诛，而贵州省城亦不可保。”他建议对于水西土司予以安抚，水西土司对之前被播州所占的乌江地六百里事耿耿于怀的，朝廷要是答应在平播之后能够将这乌江地六百里给水西土司的话，至少可以稳住水西土司。
朱载坖没有立即作出决定，而是派人召兵部尚书蓟辽总督谭纶回京师，因为谭纶担任过四川巡抚，对于当地的土司情况还是相对相对比较了解的，所以朱载坖请谭纶过来，对于邢阶的用土地来安抚水西安氏的想法，朱载坖并不想同意，这次朱载坖就是要平定播州的叛乱为有，在西南推动改土归流。
朱载坖自己也仔细思量了一下此事，同时将之前中南总督殷正茂的奏疏拿出来仔细看了一遍，按照殷正茂的说法，现在的缅甸还算是大体稳定，短期内是不需要朝廷大举增兵的，而云南最近都相对比较稳定，不管是朝廷官军还是土司兵可以调动，而朝廷所需要的粮秣，则是要从四川调拨，在西南作战，对于朝廷来说最痛苦的就是地形了，山高沟深，交通不便始终困扰着朝廷。
等到谭纶从三屯营回到京师的时候，朱载坖大为吃惊，谭纶形容枯槁，之前谭纶多次上疏求去，都被朱载坖以蓟辽重任，不可轻忽为由予以拒绝了，朱载坖也确实是找不到人接任蓟辽总督，所以只能一直从翰林医官院派遣翰林医官为谭纶调治，但是很显然，谭纶的身体仍然是每况愈下。
朱载坖说道：“卿家何至于此啊！”
谭纶有些虚弱的说道：“陛下召臣之意，臣以知之也！”原本朱载坖希望谭纶出任帅臣，总督方面，但是现在看来谭纶的身体不可能支撑他赴西南任职了，甚至再继续担任蓟辽总督都不可能了。
谭纶当然也已经知道了杨应龙反叛的事情，谭纶认为，用石柱土司对付杨氏是可以的，石柱土司实力强大，节制九溪十八洞，石柱乃辖东至湖北利川，南接黔江，西界丰都，北邻忠州。广230里，袤240里之广阔地域。用石柱土司之兵对付杨氏是可行的。
至于答应给予安氏土地一事，谭纶认为不能答应，朝廷要推动改土归流，就不能使得任何土司做大，朝廷要是答应了安氏给予他乌江土司，在平定杨氏之后，势必使得安氏做大，同时也会使得贵州的土司轻视朝廷，认为朝廷只能依靠土司才能平定杨氏。谭纶认为，调云贵川三省之兵，以四川的粮接济，以雷霆之势对杨氏大加挞伐，斩草除根，使得川、黔等地的土司直道天威。
而关于方面之臣的人选问题，谭纶举荐大理寺卿赵锦，因为赵锦曾经以以右副都御史巡抚贵州，平定贵州龙得鲊叛乱，对于贵州的情况比较熟悉，在贵州当地也颇有威望，所以谭纶举荐赵锦。
同时谭纶再次请辞，朱载坖有些担忧的说道：“蓟辽股肱之地，公若去之，谁可继任？”朱载坖当然知道谭纶的身体已经是勉为其难的在支撑了，但是蓟辽乃是重地，要是没有精通军务的重臣重镇，朱载坖是实在不放心。
谭纶向朱载坖举荐了南京工部尚书凌云翼，凌云翼也确实是知兵之臣，从以右副都御史巡抚江西，疏论卫所消耗弊事多得施行。然后担任南京兵部右侍郎、右佥都御史、总督两广军务，后巡抚广东，败海寇林凤，平两广罗旁、河池瑶民起事，在军务上还是颇有一番作为的。
现在谭纶病重，朱载坖不得不同意了谭纶的请求，调南京工部尚书凌云翼为兵部尚书总督蓟辽大宁等处军务事。谭纶以兵部尚书衔在京师养病。
随后朱载坖发布命令，升大理寺卿赵锦为兵部左侍郎兼左副都御史，经略贵阳，督川、黔、滇三省之兵，剿除杨应龙，赐天子剑、银令箭。
任命黔国公沐昌祚为提督滇黔军务事，挂平蛮将军印，督云南官军及土司兵速赴贵阳进剿。