朱载坖为此专门命令翰林院，将两宋馆阁制度的相关资料整理之后送来，朱载坖仔细查阅了有关馆阁制度的资料，不得不佩服两宋馆阁选拔之严密，两宋的馆职召试，有自荐召试、他人荐举召试和皇帝特旨召试几种。召试的内容大体不出诗赋策论，但是有资格要求的，选举人才还是相对比较公平的。
故而宋人不无自豪的说道：“三馆清华之地，皆一朝英俊之游。文章三代之余风，礼乐百王之旧贯。首此图治，要先得人。”
两宋官员，借以得授馆阁贴职为荣。
朱载坖看过之后，立即召见了首辅张居正和吏部尚书张瀚，阐述了自己的看法，朱载坖的的看法是很简单的，趁这两年大明战事不多，朝廷有精力整顿朝纲吏治，朱载坖要狠狠的整顿一下大明的吏治，之前朱载坖所采取的都是直接打击地方势力，加强朝廷权威的办法，这种办法固然是立竿见影，效果很好，朱载坖即位以来，借由多次大案，已经严厉的打击了东南的盐商、豪强地主和豪商集团，但是这不是治本的办法，治本的办法还是加强朝廷对于地方的控制能力。
说白了，就是加强地方官府对于地方的控制，强化官府的权威，这就需要一批精明强干的官员们，而对于大明来说，虽然朱载坖实行了三途并进，但是科甲出身和吏员出身之间的鸿沟不是一时半会能够逾越的。
这是朱载坖对于大明的选官制度最为不满的地方，大明的这套选官制度，真的是一言难尽，常常是人为的在大明的各级官府中制造矛盾，在地方官府中，进士、举人、吏员出身的官员是泾渭分明的，在衙门们有着严格的界限，进士出身的官员们，外放就是七品正印，自然是看不起这些举人、吏员出身的官员。
举人出身的官员，从八品做起，一般从教谕做起，在官场上拼搏多年，不过县丞、主簿等佐贰官，吏员出身的官员就更惨了，从九品起步，一般只能担任典史等所谓的首领官，就是领导吏员的官。而且大明的官场中，一般不用吏员出身的官员担任州县正印，进士出身的先选，然后是举人出身，吏员出身的官员，没有特殊的情况，就是一辈子的首领官、佐贰官的命，永永远远的局外人的。
这么做的结果就是正印官、佐贰官、首领官在一个衙门中互相拆台，正印官仗着自己是科甲出身，往往是看不起这些佐贰官、首领官，从心眼里就不把他们当人看，而这些首领官、佐贰官都是在衙门中混了一辈子的老油条，自然不会给这些正印好脸色，比较普遍的就是佐贰官、首领官上下一气，直接将正印架空，而正印官就通过聘请师爷们来反制佐贰官和首领官，整个衙门首先自己就斗的不可开交，还怎么帮朝廷控制地方。
而在朝廷内部，斗争也是一样的激烈，在朝廷中，主要是清流、浊流的斗争，所谓清流，就是科道和翰林院，而所谓的浊流自然就是其他的部院衙门，清流浊流之争，在大明是很正常的事情了，清流看不起浊流，认为他们从事工作不如自己清贵，每日里不是刑名钱谷就是士卒军务，浊流官员们自然也看不起清流，认为他们不过是些夸夸其谈的人罢了。
看起来这些问题都是早就存在的问题，但是朱载坖认为，这些事情都是大事，反映了大明在选官制度上的各种缺失，朱载坖决心要将这些情况予以改善。
所以朱载坖召见了首辅张居正和吏部尚书张瀚，提出了自己的要求，第一就是加大对于新科进士的教育，改变进士授官制度，即便是进士出身，也不能够直接就外放正印，必须要有一定的行政经验之后才能够担任正印官，而且对于举人、吏员出身的官员，只要考绩优良，也要大胆提拔为正印官，不能拘泥于出身，唯才是举，德才兼备才是大明的选官之法。
不管是科甲出身还是吏员出身的官员，在朱载坖这里都是一视同仁，只要能够为朝廷办事，就要大胆提拔。吏部要完善官员的选任制度，不能以出身定前途，而是要以考绩定升迁，能够帮朝廷控制地方，发展经济的官员，不管其什么出身，都要予以提拔。
还有就是对于翰林官的选任制度进行改革，翰林院乃是大明的储才之地，这些翰林官们不但承担着皇帝各种诏书文书的起草、皇子的教育，还有国史编撰等工作，其中的一批人最终还会入阁，成为大明的内阁辅臣，领袖群臣，朱载坖对于翰林院自然是不敢掉以轻心。
朱载坖的想法很简单，就是打破清流、浊流之分，不管是六部司官还是地方州县官员，只要满足一定条件，就可以通过考选进入翰林院，而翰林官任满之后，也要外放各个衙门或者地方州县，尽可能的消弭朝廷可能出现的党争危险。
其实对于朱载坖所看到的缺陷，大明朝廷里的不少有识之士早就已经看出来了，非进士不入翰林，非翰林不入内阁，虽然保证了阁臣的最低素质，也使得阁臣日渐务虚，行政能力下降的很快，因为很多阁臣缺乏对于地方行政的了解，他们从中进士之后，就一直在翰林院工作，一般就是在翰林院迁转到头之后，直接六部侍郎或者各寺正卿、副都御使做起，然后争取从尚书或者吏部、礼部左侍郎的位置上入阁。
虽然大部分的阁臣都是搞政治的高手，但是他们缺乏对于基层的了解，同时阁臣与部院大臣之间也是矛盾重重，导致朝廷的行政效率低下，决策失误，互相攻讦不断，而一些有行政能力，熟悉地方情况的官员，却因为殿试成绩不好或者没有通过朝考，丧失了入阁的机会，在朱载坖看来，这是及其不公平的。