老朱所制定的衙门制度，在大明初年，人口较少，财政收入也比较少，州县官员也确实应该简约行事，不能照唐宋那样设立各种衙门，这样刚刚从元末战乱的废墟上建立起来的大明是肯定吃不消的，而且大明的制度上承自前元，而前元之制，本就粗疏，所以本朝的制度也比之唐宋更加粗略。
还有一个重要的问题就是这帮进士出身的正印官的政治能力确实是不行，这其实并非他们的问题，而是朝廷制度的问题，两宋也是大量取士，但是这些进士出身的官员也能够熟练的掌握地方政务，并不是因为两宋的进士比之大明的进士能力强，而是制度问题。
首先，两宋的地方衙门机构完备，佐贰官齐全，能够很好的辅助正印官处理政务，其次就是两宋的进士初授官职不高，一般不会直接让这些新科进士们担任正印官，按照两宋前期的制度，一甲进士不过担任将作监丞（从八品）、大理评事（正九品）等，有时也可能直接担任通判诸州等地方官职，但是绝对不可能担任正印官。
至于二三甲进士，一般就是担任主簿、县尉、县丞等地方佐贰官，积攒资历，熟悉政务，然后升迁，担任正印官，仁宗时代规定，自今制科入三等、进士第一人及第，并除大理评事、签书两使幕职官厅公事或知县；代还，升迁为通判；再任满，可参加试馆职。制科入四等、进士第二、第三人，并除两使幕职官；待还，改授次等京官，送审官院。制科入四等次、进士第四、第五人，并试衔知县；任满，送流内铨，与两使职官。锁厅人比照此例。
可见两宋勘磨之严，大明在这方面就远远不如了。大明一甲前三名直接就能到翰林院当官，按照名次授予翰林编修、翰林修撰等职务，不用经过吏部的铨选程序；二甲、三甲的进士要是通过了朝考，就能当庶吉士，剩下的那些就得归到吏部的班次里，有的被授予各部主事的职位，有的则被外放到各省当知县。
总之大明的进士，起点就比之两宋的进士们强多了，当然，其实在太祖朝就发现了这种任官方法的缺陷，洪武六年，太祖皇帝就曾经抱怨道：“有司所取多后生少年， 观其文词 ， 若有可为 ， 及试用时 ， 能以所学措诸行事者甚 寡。朕以实心求贤， 而天下以虚应朕 ， 非朕责实求贤之意也 。”
甚至为此曾经停罢过科举，但是后来官员缺乏，朝廷不得不再次重开科举，为了提高这些新科进士们的行政能力，大明实行了进士观政制度，就是将新科进士们分配到朝廷六部实习，以熟悉政务，提升行政能力，按照成祖所言就是：“进士每科大约三百名， 分试九卿观政 ， 每衙门大约三十 余 人， 堂官司僚与之朝夕而试之事， 其人端、邪，能、不 能若烛照 ， 而数计之 。 于是会其实以上于天官， 天官籍准以为诠注 ， 文学 、 政事、 风节 、 慈恺 ， 随所成以授其 任， 任则必久而不数更 ， 是以无不可用之才， 无不可知之人， 此易简之道。”
通过这种观政制度，朝廷希望提高这些新科进士们的行政能力，使得他们任职之后能够熟练的掌握执掌一县之地，但是现在看来，这种措施所起到的作用是很有限的，尽管有观政制度，但是进士们能够从中学到的实际行政经验还是很有限的，尤其是州县行政，所以这些进士们只能依靠师爷们来处理政务。
此外，朱载坖还认为大明的翰林院选任制度也是有很大的问题，大明的翰林院选拔，只有两个途径，其一就是在殿试中取得三鼎甲，直接进入翰林院任职，其二就是在殿试之后，二三甲进士参加朝考，翰林院从中选拔人才，这样的制度，有些过于古板了。
因为在选入翰林院的进士们，作为庶吉士在其中读书，但是翰林官的迁转仍然是非常封闭的，基本上要一直迁转到翰林侍读学士之后，加詹事府官职，然后再向六部或者都察院迁转，虽然朱载坖已经拓宽了翰林官的任官范围，以翰林院充任六科给事中，并且将一些自身翰林官带翰林官衔外放地方，熟悉政务，但是总的来说，翰林官员政治经验缺乏，行政能力低下的问题是始终存在的。
所以朱载坖决心拓宽翰林官的来源，不仅仅从新科进士中选拔人才，还要从低级文官中选拔行政能力强，廉洁奉公、学问优长的官员进入翰林院，使得翰林官的行政能力得以提升，使翰林院真的成为大明的储才之地。
两宋的召试馆阁制度朱载坖认为可以借鉴，两宋的馆阁，就类似于大明的翰林院，两宋的宰执重臣，几乎都是从馆阁选任而来或者由馆阁贴职的，得馆阁职务，在两宋就是极为荣耀的，但是不同于大明的一考定终身，两宋的馆阁学士来源多样，除了进士科高等和制科中式之外，召试馆阁也是重要的途径。
故而时人称道：“制举无常科，所以待天下之才杰，天子每亲策之。然宋之得才，多由进士，而以是科应诏者少。惟召试馆职及后来博学宏词，而得骨鲠文学之士。”两宋通过召试馆阁，选拔培养了一大批的优秀人才，这是朱载坖很欣赏的，因为召试馆职在选拔人才的实际成效上，要高于制举。
所以朱载坖认为，也要效仿两宋之制，通过考选的方式从低级文官们选拔人才，到翰林院培养，以保障大明高级文官尤其是内阁辅臣的行政能力和水平，这是朱载坖之前最担心的事情，高拱、张居正这样的一代人杰去后，谁来继续当这个首辅，朱载坖认为张四维、申时行不错，但是张、申二人去后呢？
大明不能总是指望天降奇才，而是要建立起一套完整的人才选拔、培养的制度来。