对于东南的一系列改革安排下去之后，朱载坖考虑去北直隶、河南等地看看，毕竟大明这么大，朱载坖也想去看看，尤其是之前在北直隶推行大规模的水利兴建，到底的成效如何，北直隶的工农业情况现在到底是个什么样子，朱载坖准备实地去看看成果如何。
对于朱载坖的想法，首辅张居正倒是并没有表示反对，朝廷现在重点经略北直隶，朱载坖作为皇帝，亲自去查看一下，也不是不可以的，不过张居正建议朱载坖还是缓一缓再去，把朝廷先安定下来，同时将一应改革的措施落地之后再说。
而且现在中南总督殷正茂的一份奏疏也不得不引起朱载坖的重视，殷正茂说的西南的土司问题，之前四川的都掌蛮叛乱，虽然被谭纶给镇压了，但是西南地区的土司问题依旧是十分严峻的，殷正茂向朱载坖这次提出来的是贵州的杨应龙，殷正茂认为这孙子不是个好鸟，宜早除之，同时对于这些土司，大明也要采取更加严厉的方法驾驭管束。
殷正茂认为，这样杨应龙绝非安分之辈，生性猜疑、阴狠嗜杀，居所雕龙饰凤，又擅用阉宦，俨然是一个土皇帝。杨应龙为人狡诈多疑，好以诛杀立威，结怨甚深，所辖五司七姓不堪其虐，纷纷叛离。对于此人，殷正茂认为应当及早除之，以绝后患，同时对于这些土司，逐步予以清除，由朝廷改派流官对地方进行管理。
对于殷正茂的上疏，朱载坖没有第一时间作出回应，虽然他知道殷正茂的判断是正确的，这个杨应龙确实不是什么善类，但是朱载坖仍旧将殷正茂的奏疏先下阁部商议，殷正茂是张居正的同科和死党，张居正自然是支持殷正茂的判断的，不过张居正仍旧坚持不用兵的看法，张居正认为能够只诛首恶的话，是最好的。
兵部尚书汪道昆也支持殷正茂的看法，汪道昆在兵部的奏疏中认为由于之前朝廷对于缅甸的大举征伐，同时为了维持在缅甸的军事存在，朝廷从四川、云南、贵州等地大量抽调士卒前往缅甸，导致四川都司等地空虚，所以西南的很多土司蠢蠢欲动，杨氏历代统治播州，势力盘根错节，早有不臣之心，他认为四川官军弱不经战，非常轻视，久欲占据整个四川，独霸一方，殷正茂的上疏确实是非常有道理，宜早用兵，以免到时候流毒太甚。
但是户部尚书鄢懋卿等人则是认为现在谈用兵，未免过早了，朝廷现在推动一条鞭法和摊丁入亩的改革，需要一个相对稳定的国内环境，这个时候应该以保持稳定为主，为朝廷的各项改革提供一个稳定的国内环境，所以应当尽量避免用兵，毕竟杨应龙现在没有明确的谋反，朝廷只要不刺激他，短时间内应当是不会出什么事的。
而科道则是借机弹劾殷正茂，认为他好大喜功，轻启边衅，同时还弹劾他贪婪等罪状，不过这些都被朱载坖留中不发了，朱载坖确实知道殷正茂生活奢靡的事情，但是朱载坖认为缅甸等要地，非殷正茂不能镇守，而且殷正茂还是有分寸的，这么多年以来都能够保证缅甸的稳定，不断增加大明在缅甸的移民，控制了整个伊洛瓦底江沿岸，开垦了大量的土地，为朝廷稳定了西南，所以朱载坖对于殷正茂一向都是保护的。
对于殷正茂的奏疏，阁部意见不一，朱载坖于是召集阁部重臣们，商量此事，朱载坖首先问道：“诸卿以为，殷正茂所奏杨应龙不轨，是否属实？”
其实大家对于这点基本上都是同意的，说个不好听的，这些土司们有一个算一个，都是心怀不轨的潜在逆贼，所谓土司都是在一些边陲之后，占据险要地势，朝廷不好控制，所以才实行土司制度，其实就是朝野对无力顾及的西南边陲地区土人头目的一种笼络手段，所谓以土官治土民，承认各少数民族的首领世袭地位，给予其官职头衔，以进行间接统治，朝廷的政令实际上并没有能够得到真正的贯彻。
在土司统治下，土地和人民都归土司世袭所有，土司各自形成一个个势力范围，司法、财政、行政、兵事都可以自治，对于当地人民予求予取，掌握一切生杀大权，除了不能登基称帝，其他一切甚至比照皇帝，而且只需要象征性的向朝廷缴纳微薄的赋税。
所以说其实在朝廷重臣们的眼中，所有的土司都是潜在的逆贼。
首辅张居正就说道：“陛下，此辈必假我爵禄，宠之以名号，乃易为统摄，故奔走唯命，若朝廷征调频繁，则急而生变，恃功怙过，侵扰益深，其中阴蓄不轨者甚多。”
张居正说的确实是现在的现实情况，从大明立国以来，西南土司的叛乱就没有停息过，尤其是广西的瑶族叛乱，堪称大明永不落幕的史诗，即便是经过从王守仁、张经、殷正茂等几代督抚能臣的讨伐，也只能说暂时稳定了局面，这些土司确实是极易反叛的。
兵部尚书汪道昆也说道：“陛下，彼辈狼子野心，专横不法，目前虽无大害，日久将为隐忧。”
这点朱载坖也是赞同的，现在看起来这些土司能够和朝廷和睦共处，但是一旦朝廷大规模的开发西南的，必然和这些土司们发生冲突，他们肯定会与朝廷争夺土地、矿藏等资源，阻挠驿路通行与外来人口进入，这是朱载坖决不能容忍的，而且朱载坖一直也有改土归流的想法，之前只不过是没有来得及处理罢了，现在殷正茂既然提出此事，朱载坖就要慎重对待了。
朱载坖于是问道：“卿等以为应该如何处理杨应龙之事？”
当然，现在的紧迫之事是怎么解决杨应龙的事情，是否要处理，是否要用兵，这是现在朝廷分歧比较大的问题。