朱载坖将申时行的奏疏下内阁及六部商议，对于申时行的奏请，一众部院大臣们似乎都有些不愿意同意，户部就上疏指出，如果现在对于北直隶实施一条鞭法和摊丁入亩的话，朝廷的很多差役和物料怎么解决，户部算了一笔账，仅仅是木柴木炭一项，就要额外支出二十九余两，也就是三十万两。
而太仆寺也上疏称马政实系军国大事，不可不重，官军现在仍旧是缺乏马匹的状态，如果将北直隶的马户予以取消的话，怎么样保证官军的战马供应了，所以暂时不能将北直隶的马户予以取消。
其他各部院也是这个意见，就是北直隶的杂泛差役还不能够完全取消，否则的话会影响到朝廷的正常运转，对于他们的这些说辞，朱载坖是极为无奈的，朱载坖于是召见了首辅张居正，将申时行的奏疏给他，朱载坖直接说道：“朕看申时行的奏疏很有道理，部院为何都不愿意啊？”
张居正笑着说道：“陛下，无他，利也！”
张居正是长期在朝廷六部混的人，除了出镇南京之外，张居正的仕途生涯基本上都在京师，所以张居正对于京师这些衙门中的各种潜规则是十分的了解，北直隶承担了很多朝廷中枢衙门的差役，实际上更多的是成为了京官们的福利，就以木柴木炭为例，虽然是由北直隶各府州县来承办的，按照道理是应该向朝廷各部门，实际上是由兵部负责接收这些物资的。
但是实际上朝廷各部门是根本用不了这么的木柴木炭的，而地方官府也无需向朝廷各部门上缴这么多的木炭木柴，而绝大部分的木炭木柴都以折银的形式交给了兵部，然后由兵部分配给各个部门，各个部门再按照品级将这笔银子分给所有的官吏们，也就成为一种默许的福利了。
而一旦在北直隶实施一条鞭法之后，即便是北直隶再向朝廷缴纳二十九万两的木柴折银，但是这些银子可不是都是要进入太仓的，不可能拿出来分给这些官吏们，所以这些官吏们是坚决反对北直隶实施一条鞭法的，因为一旦这么干了，朝廷从地方收取折色银，再像商人采买木柴木炭，供应给各衙门，就是完全的实物了，总不能大小官员散衙之后一人扛几捆柴回家吧？
虽然对于部堂大员们来说，他们对于这点钱财是看不上的，但是他们必须要考虑手下的官吏们，否则前任部堂们都有的福利在你手上被整没了，这让官吏们怎么想，人心散了，队伍就不好带了！
所以出于这个理由，这些部堂大员们不敢答应在北直隶施行一条鞭法的主要原因，因为这会极大的损害这些部院官吏们的切身利益，张居正也说道：“陛下，京官清苦，还是要体谅一二的。”
这话说的倒也不假，和地方官员相比，中低级的京官们确实是相对比较清苦的，毕竟就算是要行贿，也是找部堂大员们行贿，谁找一行人司行人行贿呢？当然了，像什么吏部文选司、吏部考功司、兵部武选司、兵部武库司这种地方另说，但是大部分的低级京官日子谈不上多好过，这点朱载坖是知道了。
京官们通过这些福利捞取一些好处，朱载坖认为并不为过，但是现在涉及到朝廷的大政方针，朱载坖就不能再这么放任下去了，朱载坖要求张居正会同户部，将在京官员的这种潜规则的福利统计一下，大概算算每人每年按品级能够领取多少银子，制定一个详细的京官的福利制度。
朱载坖认为，这些所谓的潜规则，不如由朱载坖直接将其转化为明面上的福利，由内承运库负责拨给，算是朱载坖个人给这些官员们一点福利，冬季有柴炭银，夏季有消暑银，还有衣装银等各种补贴，保证这些官员们能够过上相对体面的生活。
然后，朱载坖再次命令户部统计在京各衙门所需用度，务必照实承办，同时将朝廷中枢的这些经费，折银之后，依照各省的田亩多少，均摊到各省，而不是由北直隶一家承担，而朝廷再用这笔银子向商人采办各种物品。对于朝廷来说，大大降低了朝廷的行政成本，对于北直隶来说，可以说现在的负担仅仅相当于之前的二十分之一，对于百姓来说当然是好事，而对于其他的省份来说，所增加的也不多，也在可以接受的范围之内。
同时将朝廷各衙门的用人也由差役全部改为募役，优先用于安置京营、亲军诸卫的退伍士卒，将原本由北直隶承认的力差改为银差，由北直隶直接向户部缴纳相应的银钱就行了，在这种情况之下，朱载坖再次将申时行的奏疏下部议，朝廷上下也明白了朱载坖的意图，纷纷表示就应该在北直隶施行一条鞭法和摊丁入亩，使得朝廷能够直观的看到新政的利弊。
于是朱载坖下旨，在南北直隶、浙江、福建四省施行一条鞭法和摊丁入亩，将除了田赋之外的所有杂泛差役、徭役、丁银等折算到田亩中去，按照田亩征收赋税，田多者多交，田少者少缴，无田者不交，同时朱载坖还在诏书中明确说明，除了朝廷明确规定的官员优免和对于军户军属的优待之外，各级官府要严查优免冒滥，即便是官员，也仅仅免除杂泛差役的折银，不允许随意优免，尤其是东南，寺院繁盛，占有大量的土地田产，一样也要照章纳税，不允许妄行蠲免，以亏国课。
朱载坖命令严世蕃继续巡视东南，尤其是查看一条鞭法和摊丁入亩在东南的实施情况，由豪强转嫁赋税的，允许严世蕃、劳堪等便宜行事，即行正法。
同时由于现在漕运功能降低了，朱载坖命令撤销原驻淮安的漕运总督衙门，原漕运总督的治水职能转由河道总督负责，在上海设立东南发运使衙门，任命原漕运总督王宗沐以右都御史兼南京工部尚书衔为东南发运使，负责将朝廷所需的物资从东南经由河海两路向京师转运。