对于这个问题，确实是现在朱载坖和重臣们要好好思量的问题，从张居正的角度来说，他是不愿意在现在这个时候用兵的，张居正更希望的是在现在保持国内的稳定，最好是不要用兵，但是张居正也很清楚，这些土司一个个的都不是什么善类，而且这些土司的思维和一般人是不一样的，也许朝廷只是对于他们正常的加以试探，但是这些人有时候会突然反叛，所以对于这些土司，朝廷的处理都是是十分慎重的。
而且汪道昆所说的蜀中空虚也确实是个要命的事情，之前为了稳定缅甸，朝廷将大量四川的驻军调往缅甸，同时朱载坖移藩蜀王，也迁移了四川的卫所，客观上确实导致了整个云贵川三省的空虚，这点确实是朝廷现在必须要正视的问题了。
兵部尚书汪道昆也认为要整顿兵马，加强四川、贵州、云南等地的防备，以应对可能出现的土司反叛，对于杨应龙要严加防备，汪道昆对朱载坖说道：“陛下，播州介于川、贵、湖之间，远于王化，山川深阻，地势险要，方圆二千里，为西南夷中之最大者，民悍而财富，要提早准备，且川贵、滇等西南诸省，交通不便，一旦有事，再临时调集援兵，恐怕难以应急，且北兵不善于在山地作战，即便是临时调来的援兵，也难以习惯在此地作战。”
这确实是个很重要的问题，西南山高谷深，即便是大军进剿也很不方便，必须要熟悉当地情况的人才行，汪道昆的意思很明确，不管朝廷对于杨应龙是个什么处理办法，但是西南的防务是必须要整顿了，否则一旦出事，他这个兵部尚书难辞其咎。
朱载坖是很清楚这个杨应龙是什么货色的，他是倾向于用兵的，朱载坖问道：“这个杨应龙何许人物啊？”
杨应龙是播州的世袭土司，而且是长期盘踞在此地的土豪，他是唐朝播州宣慰司宣慰使杨端之后，杨家盘踞播州到杨应龙已经是第二十九代了，从唐到大明，近三十代人的经营，使得杨氏在亳州的统治现在看来是十分稳固的，这也是张居正等人不愿意用兵的原因，他们担心一旦对杨应龙用兵，恐怕会使得战事迁延日久，对于朝廷的现在推动的各项新政是极为不利的。
但是朱载坖对于杨应龙甚为忌惮，倒不是说他有多能打，主要是由于一旦他举兵反叛的话，朝廷到时候就可能必须要从缅甸抽调兵力回援，这会削弱朝廷对于缅甸的控制，这是朱载坖所不愿意看到的，朱载坖也不想等到杨应龙做大了之后再反叛，所以朱载坖认为还是要提前做一些准备。
朱载坖于是问道：“本兵认为，在不用兵的情况下，本兵以为应该如何对付这杨应龙啊。”
思虑再三之后，朱载坖认为还是先不宜用兵，毕竟现在川、滇、贵都比较空虚，现在用兵并不是最好的时机，而且现在朝廷应该把精力用在对内的改革上，自己毕竟已经答应过张居正两三年内不再用兵的。
汪道昆也提出了自己的建议，他认为首先应该加强三省防务，派遣大臣整顿军务，招募兵员，充实三省军旅，以震慑杨应龙，然后就是调杨应龙的播州兵赴缅甸去，分化瓦解他的力量，同时详细评估他的实力。
但是张四维就提出一个问题，要是杨应龙不奉诏怎么办？
汪道昆认为，杨应龙不奉诏，那就是公然对抗朝廷，那就是必须要用兵加以征讨了，朱载坖于是说道：“先加强三省防务再说，要是杨应龙果真要反，天要下雨，娘要嫁人，朕也只能用兵了。”
现在的当务之急就是立即派遣大员，整顿三省的军务，以加强朝廷的防备，不仅仅是震慑杨应龙，而且是要震慑整个西南的这些心怀不轨的土司，朱载坖希望臣子们举荐人才。
张居正举荐陕西按察副使邢阶，之前邢阶以廉能为天下治行第一，被吏部表彰，在陕西任上，率兵安定地方，颇有治绩，张居正认为他能够担负起这个重任，朱载坖思索再三之后决定加邢阶右佥都御史、巡抚贵州，同时以平蛮将军、黔国公沐昌祚为提督云贵等处军务事，整顿两省军务，招募兵员。
而陈以勤则是举荐叶梦熊，对于这个刺头，朱载坖有些本能的反感，不过陈以勤向朱载坖陈述叶梦熊以廉能卓异，出任户部主事，转饷关中。在江西任按察副使，剿除匪患，颇为得力，是个干吏，朱载坖思索了一阵之后还是升叶梦熊为右佥都御史、巡抚四川，同时要求重新设立四川镇总兵，加强朝廷在四川的军事存在。
事涉军务，朱载坖没有同阁部大臣们商量，而是召集参赞军务大臣们商量此事，要选择一名熟悉西南情况，善于对付这些土司的大将镇守四川，顺宁侯俞大猷向朱载坖举荐了现任福建南路参将吴广，他是大明官军中少有的以武生从军，累着战功的高级将领，曾经追随俞大猷大破岑溪瑶，熟悉这些土司的战法，所以俞大猷举荐他担任四川镇总兵。
朱载坖于是下旨任命吴广为南京后军都督府都督佥事，镇守四川总兵官，同时任命戚继光的长子戚祚国为贵州副总兵署总兵事，负责贵州的防务。
对于杨应龙，俞大猷、戚继光等老将也认为他绝非善类，久之必反，经过他们的商量，决定先下旨给中南总督殷正茂，要他以总督的名义传檄征调杨应龙的部下到缅甸助战，若是他不来或者是以种种方式敷衍塞责，那就是说明杨应龙反心已定，朝廷必须早做准备，先发制人，若是他能够顺从朝廷的意思，那么还有寰转的余地。
朱载坖于是下旨给殷正茂，要求他试探杨应龙，同时也要在三省防务没有加强之前，看顾一下三省，防止被动。