果然不出辅臣和朱载坖的预料，尽管朱载坖只是试探性的下旨设立练兵军务处，但是很明显，大明的这帮官员，都是属狗的，鼻子贼灵，外廷官员们立即行动起来，不仅是科道，各部院的官员们纷纷上疏，认为此事不可。
他们认为大明祖制就是将不专兵，即使是京营，勋臣们也只是坐营官，负责训练罢了，要到用兵的时候，朝廷临时名将出征即可，这样才能够保证朝廷的安全，而现在朱载坖设立所谓练兵军务处，将京营、亲军诸卫和蓟镇编练的新军都令其负责训练，这是大明从未有过的事情，他们认为这是取祸之道。
刚刚结束守制起复的兵部郎中萧大亨向朱载坖上疏，指出此事有三不可，第一，练兵大权，断不可交于一个部门负责，第二，军务乃是兵部的专责，即便是要训练新军，责成兵部办理即可，第三，变更祖宗成法，非是长久之道。
对于萧大亨的上疏，很多官员都予以附和，兵部尚书汪道昆也上疏，认为专门设立练兵军务处没有意义，兵部作为朝廷专管军务的部门，这些事情，理应由兵部统一管理，朱载坖要练兵或者调用朝廷官军，通过兵部下达旨意就行了，不必在单设一个机构。
对于这些臣子们上疏，朱载坖一概不报，他很清楚他们上疏的原因，就是因为臣子们很清楚，一旦朱载坖设立练兵军务处，原来兵部从五军都督府所侵夺的很大一部分权力就要被收归这个新设立的机构，而以朱载坖对武将们的亲近态度，这个机构至少会有不少勋臣武将，这样一来，国初之时的勋臣凌驾于文臣之上的局面就会再现。
这是这些文官们接受不了的事情，他们断然不会容忍这种事情发生的，所以最近上疏是格外的激烈，不仅是京师的官员们上疏，地方的官员们也纷纷上疏，向朱载坖说明此事，他们认为朱载坖这次确实是考虑欠妥，只有让他们这些文官和兵部来管理军队，才能保证大明安全，不至于重蹈安史之乱的覆辙。
但是朱载坖显然不是这么想的，朱载坖于是召见兵部尚书汪道昆，和他商量此事，朱载坖直接开门见山的问道：“以卿之见，兵部职责为何？”
面对朱载坖的问题，汪道昆老实答道：“回陛下，兵部之职能，武官选授、征伐简练、马政释传诸事，皆兵部之执掌也。”
朱载坖接着问道：“那以汪司马之见，本朝的兵部与隋唐宋元之兵部相比，何如？”
面对这个问题，汪道昆没有立即作出回答，他明白朱载坖的意思，与隋唐宋元时期的兵部相比，大明的兵部职权是最重的，隋唐时期的兵部属于初设阶段，隋代才开始有兵部尚书，统兵部、职方、驾部、库部四曹，隋唐的兵部，职权并不是很大，但是已经有了兵部最核心的权力，就是武官选举权和部分的后勤、装备、马政的管理权，但是军队的指挥权与兵部无涉，这个时候武将集团的势力还是很大的，兵部要想染指指挥权，无异于天方夜谭。
而两宋的兵部职权就更小了，因为两宋实际掌握军事权力的主要是枢密院和三衙，兵部能够掌握的权力实在是小的可怜，按照宋会要的记载，两宋兵部的职权就是掌武举、民兵、厢土军、卤簿及蕃夷官员承袭之事，元的兵部就更没有什么可说的。
所以其实就是不问，朱载坖和汪道昆心中都很清楚答案，本朝兵部的职权，确实是最重的。除了唐宋时期的兵部职能本朝都具备之外，军事政令、调令等都收归兵部，五军都督府完全沦为摆设，难以直接统帅卫所军队直接征战，所谓统军之权基本是没有的。
汪道昆不得不承认，本朝之兵部，职权极重，大明初年，还能够看得到文武相制的局面，太祖、成祖时，大量的开国、靖难功臣尚在，太祖、成祖本来也是老于军务的皇帝，对于行军用兵之事，往往是和这些勋臣武将们商量之后，再由兵部配合行动的。
然而到了现在，高级将领即使位至公侯，也难以独立行事，其军事行动必须受到兵部允准，接受兵部的指挥，绝不敢擅自行动。兵部尚书对武将的任用、升职几乎可以说是一言而决，分量极重。
从宪宗以后，朝廷命将出征，专用文官，军情事务，都由文官负责统筹规划，武将只是负责听命服从，执行文官的军事策划，并无多少自主权，即便是朱载坖大力提升武将的地位，现在九边的督抚也俨然以提督、总兵的上级自居，对这些边关大将颐指气使。
朱载坖对于这种现象当然是极为不满的，武将势力过于庞大，自然不是什么好事，但是像大明这般文贵武贱，也绝对不是国家的善事，所以朱载坖认为，还是要文武相制才行。
朱载坖直接对汪道昆说道：“伯玉，你我是相识于潜邸，有些话朕觉得还是能够给你说的，现今之事，提督、总兵若门下走狗，将权不重，何以临敌？此朕之所忧也！”
汪道昆刚准备说些什么，但是被朱载坖摆手制止了，朱载坖说道：“朕意已决，伯玉可否助朕？”
汪道昆无奈的说道：“陛下，臣阖家受陛下之大恩，惟有肝脑涂地以报陛下也！”
朱载坖将自己的自己的想法和汪道昆说了，饭要一口一口的吃，朱载坖很清楚，现在要是提出什么军机处、总参谋部，那帮文官还不把天给翻了，所以朱载坖的第一步就是以编练新军和对土蛮用兵为借口，设立练兵军务处，分为练兵、军务二处，练兵处下设军政、军令、军学三司，负责考察、督练京营、亲军诸卫、蓟镇新军等武装力量，同时管理国子武学和五军都督府下设的测绘学堂等各种学校。