在朱载坖的谋划当中，练兵处主要负责对军队的日常训练等事务，还有新组建的各种有关军事的学堂，军器、兵工还有造船等行业，而更加重要的是军务处，这是朱载坖准备重新整顿大明官军指挥系统的开始。
朱载坖认为，大明对土蛮用兵是绝密之事，为了保证军情传递顺利和消息不泄露，朱载坖设立军务处，在武英殿办公，任命内阁辅臣、五军都督府左都督、勋臣中的知兵之臣、兵部、户部、礼部、理藩院、太仆寺等相关衙门的堂官为参赞军务大臣，有关对土蛮用兵的事情，直接在军务处讨论，任命首辅高拱为领班军务大臣兼会办军务处，英国公张溶、萝川侯马芳、顺宁侯俞大猷、哈密伯李成梁为协办军务大臣，负责处理练兵军务处的日常事务。
同时有关土蛮的各种密报、情报、奏疏也不通过通政司奏进，而是直接由五军都督府接受这些奏疏，在直接向朱载坖呈递，避免消息走漏。
而军务处的运行模式也和一般的他们不同，平时由五军都督府的都督们办公值守，负责为内阁、朱载坖提供军务方面的建议，遇有和土蛮有关的事情，就召开军务大臣会议，由会办、协办大臣主持，所有的军务大臣参与，商讨方案之后上奏朱载坖，由朱载坖御批执行即可。
虽然朱载坖说的好听，这是因为要对土蛮大规模用兵，才临时设立的机构，但是汪道昆很清楚，一旦这个练兵军务处成立之后，就不会是一个临时机构了，即便是土蛮的战事结束后，朱载坖也绝不会撤销这个机构的，汪道昆很清楚，朱载坖就是要用这个机构将原本属于兵部和内阁的指挥权全部上收，由这个所谓的练兵军务处负责。
当然朱载坖也深知，还是要安抚一下兵部的，兵部对于后勤、马政还有武官推选的权力仍旧不便，尤其是对于军政的管理，仍旧是兵部的大权，同时对于全国的驿站，兵部也仍旧管理，朝廷还会加大投入，增加驿站和马匹，还有道路的规划兴建，兵部也有权力向工部提出建议。
在朱载坖的规划中，兵部将逐渐变成一个军政机关，主要负责后勤的筹措、武官的任用与考选、马政、军工、军器的管理，兵员的招募与清退、地图的测绘印制等事项，这些事务都将由兵部负责，但是涉及到军令指挥，则与兵部无关，在地方有提督、总兵为前敌指挥员，在朝廷有五军都督府和练兵军务处直接对朱载坖负责，即便是内阁、兵部也无权插手，只能发表建议。
对于朱载坖的这个想法，汪道昆也只能接受，但是安顿好了汪道昆之后，协理京营戎政兵部左侍郎王崇古也上疏认为朱载坖设立练兵军务处的决定不妥，朱载坖当然知道王崇古为什么反对，因为一旦设立练兵军务处之后，就相当于给他这个协理京营戎政上面弄了一个太上皇，这就会使得王崇古很痛苦，归根到底都是为了权力。
朱载坖没有理会这些事情，对于这些奏疏一律不报，他继续对大明的指挥体系进行自己的调整，原本九边各镇的奏疏也是通过通政司进奏的，这里面要经过通政司和六科的检查、发抄等工作，经手的人增加，就会导致军情的泄露，朱载坖认为军情信息不同于其他的奏疏题本，保密是首要的事情。
所以今后的有关军情的奏疏，不管是锦衣亲军的奏疏还是九边武将的奏疏，都不再经由通政司和六科，锦衣亲军的奏疏直接通过文书房转递朱载坖，而有关军机情报的奏疏，一律由五军都督府查收之后交司礼监文书房上呈御批，这样这样一来，就相当于给予这些武将变相的密奏的权力。
朱载坖的旨意下达之后，这些官员们当然不干了，纷纷上疏劝阻朱载坖，不过朱载坖倒是觉得这些文官们现在是越来越没种了，自从朱载坖实行庭杖的新办法之后，大明的英雄好汉好像就突然绝种了一样了，大家一时之间就变得文明了，什么死劾、扣阙、哭庙这样的事情就少多了，尽管官员们上疏很激烈，但是并没有什么出格的行为。
朱载坖对于这些奏疏一概留中不发，根本不予理睬，同时要求内官监收拾武英殿，作为练兵军务处的办公场所，原本武英殿最主要的职能是皇帝的便殿，是皇帝斋戒和召见臣工之处，现在成为练兵军务处的办公场所，这里处理的都是军机重事，保密是最重要的事情。
朱载坖御笔亲书了八个大字：枢密重地，擅入族诛，命令内官监刻成石碑，立在武英殿前，同时要求锦衣亲军加强对于武英殿的保护，不仅调派了大量的锦衣校尉值守巡逻，同时规定练兵军务处不准内侍进入，内侍进入武英殿需要特旨，同时也不用小吏伺候，从五军都督府和京卫、亲军诸卫中选拔身家清白的舍人子弟，进入武英殿为参赞军务大臣服务。
在朱载坖的上谕下达之后，朱载坖在武英殿召开了第一次军务处会议，内阁辅臣、英国公张溶、萝川侯马芳、顺宁侯俞大猷、哈密伯李成梁、定国公徐文壁、临淮侯李庭竹还有五军都督府的左都督们加上户部、兵部、礼部、理藩院、太仆寺的堂官，协理京营戎政都参与会议了。
朱载坖首先就将谭纶和戚继光的奏疏拿出来宣读了，这是朱载坖成立练兵军务处的借口，也是朝廷现在最大的战事了，朱载坖说道：“朕以为当集结京师和蓟辽大宁之兵，远出塞北，痛歼土蛮，以彰大明之国威也。”
在场的臣子们早就清楚朱载坖的想法，要不是要对土蛮用兵，朱载坖也不会搞出这么大的动静来，现在的问题就是应该怎么对土蛮用兵的问题，对于这个问题，重臣们显然各有想法。