当历史的尘埃落定，当大秦的国祚在新的时空轨迹上绵延了足够长的岁月，经历了无数治乱兴衰的循环与蜕变，后世一代代的史家，终于可以带着更为超脱的视角、更为丰富的史料（包括官方档案、私人笔记、出土文献乃至这个时空独有的、更为详尽的起居注与朝议记录），回过头来，重新审视李斯这个极其复杂、充满矛盾又光芒四射的历史人物。于是，关于他的评价，如同经过漫长沉淀的浑水，在无数次的争辩、考据与反思中，渐渐变得清晰而呈现出丰富的层次——“后世史家评李斯”，最终形成了一幅毁誉交织、却终以“誉”为主流的复杂历史图景。
批评与争议的声音，始终存在，主要集中于以下几个方面，成为史家笔下不断剖析的“暗面”：
权谋与冷酷的阴影：史家们无法忽视他在政治斗争中使用的某些权术。尤其是其与韩非的恩怨纠葛，尽管史料细节在不同记载中有所出入，但此事始终被视为其性格中忌才、冷酷一面的重要佐证，常与“因妒害能”的批评相联系。此外，其在始皇时期主导推行某些政策（如初期的严厉文化管控、迁徙政策等）时表现出的强硬甚至酷烈手段，也被部分史家（尤其是后世受儒家仁政思想影响较深的学者）认为是加剧了社会紧张、导致当时局部矛盾激化的因素之一，成为其政治生涯中难以完全洗刷的“法家酷吏”印记的一部分。
深刻的法家烙印：尽管他晚年思想与实践有明显的调整与和缓，但其身上深刻的法家早期印记，尤其是与始皇帝前期“事皆决于法”、“以吏为师”的严苛统治模式的紧密关联，使其永远无法完全摆脱“酷吏政治鼻祖之一”的指责。批评者认为，秦法在统一初期曾展现出的那种严密乃至无孔不入的强制性，其作为主要设计者和强力推行者，难辞其咎。这种关联性，成为后世儒家化史学对其持保留态度的一个重要源头。
历史的假设性诘问：在历史反思中，总有一些史家会提出假设性诘问：若没有李斯，秦朝是否不会经历初期那般剧烈的社会阵痛？其国祚是否会更平稳？这种假设本身，尽管缺乏实际论证基础，却也反映出部分史家对其历史作用中“刚性”一面的某种负面看法，将其个人风格与王朝的早期轨迹紧密捆绑。
然而，随着研究的深入，尤其是对这个时空大秦国祚得以绵长、文明得以在波折中持续发展的深层原因进行探究时，赞誉与肯定之声逐渐成为了主流，且其理由随着新史料的出现而更为充分、评价也更为深刻：
帝国制度的伟大奠基者：后世史家，无论学派，普遍承认并高度评价李斯是中国历史上第一个大一统中央集权帝国制度蓝图的主要设计师和关键施工者。郡县制从根本上奠定了中央与地方关系的基本框架；“书同文”超越了单纯的文字统一，成为塑造中华民族文化共同体最坚韧的纽带；“车同轨”、“统一度量衡”则极大地促进了经济整合与文化交流。这些影响中国乃至东亚文明数千年的基本制度架构，都深深烙刻着他的智慧、魄力与执行力。此等开创之功，被公认为“泽被万世，功在千秋”，无论如何评价，都堪称不朽。
国运的挽救者与航向的修正者：后世史家，尤其是那些注重历史关键时刻“抉择”意义的学派，高度重视并普遍颂扬其在“沙丘之变”中的决定性作用。通过对更详尽史料的分析，史家们普遍认为，在那场足以倾覆帝国、撕裂天下的阴谋面前，若非李斯以其巨大的政治权威、果断的决策和周密部署力挽狂澜，粉碎赵高集团，扶正国本（公子扶苏），则大秦极可能迅速崩溃，天下将重陷战国式的血腥纷争，统一带来的文明积累可能毁于一旦。此役被视为“再造社稷”、“续绝存亡”之不世之功，其历史贡献在关键时刻得到了最具张力的体现。
“新法家”思想的开创者与实践家：后世史家清晰地看到了李斯思想与实践与传统、刻板的法家理念的显着区别。他们肯定其晚年提出的“法随时转”、“务在安民”、“重教兴学”等理念，并注意到其推动的“试吏”等选拔方式对后世科举制度的雏形启发。李斯被尊为“新法家”或“实务法家”的开山鼻祖。史家认为，他的思想在一定程度上调和了早期法家的严酷性，融入了更多的务实理性与民生关怀，为后世提供了更具弹性、更可持续的治国思路，是法家思想在帝国时代一次重要的、成功的转型与升级。
功成身退的政治智慧典范：他晚年不恋权位，在完成权力平稳交接后安然归隐，致力于着书立说、教育子弟，并为其家族规划了“耕读传家”、远离中枢政治漩涡的长久安宁之路。这种“功成、名遂、身退”的大智慧，与许多不得善终的权臣形成鲜明对比，备受后世文人士大夫的推崇，被视为理想臣子人格的典范之一，满足了传统文化中对政治人物“善始善终”的道德期待。
深远的多维度文化影响：其书法艺术（“小篆”的规范与推广）被奉为楷模；其流传后世的《谏逐客书》、《苍颉篇》等着作成为文学与识字教材的经典；其家族形成的“经世致用”与“文化传承”并重的家风，更被视为一种重要的文化世家模式，影响了后世许多士族。
最终，经过长期的沉淀与辩论，后世史家对李斯的评价，逐渐形成了一种接近于“二八开”的主流共识。即承认其政治生涯早期存在过失、其手段风格存在争议，但其奠定帝国万世之基、挽救国运于危亡、开创并实践更成熟的治国思想、并以大智慧保全自身与家族、对文化做出实质贡献的巨大功绩和历史贡献，远远超越了其个人瑕疵与时代局限。他不再是一个简单的“贤相”或“权臣”标签可以概括，而被视为一个深刻塑造了中华文明政治与文化走向、其影响力跨越千年历史时空的、极其复杂而伟大的历史巨擘。他的身影，在历史的长廊中，永远占据着一个醒目、独特且引发后人不断深思的位置。