青州城惊蛰的晨雾里，刘镇南在整理药材时发现药屉底层泛着幽光。拉开一看，原是三年前从幽冥教得来的星轨盘正在自发运转，盘中星辰排列成陌生的星图。刘镇南凝神细看，发现星图中央浮现一行小字：星轨现世，道宫门开。
林素衣端药进来时，见到星轨盘异状，手中药碗微微一颤。她话音未落，星轨盘突然射出一道光芒，在墙面投射出北极道宫的虚影。更令人惊讶的是，虚影中有一个与刘镇南相貌完全相同的身影，正在道宫深处翻阅典籍。
刘镇南伸手触碰虚影，指尖却穿透了墙面。此时院外传来急促敲门声，药王谷弟子慌张来报各派高手在北极道宫外厮杀，道宫结界已现裂痕。
两人连夜北上，沿途见到各派修士都在朝北极赶去。更奇怪的是，每个人见到刘镇南都会愣神，因为他们都在道宫预兆中见过他的面容。天机阁长老拦住去路，手持破碎的星盘质问。
道宫外的景象令人震惊，数千修士正在围攻道宫结界。结界已现裂纹，从中泄出的道韵让周边草木疯狂生长。突然，一道白光从裂缝中射出，直冲刘镇南而来。光芒散去，竟是一卷玉简，简上写着《星轨预言书》。
预言书展开的刹那，时间仿佛静止。书中记载着未来三年将发生的灾变，更可怕的是，书中预言刘镇南将在九星连珠之日兵解殉道。
各派修士见状哗然，有人要求刘镇南自囚以避祸，有人要夺预言书逆天改命。混乱中，一道黑影突袭，竟是幽冥教残部想要毁掉预言书。刘镇南护书心切，被迫使出尚未纯熟的星轨步，步伐踏出时竟引动周天星辰响应。
星辰之力灌体，刘镇南额间道印化作星图。他福至心灵，以指为笔在虚空临摹预言书中的星轨。每一笔落下，就有一道星辰之力加固道宫结界。当最后一笔完成时，道宫大门轰然开启，门内站着一个虚幻的身影。
终于等到你了，青帝虚影微笑，这预言书本是老夫所留，为的是今日助你破局。虚影挥手间，预言书化作流光没入刘镇南眉心，未来三年的天机尽数呈现。
然而获得天机的同时，刘镇南也感知到冥冥中的反噬。每改变一个预言，就要承受相应的因果。比如若想避开三月后的流星灾，就需要献祭百年修为。更大的危机是，暗处有双眼睛始终注视着他们。
星轨族是守护天机的一族，他们认为预言不可更改。先知现身警告妄改天机，必遭天谴，说罢催动秘法，引动星辰异变。北斗七星突然暗淡，预示着更大的危机正在逼近。
关键时刻，林素衣取出药王谷至宝回天镜，镜光定住星辰异变。但使用此镜需要付出代价，林素衣每定住一刻星辰异变，就要消耗一年寿元。
刘镇南不忍见她损耗寿元，毅然运转刚刚领悟的星轨道韵。他发现在预言书记载的灾变中，暗藏着一线生机，若能在流星坠世前炼成星辰道体，就可化解这场危机。而炼制道体的关键，就在道宫深处的星辰池。
突破重围进入道宫深处，只见一池星光璀璨的灵液。池边石碑刻着星辰道体，需经历九重星火淬炼。刘镇南毫不犹豫跃入池中，星火焚身的痛苦让他几近昏厥。林素衣在外护法，药神血脉自发与星辰共鸣，竟在池边催生出可缓解痛苦的星辰草。
九日九夜后，刘镇南破关而出，周身星光流转。第一重预言如期而至，流星坠向人口密集的江南地区。刘镇南新炼成的星辰道体与流星产生感应，他凌空而起，徒手接住陨石，将其炼化成星辰阵眼，反而造福一方。
首战告捷，但更大的危机接踵而至。预言书记载的第二重灾变天魔复苏突然提前，原来是有心人故意加速了天魔复苏的进程。更棘手的是，林素衣为助他炼体，耗损过度昏睡不醒。刘镇南独对强敌，步步危机。
此时北极上空出现异象，九星连珠的征兆提前三年显现。星轨族先知在云端现身，手持星辰法杖指向刘镇南，称他逆天改命引发天道反噬。各派修士见状纷纷倒戈，要求交出刘镇南平息天怒。
刘镇南怀抱昏迷的林素衣，面对千夫所指。他额间星图突然迸发强光，空中浮现青帝遗留的最后一重预言，真正的劫难不在天象，而在人心。当下便有修士心神失守，当场入魔。
道宫深处传来钟鸣，青帝虚影再次显现。虚影指出九星连珠实为天魔阴谋，旨在引发人间内乱。唯有集齐三皇器，方能在浩劫中保全苍生。而三皇器之首的人皇印，正在皇宫深处镇压国运。
刘镇南带林素衣返回青州，发现全城百姓皆被梦魇所困。原来天魔通过梦境侵蚀人心，连药王谷长老都难以幸免。他在医馆后院布下星辰大阵，以自身道体为引，唤醒众人神智。
苏醒的百姓额间皆现星痕，自发组成护城大阵。而此时皇宫方向黑气冲天，人皇印已然失控。刘镇南深知，最后决战即将来临。