雪衣少女掌心托着的琉璃珠泛起涟漪，珠中映出万丈冰渊下蠕动的阴影。林素衣药篓中的药材突然枯萎，药神血脉与珠中魔核产生剧烈排斥。少女指尖轻点，琉璃珠化作青烟没入刘镇南眉心。
剧痛撕裂识海，刘镇南看见冰渊下镇守的青帝恶念正在苏醒。少女身影淡去前，在青石留下九枚玉简，每枚刻着一段封印法诀。三日后，刘镇南煎药时发现药汤凝结成冰，冰纹组成北疆地图。林素衣捣药时，药杵击碎的药钵中飞出星屑，在空中拼出道灭魔生的预言。
当晚子时，医馆地窖涌出黑水，水中浮着半块青铜门环。邻家稚童夜半惊梦，指尖渗出的血在窗纸上印出魔纹。刘镇南以银针探穴，发现全城百姓体内都埋着魔种。药王谷残部送来急讯，极北冰川出现裂缝，镇守长老看见青帝恶念化身在裂缝另一端狞笑。
月圆夜，刘镇南以自身为媒，引动轮回道经追溯因果。道韵流转间，他看见千年前青帝斩恶念时，有九滴帝血溅落人间。这些帝血沾染恶念气息，转世成如今的九大魔种宿主。而第九人，正是林素衣失散多年的胞弟。
林素衣割腕取血，药神血在虚空画出血脉追踪符。符光指向皇宫深处，当朝国师竟是最后一位宿主。二人夜探皇城时，发现国师正在布置逆星大阵。阵眼处的九龙鼎中，沉浮着前八位宿主的心头血。刘镇南的质问被禁军打断，国师狂笑催动大阵，整座皇城地底浮现青铜门虚影。
危急关头，林素衣将药神本源注入地脉，暂时稳住龙气。刘镇南踏阵而行，每一步都踩在因果节点上。当第九步落下时，他看见惊悚真相，国师不过是傀儡，真正的主谋竟是龙椅上沉睡的皇帝。
原来皇帝早年北伐时，早已被青帝恶念附体。九幽之门需要的不是鲜血，而是帝王龙气为引。此刻龙榻迸裂，皇帝睁开的双眼已化成竖瞳。黑龙之气冲天而起，九幽之门彻底凝实。门缝中伸出无数鬼手，抓着因果线将百姓拖向深渊。
刘镇南毅然斩断自身因果，以道基为代价暂时封门。反噬之力让他瞬间白发，却也让他窥见一线生机。素衣，助我种因。刘镇南将轮回道经逆转，道韵倒流成种子。林素衣以药神血灌溉，两人合力将因果种打入皇帝眉心。
种子生根发芽时，皇帝发出凄厉哀嚎，体内恶念被新生道芽一点点净化。九幽之门轰然闭合，门环碎成星光。皇帝苏醒后下罪己诏，散尽修为赎罪。而刘镇南因逆转道经陷入沉睡，梦中他看见青帝在九幽深处对他微笑。
三月后，春茶初萌。林素衣在煎药时发现，药渣中混着一粒琉璃种子。这种子遇水即生，顷刻间长成三尺玉树，树身浮现青帝手书：道种既成，当育新枝。此时宫中来讯，皇帝驾崩前留下血诏，传位给流落民间的九皇子。
新帝登基那日，北极星异常明亮。星光洒落处，沉睡的刘镇南突然睁眼，眸中闪过玉树虚影。他推开医馆后窗，见院中老槐树上栖着雪衣少女。少女指尖轻抚槐花，花朵瞬间结果，果核落地即成新苗。
北方商队带来消息，极光森林出现神秘绿洲，草木一日结果，果实能愈百病。更奇的是，绿洲中央有块无字碑，碑前总放着新鲜药材。林素衣查验药篓，发现少了她今晨新采的七星草。
中秋夜，全城百姓做了同一个梦。梦中青袍医者悬壶济世，身后跟着采药少女。醒来后，家家户户门楣上都别着带有露珠的药草。而北极冰原的裂缝中，悄然长出一株并蒂雪莲，莲心坐着两个三寸高的玉人。
腊月祭灶时，皇宫突现异象。玉树在御花园一夜参天，树冠托起九盏明灯。新帝率百官朝拜时，灯中飞出九道流光，没入当年九大宿主转世之人体内。这些转世者突然开窍，竟无师自通各种济世之术。
上元灯节，刘镇南扎了盏药草灯。灯燃起时，满城病人伤痛顿消。林素衣发现灯焰中有细小人影在演练针灸，正是失传的青帝九针。此后每逢月圆，医馆地面便会浮现经络图，图中穴位会自动调整针法。
惊蛰雷响，北极传来巨响。冰渊彻底崩塌，露出藏在万丈玄冰下的青帝道宫。道宫门前的无字碑上，渐渐浮现出与刘镇南怀中玉简相同的文字。而道宫最高处的星轨仪，正指向青州城方向。