除了推动全方位改革之外，李希音还调整了各地的军事力量结构，在江西、湖南、四川、云南、广东各筹备了三个守备师，在广西、贵州各筹备一个守备师，每个守备师预计为8000到人，低于护卫军人的编制，主要负责省级的治安和游动反击能力。
同时，李希音命令军务院在各边界城市和重要关隘组建城防营，各大营兵力不等，少则一千，多则上万，主要是控制各城市和关隘，在外敌入侵时承担主要防御职责，固守城池等待守备师和护卫军的救援。
至于各级政府的卫队以及民兵，军务院虽然没有对其数量进行限制，但规定了其报备流程和其基本工资待遇等方面，并且在各地安插监察机构专门处理此次事件，并协调管理各个队伍的职责与划分。
因为各地尚有大量兵员空缺，且城防营和守备师等二级战斗编队尚且需要大量时间进行选拔，李希音还是命令护卫军各军驻扎地方，一方面指导地方武装的组建，一方面从兵员之中吸取优秀者进行补充，恢复之前因为连番作战而造成的兵员缺口。
因此，义军加强了各地的防御，就停下来进行全面的休整与备战，不仅不断招募男女精壮者填补各守备师缺口，还不断得为护卫军进行补充，同时各地也修建大量的工厂、医院和仓库，不断增强后勤能力。
到农历腊月底，各省陆陆续续组建了第一支守备师，并且组建了大量的城防营、民兵队和警察等武装力量，虽然由于装备问题并没有完全装备火枪和重火力，但近十万人也不是一个小数目。
面对义军军事实力一天天的增强，江东的太平天国和江北的清廷也感受到了义军的压迫感，这使得双方暂时停止了交战，转而进入对峙阶段，并试图通过改革来增加实力。
并非清廷和太平天国不愿意以武力解决，实在是义军实力比较强大，如今义军有野战兵力（护卫军）十个军30个师，加上各种军属独立旅等，光野战部队就在四十五万到五十万之间，且有大量的守备师和城防营等二级部队以及数量众多甚至装备铠甲的民兵部队，火器化程度极高，进攻与防守能力都很高。
其次实力弱一些的就是清廷，虽然其在之前几年中遭到义军和太平军的连番打击，但其仍然占据着广阔的江北之地，东拼西凑得来的纸面兵力尚且有百万之数，只可惜其守备尚且需要依托长江，进攻却实在是有些勉强了，甚至如今不断割地赔款，以换取沙俄和英法列强的支持。
至于太平天国，这是比较纯粹的农民军，其高层通过政策随时可以从流民之中募集上百万的部队，可惜其中精锐者实在是不多，其进攻上海就折损了数万精锐和十多万流民军，因此其兵力虽多，但整体稍微弱了三分。
在义军攻打两湖之前，太平军虽然可以屡次击溃清军，但却始终无法解除江南江北大营对南京的围困，如此可见一般。
因此，在三角对峙局面下，清廷和太平天国虽然处于劣势，但偏偏这两位是不可共存的，太平天国占据江浙之重地，又视清军为妖魔，一见面就打起来，自然是不可能联合对付义军。
那么如果谁先动手，都会害怕被第三方偷袭，所以局面一下子稳定了下来。
在这种情况下，最先做出变革的清廷，恭亲王亲自跑回北京，商议出三个计策来解救清廷的困境。
第一、开放东三省。满清在入关之后视东三省为其祖地，严禁关内百姓外迁到东北生存，其本意是保证满族在东北的绝对控制权，并且以东北为根基培养八旗勇士，以此达到镇压地方的效果，但随着政府和八旗的腐败，东三省人口迅速降低，到了中期居然变成了流放之地。
恭亲王提议，放开百姓出关限制，允许关内百姓出关开荒，并在这个过程之中吸纳流民中的丁壮，只让妇孺老弱出关，如此一方面可以减少流民，使得江北的起义军失去根基；一方面可以补充兵员，填补清军的空缺。
此计一出，清廷有大量的人出言反对，都被咸丰皇帝驳斥，政令顺利通行了下去，积聚于河南、河北、山东等地的流民纷纷出关去闯关东，其过程中死伤不知多少，但多少有了活路。
与此同时，北方捻军、白莲教等起义武装因此流失了大量的后备兵员，逐渐被清军分裂瓦解，有些起义军眼见无望后南下归顺义军或者是太平军去了，清廷勉强实现了江北的安定。
第二、开展洋务运动。在恭亲王提议下，赦免了因战败而被降罪的曾国藩、李鸿章等人，并让他们奔赴地方，开展洋务运动，主要是花费重金和签订各种条约，使用国家主权来换取西方列强的支持，以此建立工业体系。
至于第三，就是允许各地豪强和官府自行，对于这些招募来的新军朝廷有指挥权，但其任命权由地方支配，其军费开支由地方自行承担，这一点和东汉末年的废史立牧很相似，就是通过降低中央对地方的控制权来换取地方势力的发展壮大，很容易形成地方尾大不掉甚至出现藩镇割据的现象。但是，清朝统治者已经没有什么办法了！
恭亲王还专门招待了出狱的曾国藩等人，想要看看他们是否还能为朝廷所用，结果发现几人忠心还在，但心气却没有了。
特别是曾国藩，其本就连番兵败，又听闻其父母亲族多因为罪行而被义军处死，其余的也多被判处劳改，曾氏家族眨眼睛灰飞烟灭，头发一夜之间就白了头，恍惚间他仿佛听见了几年前他带人屠城时，百姓对他的诅咒：“曾剃头！你会遭报应的！”
难道真的是报应吗？曾国藩常常思索，加之年纪已经大了，又在天牢里待了半年多时间，一时之间失去了心气，再也不复意气风发的场景。
清廷虽然搞出了改革，但始终是站在统治阶级层面上的，始终没有触及到土地问题，甚至有些地方豪族为了加快土地兼并进程，居然联合官府将有田的良民给诬陷为流民，把他们送上闯关东的路上，顺理成章的接管了他们的土地，这使得土地兼并更加严重，阶级矛盾越发突出。
洋务运动和废史立牧虽然可以短期内取得成效，但其无疑是饮鸩止渴，哪怕哪一天赢了，清政府也迟早因此而崩解！