南明弘光政权，南京应天府，才刚逃过一劫的弘光帝朱由崧大笑道：“哈哈哈！我就说我朱由崧自有上天保佑，不是那么容易倒台的，我才是真命天子！”
于是在次纵情享乐，整天都醉生梦死，日夜荒淫无度，朝中的大臣眼看朱由崧如此，知道其已经无可救药，朝中的忠义之首太师张正忠直接撞入皇宫怒不可遏的骂道：“昏君，我们呕心沥血的保护你弘光政权，想不到你竟然是扶不起的阿斗，你看看，周围的土地都已经被大清王朝占领，你还有心情日夜享乐！”
“太师，你真是杞人忧天，如今我太累了，享乐一下不行吗？”当天夜里一位刺客潜入应天府皇宫将朱由崧刺杀，就在刺客的匕首拔出，鲜血溅出的瞬间，奇异的光芒闪过，朱由崧竟穿越到了一个陌生之地。这里山川奇异，灵气四溢，竟是个玄幻世界。
朱由崧惊恐过后，心中又生出一丝窃喜，“此乃上天再一次庇佑我，让我到这新地方做天子！”他依旧不改本性，妄图在此称王。可这玄幻世界强者为尊，他一介凡人，无人把他放在眼里。
就在他四处碰壁之时，听闻有一处秘境，得之可获无上机缘。他便怀揣着做“真命天子”的美梦前往。然而，秘境之中机关重重，刚一进入，他就触发了致命陷阱。就在死亡降临之际，他才幡然醒悟，自己的昏庸终究将自己推向了绝路，一声惨叫后，他彻底消失在了这个玄幻世界。
原来这都是朱由崧临死之前的回光返照，成立不到一年的弘光政权就此灭亡！
此时的中原大地，反清势力依然由洪门天地会和哥老会主导，经过长达十几年的反抗，两大势力也逐渐变得牢不可破，在此基础上洪门天地会又在中原的九州大地分别设置了十二个分舵，每一个分舵总管统称为分舵主，拥有自主绝断权力，不必在向总会报告，哥老会也同时效仿洪门天地会也在中原九州分设了十二个哥老分舵，同时每一个人分舵也拥有自主绝断权，所不同的是哥老会分舵总管却是叫“袍哥”在这两大反清势力各自发展之时，又一个神秘组织悄然崛起。他们暗中观察着洪门天地会和哥老会的一举一动，企图从中渔利。这组织名为“暗月阁”，行事诡秘，成员皆身怀绝技。
暗月阁的首领得知两大势力分设分舵且有自主决断权后，便生出了挑拨离间之计。他们先派人伪装成哥老会袍哥，去挑衅洪门天地会的分舵主。两方起了冲突，气氛顿时紧张起来。
就在双方剑拔弩张，即将大打出手之际，另一位神秘少年现身。他自称知晓暗月阁的阴谋，劝诫双方莫要中了敌人的圈套。起初，众人并不相信他，但少年展现出了惊人的洞察力和智慧，逐渐取得了大家的信任。
经过一番调查，两大势力终于识破了暗月阁的阴谋。于是，洪门天地会和哥老会决定暂时放下分歧，联合起来对抗暗月阁，一场激烈的正邪之战即将拉开帷幕——
洪门天地会的前身：白莲教并没有完全转变成洪门天地会成员，此时的西岳华山顶——神秘的论剑峰某处山洞内，由白莲教的另一支成员韩慕侠成立了一个神秘组织“窥天教”每一个教中成员都来自中原十大名门正派，每一个都武功高绝，能以一敌百，平时这些成员就驻扎在十大名门正派中，依靠的是和十大正派掌门和德高望重的长老密秘关系能够在每一个门派中行动自如，一旦总教主有事，能够很快聚齐。
同时南明的万历政权也发生了翻天覆地的变化，拥有了强大无比的反抗力量，这支力量实力极强，人数也达到了二十五万，能够与强大的清军互相抗衡。
南明万历政权很快就控制了西南五省的云贵川大部，以及广西南部、湖南中北部和南部，湖北南部等大片地区，就在洪门天地会、哥老会准备与暗月阁大战之时，窥天教总教主韩慕侠得知了此事。他深知暗月阁行事歹毒，若任其发展，必将威胁到武林和南明局势。于是，韩慕侠暗中派出教中高手，协助洪门天地会和哥老会。而此时，清军也察觉到了南明万历政权的崛起，派出精锐部队企图镇压。万历政权内部，一些将领主张主动出击，扩大势力范围；另一些则建议坚守现有领地，积蓄力量。就在决策陷入僵局时，之前现身化解洪门与哥老会冲突的神秘少年来到了万历政权。他提出了一个大胆的计划：联合洪门、哥老会以及窥天教，先歼灭暗月阁，消除内部隐患，再集中力量对抗清军。各方势力权衡利弊后，决定采纳少年的建议，一场多方联合的宏大战役即将爆发——
李定国原是张献忠大西政权主要将领，大西灭亡后，投靠了南明永历政权，最终成为永历政权的重要抗清将领，曾率军北伐并一度包围清军重要据点，展现了出色的指挥才能。
郑之龙原是南明隆武政权将领，后归附永历政权，坚持抗清近二十年，收复宝岛并继续驱逐荷兰殖民者，被誉为\"开台副圣王\"。
焦琏是永历政权的嫡系将领，曾参与平定靖江王之乱并保卫桂林，以勇猛着称
刘文秀在永历政权时期多次北伐清军，曾包围四川清军据点，展现了较强军事能力。各方势力开始为这场宏大战役做准备。李定国、郑之龙、焦琏、刘文秀等将领积极训练士兵，调配物资。神秘少年则往来于各势力之间，协调作战计划。暗月阁得知各方联合的消息后，也加紧部署，妄图各个击破。
战役打响，洪门天地会、哥老会、窥天教与暗月阁的高手在一处山谷展开激战，刀光剑影，血雨腥风。与此同时，清军对万历政权的进攻也愈发猛烈。李定国指挥若定，在前线顽强抵抗清军。郑之龙则率领水师在沿海牵制清军。焦琏和刘文秀带领精锐部队穿插迂回，寻找清军的破绽。
神秘少年凭借其智慧，识破了暗月阁的几次偷袭计划，让暗月阁损失惨重。而在与清军的战斗中，各方势力紧密配合，逐渐扭转了局势。一场决定南明命运、武林走向的大战，正朝着难以预料的方向发展。
此时的大清王朝后方，蒙古部落准噶尔丹也在加紧训练，准噶尔丹雄心勃勃，一心想要取代大清王朝控制中原大地！