南明万历政权的强势崛起，好像为中原的汉族同胞带来了巨大的希望，同时鲁王朱以海带领自己的势力也加入了万历帝朱由榔政权，一切都向好的方向发展，然而，平静之下暗潮涌动。就在众人以为局势将逐步稳定时，一股神秘的力量悄然浮现。这股力量来自西域，带着诡异的法术和强大的妖邪之气。他们暗中勾结满清势力，妄图破坏南明的复兴大业。
一天夜里，鲁王朱以海的营帐突然遭到神秘袭击，一些士兵离奇死亡，身上还带着奇怪的咒印。消息传到朱由榔耳中，他大为震惊，立刻召集众臣商议对策。有人猜测是满清的阴谋，也有人怀疑是内部有叛徒。就在大家争论不休时，另一位神秘道士求见，称自己知晓这股神秘力量的来历，能帮助南明化解危机。朱由榔犹豫再三，最终决定让道士一试。一场与神秘力量的对决即将拉开帷幕，南明的命运也悬于一线……
满清王朝，前皇城盛京，早在努尔哈赤和皇太极时期就选择了此地做为自己政权的皇城，也就是今天的古城沈阳，在满清三代人的苦心经营之下也是人丁兴旺，也算是国富民强。此时的满清除了四大辅政大臣外，又出现了两位文武双全的父子大将佟国维和佟麟纲 ，佟麟纲算得上是满清王朝的猛将，此人有勇有谋，文武兼备是一位不可多得的帅才，此时的二人再次向清廷提出了远攻近交的建议。
此时的四大辅政大臣一听此建议立即上奏顺治皇帝和孝庄太后，然后得了顺治皇帝和太后的全力支持——为了进一步统制中原，分别派出了鳌拜、萨尔图、佟国维、佟麟纲四人率领二十五万精兵，全力以赴前往扬州古城攻击史可法部，以期一举将弘光政权覆灭，与此同时，神秘道士来到南明阵营后，迅速展开了调查。他发现那股神秘西域力量擅长操控妖邪，以咒印杀人只是小手段，背后还有更大的阴谋。而在扬州，史可法早已得到满清出兵的消息，他紧急召集将士，鼓舞士气，准备坚守扬州城。鳌拜等人率领的精兵很快兵临城下，一场惨烈的攻城战爆发。清军攻势猛烈，而史可法部拼死抵抗。就在双方僵持不下时，神秘西域力量突然出现在扬州战场，他们施展诡异法术，让清军的攻势更加强劲。史可法心急如焚，而南明这边，道士算出神秘力量的弱点，朱由榔赶忙派遣精锐部队带着道士前往扬州支援。一场南明、满清与神秘西域力量的三方大战即将进入白热化，各方势力的较量将决定中原的未来走向——
鳌拜采纳了麾下谋士萨尔图的分化瓦解，再集中力量直捣史可法的中军，双方进行了极为惨烈的攻城战，终于七天后，扬州城破，数十万清兵在鳌拜的率领下攻入了扬州城内，史可法部损失惨重，被清兵团团包围在了尚书总督府，史可法失败被俘，其两位师兄戴盛宗和关德胜为了掩护史可法突围先后战死，只有史可法部下李锦带着三万人马杀出重围。
清军进入扬州后，实施了血腥恐怖的“扬州十日”大屠杀，数十万扬州军民不幸丧命，此时扬州城内除了鳌拜外，另外两大清兵佟国维和佟麟纲率领十五万精兵直捣南京应天府，南京应天府内，朱由崧听闻扬州城破、史可法被俘的消息，惊怒交加。此时，佟国维和佟麟纲的十五万精兵已兵临城下，城内人心惶惶。朱由崧忙命人加强城防，同时催促支援扬州的精锐部队与道士速速回援。而那神秘道士在赶往扬州途中，察觉到清军后方神秘西域力量的老巢所在，他当机立断，改变路线，带领精锐部队奇袭老巢。在老巢内，道士施展道法，与神秘西域力量展开激烈对决。与此同时，南京城上，南明将士们面对清军的攻城，拼死抵抗。佟国维和佟麟纲正要发动总攻时，突然接到后方神秘西域力量老巢被袭的消息，军心大乱。朱由崧抓住时机，下令出城反击。一时之间，喊杀声震天，三方势力在南京城外再次陷入混战。
此时尚书总督府内，面对着横眉怒目、正气凛然的史可法，连一代枭雄鳌拜也不仅赞叹：“史将军，鳌拜敬重你的忠义无双，只要你肯投降我大清王朝，我鳌谋绝对保住你和你家人的生命 ，并且你还会加官进爵，你我也会成为同殿之臣，我也会为你向我主顺治皇帝和孝庄太后请求封你为义勇忠孝王！”
“怎么样！史将军，我可以给你七天考虑！”史可法冷笑一声，目光坚定地看着鳌拜，“鳌拜，我史可法生为大明人，死为大明鬼，岂会投降你们满清！我大明将士为保家卫国，不惜抛头颅、洒热血，扬州城数十万军民亦宁死不屈，我又怎会贪生怕死、背叛国家！你休要再做这无用的劝降，今日我只求一死，以谢大明百姓！”鳌拜眉头紧皱，脸色阴沉，他没想到史可法如此坚决。这时，南京城外的混战有了新变化。神秘道士在老巢重创神秘西域力量，残余势力仓皇逃窜。清军后方大乱，佟国维和佟麟纲无心恋战，开始撤军。朱由崧指挥南明军队乘胜追击，一时间清军阵脚大乱。而尚书总督府内，鳌拜见劝降无果，恼羞成怒，下令将史可法押入大牢，准备择日处斩。南明的反击能否扭转战局。
很快，处斩的时间到来，史可法昂首挺胸，面无惧色，临死之前，横眉怒对苍天——“可叹我，史可法生不逢时，天不负我！幽幽苍天，我史可法忠义两全，对得起天下万民百姓，国家将亡——匹夫有责！
“千锤万凿出深山，烈火焚烧若等闲。”
“粉身碎骨浑不怕，只留清白在人间。”
中原反清势力惊闻民族英雄史可法英勇就义后，莫不伤心痛哭，整个中原都沉浸在巨大的悲伤中，此时洪门天地会会长程近南、哥老会会长方天德和洪熙官站了出来说道：“同胞们，我们要化悲痛为力量，我们的民族英雄史可法将军虽然离开了我们，但是我们应该将他未尽的反清大业继续发展下去，众人听后，群情激奋，纷纷表示愿追随他们继续反清。与此同时，神秘道士带着重创神秘西域力量的消息回到南明。朱由崧大喜，重赏道士，并决定趁清军后方混乱之际，发起全面反攻。佟国维和佟麟纲撤回盛京后，向顺治皇帝和四大辅政大臣汇报战况，神秘西域力量的惨败让他们大为震惊。而此时，中原各地的反清势力在洪门天地会、哥老会等组织的号召下，开始联合起来。他们暗中策划，准备在清军防备松懈之时，发动一场大规模的起义。神秘西域力量虽遭重创，但并未被完全消灭，他们不甘心失败，又开始暗中勾结一些对南明不满的势力，妄图再次挑起战乱。一场更加复杂、激烈的斗争即将来临，南明、满清、神秘西域力量以及中原反清势力之间的纠葛，将如何发展……