话说，慧可得菩提达摩祖师传授法脉衣钵，成为了东土二祖后，在天平初年（534），慧可大师来到了当时东魏的邺都（今河北临漳），大弘禅法，因为有些学者不能理解他的学说，时常发生争辩。
当时慧可门下拥有千人的着名学者道恒，竟指慧可法师所说的法要为“魔语”，秘密派遣上足弟子和慧可诘难。
但是他的弟子听了二祖慧可法师的说法后却欣然感到信服，反而不满道恒所说的法义。
道恒因此更加心怀怨恨二祖慧可大师，甚至贿赂当地的官吏，企图加以暗害慧可大师。其间似乎和慧可宣传宋译《楞伽》的理论有关。
起初，来自南天竺的菩提达摩祖师把四卷《楞伽经》授于慧可时，说道：“我观汉地，唯有此经。仁者依行，自得度世”。二祖慧可法师于是就宣扬此经，但因刘宋时期翻译的《楞伽》文词深奥，比较难解，不如北魏菩提流支所译的十卷《楞伽经》文字流畅华丽，所以当时北魏的学士大多是鄙视它。由于刘宋和北魏两译《楞伽》学说之争，牵涉到菩提流支，后世智炬的《宝林传》等遂出现诬蔑菩提流支因禅学思想不同而毒害达摩祖师的记载。
二祖慧可大师在找到传人弟子僧璨之后，在传承佛法与袈裟之后，慧可大师郑重地告诫自己传人弟子僧璨，说道：“你接受了我的衣钵之后，应当深居简出，避免过早地涉足世间教化。因为不久之后，国家将面临一场劫难。”
弟子僧璨闻言，感到不解，于是问道：“师父既然能预知未来，能否为弟子指点迷津？”
二祖慧可大师闻言，回答说道：“我并非能够预知未来，只是铭记着当初达摩大士所传给我的般若多罗的预言。预言之中提到：内心若保持祥和，外界虽凶险亦能应对。我推算了一下时间，认为那场劫难正应验在此时。我们应当谨记先贤的教诲，以免陷入困境。然而，我本人有着宿命的债务需要偿还，你应当听从我的忠告，谨慎行事。记住，传法教化需要等待时机的成熟。”
交代完这些之后，随后，二祖慧可大师即而前往到邺都，韬光养晦，甚至为了方便度化众生，引众生入佛法之海，而变易形仪，随宜说法。
二祖慧可法师或入诸酒肆，或过于屠门，或习街谈，或随厮役，一音演畅，因此当地四众皈依，如是长达三十四年之久。
而二祖慧可大师随机度化之人，不仅有男女老少，甚至有妓院女子得慧可度化之后，坚强努力改变自己的生活，放弃了卖身事业，而努力学习生存技能，安稳过日子。一些好赌好嫖之徒放弃恶习，安稳过日子。如此得度者数不胜数，当地百姓民风纯仆，而路不拾遗，官民之间，互爱互助。
曾经有人为此而问二祖慧可法师，道：“师是道人，何故如是”
（师父，你是个出家人，出家人有出家人的戒律，你怎么可以出入这些不干不净的地方呢）？”
二祖慧可法师闻言，对此人回答道：“我自调心，何关汝事（我自己观察和调整自己的心，跟你有什么相干）！”
另外有一位姓向的居士，听闻二祖慧可之佛法盛化，于是致书通好，
云：
“影由形起，响逐声来。
弄影劳形，不识形为影本。
扬声止响，不知声是响根。
除烦恼而趣涅盘，喻去形而觅影。
离众生而求佛果，喻默声而寻响。故知迷悟一途，愚智非别。无
名作名，因其名则是非生矣。无理作理，因其理则争论起矣。
幻化非真，谁是谁非？虚妄无实，何空何有？将知得无所得，失无所失。未及造谒，聊申此意，伏望答之。”
二祖慧可禅师阅信后，回书云：
“备观来意皆如实，真幽之理竟不殊。
本迷摩尼谓瓦砾，豁然自觉是真珠。
无明智慧等无异，当知万法即皆如。
愍此二见之徒辈，申辞措笔作斯书。
观身与佛不差别，何须更觅彼无余。”
隋朝的开皇十三年（593年），二祖慧可大师来到筦城县匡救寺门前宣讲佛法，因所讲佛法不仅通俗易懂，并且言词巧妙，深入人心，因此听众如潮。
当时，寺内有一位辩和法师正在宣讲《涅盘经》，但是他的学徒听闻到二祖慧可大师所说的禅法之后，纷纷改而前来聆听二祖慧可大师讲法。
辩和法师原来受众人拥戴，渐渐迷失自我，看见慧可来到这里以后，自己的信徒越来越少的这个情形，觉得自己的权威和地位受到了慧可的挑战，为此心生不满和嫉妒。辩和法师为了维护自己所谓的面子，于是对二祖慧可大师进行了造谣诽谤。
辩和法师让不明事理的人互相传播谣言：慧可其实是一个妖人，之所以吸引很多信徒是因为他用妖法蛊惑百姓。甚至还造谣说慧可大师如此聚集百姓听法是为了鼓动百姓给朝廷施压，是准备煽动老百姓造反。
这样的谣言可不得了了，事情就非同小可了。
当地的县官翟仲侃听信了谗言，认为慧可大师有这样大的声望，对朝廷乃是潜在的威胁，不能不重视。为此，当地的县官翟仲侃把二祖慧可大师是妖僧会妖法蛊惑人心，欲鼓动百姓反抗朝廷政府的谣言上报给了当今的皇帝隋文帝杨坚。
隋文帝杨坚看了关于慧可是妖僧会煽动百姓造反的这个奏表之后，立即下了诏令：让人立刻逮捕慧可大师进去监狱，并且审查慧可的身份，一定要把其他同党也全部抓起来。
当地县令接到朝廷下达的命令，于是下令逮捕了二祖慧可大师，将他关押在监狱里面，审问情况。
然而，二祖慧可大师却坦然面对，从容赴死。当时，慧可禅师已经是一百零七岁的老人家了。面对如此迫害，却面不改色，稳如泰山，真是让人折服啊。
为了让慧可大师供出所谓的造反同伙，县令让人对慧可大师严刑逼供，但是板杖击打慧可的背部之声仿若金石之鸣 ； 遭受拶指致使断骨却面无惧色； 二祖慧可大师身处狱中仍然宣讲佛法，从而度化狱卒。
这个事情越发引起当地的官员的忧虑，但是朝廷已经下令要严审慧可大师。
当朝的官员明知慧可大师遭受冤屈，仍然因为迫于压力，而判处慧可斩刑。
在押往刑场的之前，官员翟仲侃问了慧可，问他是否为“邪魔外道”或是“迷惑众生”，慧可大师却坦然地回答说：“你说我妖言惑众我就是妖言惑众，你说是邪魔外道我就是邪魔外道，你说我煽动造反，我就是煽动造反。我如此只是为了偿还过去生的业债。正所谓，假使百千劫，所作业不亡。因缘会遇时，果报还自受。过去生我乃是放牛娃，因为放牛之时，不小心将牛引入猎人设置的捕杀野猪的陷阱之中，导致此牛陷入陷阱而死。轮回不止，如今正是我偿还业债的时候，我怎么会心怀怨恨呢？”
官员翟仲侃听了二祖慧可所说的话，只是感到莫名其妙，但是已经觉察到慧可大师非常可能是受到冤枉，于是连忙让人把这个事情传达到朝廷，希望朝廷能谨慎处理关于慧可大师是妖人要造反这个事情。
可是一心嫉妒慧可大师的辩和法师，为了巩固自己的佛教地位，贿赂了当地一些官员，使他们掩盖慧可大师可能被冤枉的真相，而让他们不上报朝廷。
因此，慧可大师很快就被判处斩之刑，朝廷也不纠结有没有让他交代出所谓的造反同伙，草草下令处死慧可大师。
二祖慧可被押解到行刑处，当地百姓，不论男女老少，纷纷过来给慧可大师送行。
有心疼慧可法师在刑场上没有水喝，于是奉着茶水向官员请示要求慧可法师喝喝茶水，让他临死时不要口干舌燥。
官员看见这个情况，只好允许。慧可法师饮下百姓供奉的送行茶，留下震古烁今的遗言： “我之受戮，乃偿还多生累劫之旧债。惟愿众生精进修持，我愿足矣！”
在刽子手刀落的那一刹那，天地共同见证了这不可思议的圣者之示现。
慧可大师的断颈之处，汩汩流淌的不是红色腥味的血液，而是乳白如同牛乳的液体，并且散发着似兰非兰，似莲花非莲花一般的香气。在慧可法师人头落地的霎那间，流出的白乳般的液体，散发的香气弥漫了整个城市每个角落。凡是闻到这种香气的人、动物，甚至是虫子都陷入了深深的哀伤和慈悲之中。不论赌徒、恶人，各种行业的人都一时间生起悲悯之心。
在场有博学佛法之人，惊呼道：“天呀，慧可法师圆寂之形状，正与《金光明经》中所说的“菩萨舍身，白乳涌出”的预言相应呀，他可是已证得无漏圣果。杀害死得圣果的人是要得大报应的呀。圣人死则国家危亡呀，恐怕隋朝的江山气运连五十年都没到，就必定灭亡了。当今皇帝肯定也是不得好死了。”
这话说出来可不得了，那自然是要掉脑袋，甚至全家都面临被诛杀的危险的。
当时有官员听见这句话，连忙大怒喊道：“何人敢诅咒朝廷？来人呀，把此妖言惑众之人缉拿。”
有耳聪目明而手快的士兵，刚要冲去人群里面捉拿刚刚说出这句话的人。说这句话的人却早就看不见人影了，也不知道跑到哪里去了。
监督行刑的县令，看见这个情况也感到害怕了起来。连忙让行刑的和保护现场的人全部各自打道回府去了。
二祖慧可法师的遗体因此曝于在荒野外面，当地人，不论男女老少纷纷来到慧可法师的遗体处哭泣，并且述说恩义。
遗体处，各有男男女女，都在自说自话，各自表达哀悼。
“大师呀，您是那么好的人，却遭如此苦难呀。天理不公呀，我家孩子得了重病，您不收分文，给我家小孩治病。救了我家孩子，您是我们家的大恩人呀。”
“大师，我父母早亡，从小就被别人卖来卖去，沦落为娼妓，被世人看不起，您平等对待我，循循教导于我佛法，让我学会巧言方便劝化来嫖娼的客人。只是用推拿养生的手段过活，同时劝他们好好对待家里妻子孩子，劝他们好好生活。一些同情我的恩客，对待我以礼相待，帮助我，收留我，让我学习讨生活的本事。大师，您是我紫玫瑰的大恩人呀。”
“大师，谢谢您教导我如何爱护妻子孩子，让我重新做人。”
…………。
人群之中的辩和法师看见百姓如此哀伤，内心开始感到害怕和惭愧。
就这样，慧可法师的遗体在野外达七日之久，其间异香弥漫、面色犹如生前，百姓顶礼膜拜、痛哭流涕，官府亦不敢有丝毫亵渎。
有人不忍心看着慧可法师的遗体在荒野之地，会受到尘土污染或者可能野兽的啃食，但是要入殓法师的遗体的话，又害怕朝廷会加罪自己，从而连累家人。无奈之下，只好把慧可法师的遗体投入了漳河。
慧可法师的遗体投入了漳河之后，竟然盘坐于水面之上，逆流十八里，直至芦村方才停止，重现达摩“一苇渡江”之玄机。
弟子含悲忍泪将其安葬，此地现今称为“二祖村”。
二祖慧可法师遇害的那几天，当地的鸟兽都发出了悲伤的鸣叫之声。
二祖慧可蒙难之事震动朝野，隋文帝杨坚感到非常懊悔，感叹慧可为“真菩萨，于是下令彻查此冤案，并严惩贪官，追谥其为“正宗普觉大师”。
因为冤杀圣僧慧可，也就是隋朝的开皇十三年这一年，隋朝廷下令请当时五十六岁的智者大师，于玉泉讲《法华玄义》,由章安集成。以此祈祷隋朝的国运。
智者大师在十七岁时，正值梁末兵乱，家庭分散，颠沛流离，遂在荆州长沙寺佛像前发愿为僧。十八岁投湘州（今湖南长沙市）果愿寺法绪出家，授以十戒；师叫他去慧旷律师处学律，二十岁受具足戒。后又到大贤山，闭户专研《法华》、《无量义》等经，尽得奥旨。
在陈文帝天嘉元年（560年），二十三岁的智者大师听说慧思禅师从北方南下，居于光州大苏山（今河南省信阳市光山县境内），他就前往请益。慧思为他演说四安乐行，他日夜勤习，造诣甚深。拜慧思为师，修习禅法，证得法华三昧。
在陈光大元年（567）慧思临去南岳时，嘱他往金陵（今南京）弘传禅法，他就和法喜等二十七人一同东下，到达陈都讲禅。过了两年（569年），受请主瓦官寺开讲《法华经》，树立新的宗义，判释经教，奠定了一宗教观的基础。智顗住瓦官寺前后八年，除讲《法华经》而外，还讲《大智度论》和《次第禅门》（即《释禅波罗蜜次第法门》），写出《六妙法门》等。
陈朝的太建七年（575）离开金陵，智者大师初入天台山，于北面山峰，创立伽蓝，栽植松栗，引入流泉。又往寺北的华顶峰，行头陀行，昼夜禅观。
在陈朝的至德三年（585）三月，智顗再到金陵，前住灵曜寺。陈少主请于太极殿讲《大智度论》，又讲《仁王般若经》，慧暅、慧旷、慧辩等名僧都奉命参加讨论。后移居光宅寺，讲《法华经》。弟子灌顶随听随记，录成《法华文句》。此后智顗所讲经义，多由灌顶笔录成书。陈亡，智顗上庐山隐修。
隋开皇十一年（591），晋王杨广为扬州总管，遣使到庐山 坚 请智顗大师往扬州传戒，他即前去为杨广授菩萨戒，受到“智者”的称号。
次年（592年），他回到了故乡荆州，于当阳县玉泉山创立玉泉寺。此后两年（593—594年），智顗大师受朝廷邀请在寺讲《法华经玄义》和《摩诃止观》。