江南的暮春，雨总是缠缠绵绵。寒门书生柳砚清身着喜服，骑着瘦马，在雨中缓缓前行。他虽家境贫寒，但才学出众，此次迎娶镇上富商之女沈玉萝，可谓是一步登天。
花轿在雨中颠簸，终于停在了沈家庄院。拜堂仪式简单而庄重，柳砚清看着盖头下的新娘，心中满是欢喜。然而，当他掀起盖头，瞥见新娘脖颈处隐约的青鳞反光时，心中不禁一阵异样。
宾客们渐渐散去，洞房内红烛摇曳。柳砚清坐在床边，目光再次落在新娘身上。沈玉萝低垂着眉眼，始终未看他一眼。柳砚清起身，佯装为她斟酒，在靠近的瞬间，他嗅到新娘身上有一股淡淡的水腥气。
“娘子，今日劳累，该休息了。”柳砚清轻声说道，一边说着一边拿起交杯酒。沈玉萝微微颤抖着接过酒杯，柳砚清不经意间发现她手指关节处有鳞片划过木筷的嘶啦声。他心中一惊，但并未声张，只是陪着新娘饮下了合卺酒。
柳砚清假装醉卧婚床，眯缝着眼睛观察着沈玉萝的一举一动。只见她缓缓走到铜镜前，取下头上的凤钗。就在她取下凤钗的瞬间，柳砚清瞥见她左耳缺失了半片耳朵。这一发现让他心中一紧，关于沈家小姐幼时被蛇咬伤毁容的传闻在他脑海中浮现。
突然，一阵冷风袭来，吹灭了洞房内的红烛。月光透过窗户洒在地上，沈玉萝的裙裾下渐渐泛起幽光。柳砚清屏住呼吸，只见一条赤红蛇尾从她的裙底蜿蜒而出。
沈玉萝似乎察觉到了柳砚清的目光，她轻叹一声，褪去了绣鞋，露出布满鳞片的双脚。接着，她开始褪去身上的喜服，当喜服滑落肩头时，她雪白的脊背上浮现出暗红的蛇鳞纹路。
柳砚清惊恐地看着这一切，而沈玉萝却从容地从梳妆匣底层取出一枚褪色的蛇形玉佩，递到柳砚清面前，说道：“夫君既已看见，何必装睡？”
沈玉萝缓缓道出了自己的身世。二十年前，她的父亲在山野捡到一个蛇卵，带回家中后，不久便孵出一条小蛇。那小蛇通灵性，日夜守护着襁褓中的女婴，也就是沈玉萝。
然而，三年前的一个暴雨夜，一切都改变了。沈家遭雷火袭击，蛇灵为了护主，化形抗灾，却不幸被天雷劈断半截蛇尾。从那之后，每逢月圆之夜，沈玉萝便会蜕下一层鳞片。
柳砚清听着沈玉萝的讲述，心中的恐惧渐渐消散。就在这时，他注意到窗棂外有双幽绿的眼睛在暗中窥视。沈玉萝冷笑一声，说道：“这是当年吞食我半灵的蛇煞未死，如今闻婚宴血腥又折回来了。”
柳砚清表面上装作惊慌失措，暗中却观察着沈玉萝的反应。他发现她虽然身覆蛇鳞，但体温却与常人无异。而且，案头红烛燃尽后，室内残留的蜡泪竟凝成了并蒂莲的形状。
沈玉萝看出了柳砚清的心思，她带着他来到了书房的暗室。在那里，书架上摆满了《妖物志》《化形录》等书籍。柳砚清这才明白，她一直在偷偷修补被雷劫损坏的化形阵法。
一天夜里，柳砚清跟踪沈玉萝来到了后院的古井边。他看到她往井中滴入七滴指尖血，水面上渐渐浮现出他们三世纠缠的幻象。原来，前世她是深山修蛇，而他是砍柴的樵夫，曾为救她而死。
那个被雷劫毁掉半灵的蛇妖寻仇而来。沈玉萝在战斗中现出十丈蛇身，鳞片剥落处血肉模糊。柳砚清在一旁心急如焚，他想起在暗室看到的阵法图，急忙用朱砂在院中画出镇妖符。
沈玉萝为了护全庄子百口，故意暴露出逆鳞的位置。柳砚清见状，撕开儒衫裹住她的伤口，鲜血浸透了他袖中的《金刚经》。
就在蛇妖即将发动致命一击时，柳砚清突然想起沈玉萝三日前身上沾染的佛寺香灰味。他迅速掏出随身携带的佛珠，抛向空中。佛珠在空中爆开，形成一道金光结界，暂时抵挡住了蛇妖的攻击。
战斗结束后，沈玉萝陷入了昏迷。柳砚清守在她的床边，日夜不离。为了寻找能治愈她的方法，他翻遍了藏书阁。终于，在一本尘封的县志中，他发现了“双生蛇蜕可铸新灵”的记载。
柳砚清按照县志中的方法，割破手腕，将血滴入药炉。沈玉萝在昏迷中感受到他的鲜血，突然睁眼喝止道：“痴儿！蛇性属阴，受不得阳人血气。”
婚礼次日，柳砚清做出了一个惊人的决定。他当众焚烧了自己的科考笔记，将灰烬撒入沈玉萝的药浴之中。他深情地说道：“娘子才是我的登科路。”
经过一番波折，沈玉萝终于痊愈。从此，他们隐居在山林之间，过着平静而幸福的生活。百年后，说书人在茶楼里讲述着“柳先生与蛇仙娘子”的故事，没人注意到柜台后老板娘转身时裙摆闪过的一抹赤红鳞光。