按照朱载坖的规划，朝廷在各镇按照任务轻重的不同的，配置数量不等的师和旅，而在各个边堡上，则是由各步兵团、营、队予以驻守，这些守边的步兵团营和参加麾下的旅、团以及总兵麾下的各师、旅构成了边军的驻防和机动部队，同时各个提督手中也掌握一些师旅作为机动兵力，这样做的好处就是尽可能的集中机动兵力，同时保证官军的战斗力。
这些当然是朱载坖对于边镇官军的改革想法，不过现在对于官军的改革，朱载坖首先是在京营之中予以施行，要推行新的制度，首先就是要厘定官职，这点是非常之重要的，之前大明的武官系统主要是由都司卫所的各职官和都督府的职官所构成的，而在营兵制下的官制，都只是差遣而已，不管是提督、总兵还是参将游击，都只是差遣，决定他们品级的是他们在都督府或者是都司卫所中的职务。
朱载坖认为，武官要实行军阶和差遣分离的制度，军阶表示武官的资历、品级等，差遣则是武官的实际职务，而军阶制度已经也不必单独用，而是直接使用大明的武散官制度就行了，所谓散官，与职事官表示所任职务的称号相对而言。例如唐代文散官自开府仪同三司至将士郎凡二十九阶，武散官自骠骑大将军至陪戎八校尉副尉凡四十五阶。故散官亦称阶官。宋代称为寄禄官。
本朝也沿袭旧制，一样设立文武散官制度，散官是有官名而无职事的官称。汉至南北朝，朝廷有时对高级文武官员于本官外另加位亚三司、仪同三司等名号，以示尊崇而无职掌。
隋始定散官名称，加给文武重臣，皆无实际职务，而统称官员之有实际职务者为职事官。唐承隋制，置开府仪同三司、特进至文林郎、将仕郎共二十九阶为文散官，骠骑大将军、辅国大将军、镇国大将军至陪戎校尉、陪戎副尉四十五阶为武散官，凡九品以上职事官皆带散位，称为本品。职事官随才录用，迁徙出入，参差不定；散位则皆以门荫结品，然后劳考进叙。职事官与散官品级不定一致，散官低而充高级职事官称守某官，散官高而充低级职事官，称行某官，待遇则按其散官品级。
两宋也沿袭这种制度，散官制度也是有一定的好对的，对于朝廷而言，一些资历不足但是有功的军官，朝廷可以量才拔擢，同时一些资历深厚，但是立功不多的老将，朝廷也可以通过提升他们散官的办法给予荣宠，增加他们的俸禄，这点是很好的。
不过对于大明的武散官制度，朱载坖认为还是要予以改善的，大明的武散官，从正一品的特进荣禄大夫到从六品的忠武校尉，还是相对不够的，所以朱载坖命令吏部和兵部制定从六品到从九品的武散官官阶，实现爵用以定尊卑，官用以分职务，阶用以叙劳，勋用以叙功的武官体系。
同时新的官军体制下，官军的编制组成得到了简化，最小的作战单位仍然是小旗，一小旗十人，但是总旗从五十人下降到三十人，一队辖三个总旗加上队官直属的一个小旗，主要负责后勤、传令等事务，由各队组成营，营的长官称统制，若干各营组成团或者旅，他们的长官都称指挥使，而若干个旅团组成师，长官称都指挥使。
在官军边军中，师已经是最大的编制了，直属于总兵或者提督，作为一镇的机动力量所使用，但是在朝廷，还要组建比师更加庞大的战略预备队，也就是军，古称天子六军吗，按《周礼》《左传》记载周天子设六军，诸侯依国力设三至一军，成为后世“天子统领军队”的代称。晋代以领军、护军、左右二卫、骁骑及游击六支中央禁军合称六军 。唐代禁军沿用此名，左右龙武军、神武军、神策军（或羽林军）组成六军体系，朝廷居中以威天下，自然是要建立比地方冯家庞大的战略预备队了。
所以朱载坖决定将京营和亲军诸卫统一整编，设立羽林、天武、虎翼、静塞、保捷、忠锐六军，作为朝廷的战略预备队，同时对于各都司的脱产士卒，一样要予以师旅编制，赐予军号，由朝廷统一调度，这样的话，就实现了官军的京军化，统一平时和战时编制，将所有的脱产士卒归为常备官军，而卫所则是主要承担预备役和屯田等职能。
边疆各军镇虽然下辖各自的团营师旅，但是一样归朝廷统一调度，京军和边军没有制度上的区别，只要朝廷愿意，随时可以将京军调至边疆承担边防任务，也可以随时将边军的师旅调入京军之中，成为天子六军的一部分，这样对于朝廷来说，肯定是加强了对于地方的管理。
同时镇就脱离了官军的编制成为守备防区的代名词了，镇不再是官军的一级编制，镇内的部队构成，都在军机处的直接控制之下，军机处依照实际情况和各镇确定相应的部队编成，镇和官军的联系被弱化了，常备官军的中高军官皆由朝廷直接任命，提督、总兵行使指挥权，他麾下的参谋军务司、处一方面接受军机处参谋军务总署的命令，同时向总兵提出建议，供总兵官决策，另一方面对下属各师旅的参谋案予以领导，参谋体制代替了之前的监军，提督、总兵下达各种命令都需要参谋军务司、处的协助，这样就构成大明的指挥体制。
等到京营和亲军诸卫整编完成之后，就是对各镇和各都司的常备官军予以整编，朱载坖以明发上谕的形式昭告天下，六军以拱卫天子、守备京畿、征伐不臣蛮夷，同时发布隆庆官军新例，重新确定了从从九品到正一品的武散官作为军阶，还有就是各军阶的晋升条件。