这也是大明的传统了，在太祖时代，对于这些当年和太祖作对的地方割据势力，太祖尚且能够包容，如陈友谅的儿子陈理，明玉珍的儿子明升等，他们归降之后，被封为归德侯、归义侯，甚至在他们心怀怨望，被人告发之后，太祖皇帝也没有予以重处。
太祖皇帝降旨：“此童孺辈，言语小过，不足问，但恐为小人瞽惑，不能保始终，宜处之远方，则衅隙无自生，可始终保全矣。”将他们安置到朝鲜去，也让他们能够保全余生，已经是非常之不错了，放在赵宋，就他们这种心怀怨望的举动，一杯毒酒是免不了的。
基于此事，内阁认为还是要从宽的，毕竟陈理可以说是孩童，还是明升可是真的和大明对抗过的，而且可以说对太祖极为不恭敬，曾经遣使聘太祖女，使者自言其国东有瞿塘三峡之阻，北有剑阁栈道之险，古人谓一夫守之百人莫过，而西控成都，沃壤千里，财利富饶，实天府之国。
太祖笑曰：“蜀人不以修德保民为本，而恃山川之险，夸其富饶，此岂为国长久之道耶？然自用兵以来，商贾路绝，民疲财匮，乃独称富饶，岂自天而降耶？”
使者退，太祖对侍臣说：“吾平日为事只要务实，不尚浮伪，此人不能称述其主之善，而但夸其国险固，失奉使之职矣。吾尝遣使四方，戒其谨于言语，勿为夸大，恐贻笑于人。盖以诚示人，不事虚诞，如蜀使者之谬妄，当以为戒也。”
在明升归降之后，太祖对他也是不错的，之前本来要他按孟昶当年归降的仪制，但是太祖都予以免除了，太祖下旨道：“明升与孟昶不同，昶专治国政，所为奢纵；升年幼事由臣下，宜免其叩头伏地上表请罪之礼。”
所以首辅申时行说道：“陛下，其既国除归来，宜加宽待，以示仁慈，虽罪重不赦，亦不可杀戮，此太祖之深意也。”
但是蔡国珍等人显然不是这么认为的，他认为倭国这种情况和陈理、明升不同，陈理、明升只不过是心怀怨望，并没有实际行动，而倭王谋刺朝廷重臣，这是不仅心怀怨望，而且有了实际行动，这就不能再予以宽仁了，必须予以严惩，这点朱载坖也是认同的，如果他们只是暗中谋划的话，朱载坖是可以按照太祖的旧例予以宽大的，毕竟这样可以收远人之心。
但是他们谋刺成国公朱应桢的行为，显然已经突破了大明的底线，朱载坖认为必须加以严惩才行，大明法度不容挑衅，这点是很重要的，但是另一方面，申时行所言也是很重要的，倭王毕竟在倭国有一定的影响力，如果大明将其真的族诛灭族了的话，恐怕会在倭国境内引发动乱，这点也是不得不考虑的，所以朱载坖在和重臣们商量了之后还是做出了决定。
对于原倭王和相应的亲属，必须予以严惩，但是考虑到他们毕竟曾经是一国之君，还是要有相应的体面的，所以朱载坖命令止于狱内赐死，不市曹刑戮，算是保全了最后的体面，同时留一个男丁，以传承血脉，以示天恩仁恕，不绝其嗣之理，同时命令这个子嗣承袭倭奴都统使一职，以示天恩浩荡，而对于其他的人，则一律予以赐死。
除了此事之外，就是方逢时上疏的两件事情，第一就是奏请将安东都护府的驻地从京都转移到江户一事，兵部和军机处认为是应当的，主要是由于京都地处内地不便于和朝廷联系，而江户相对交通较好，朱载坖于是同意了方逢时的这个奏请，同时将京都改为绥化府，即绥远安化之意，同时命令将倭奴都统使司的地名中违制之处予以修改，京畿两字是不能够出现在这里的。
还有就是武田胜赖上疏请求赐姓一事，在大明对这些土司赐姓并不是一个很罕见的事情，如第一代恭顺伯吴允诚，蒙古名把都帖木儿，吴允诚家族为河西大族，居住在塔滩，起先出仕元朝，洪武二十三年来归明朝，被太祖安排居住在凉州的水草便利之地。后于永乐三年七月，率所部自塔滩归附大明，成祖朱棣汉名吴允诚，初授右军都督佥事，屡立战功，为成祖重用，封爵恭顺伯，永乐十五年，吴允诚卒于任上，谥忠壮。
还有就是郑和，原本姓马，后来也是被赐姓郑，所以赐姓一事在大明并不罕见，但是武田胜赖在这个时候向大明请求赐姓，其中的投效意味是很重的，同时方逢时也向朝廷奏明了武田胜赖为什么要请求大明赐姓，主要还是由于自己的地位并不稳固。
在武田信玄死后，武田家顿时陷入了混乱之中。虽然武田胜赖很快就当选为武田家家督，但是武田家的几名重臣都不愿意承认前者的地位。在他们看来，武田胜赖根本没有能力领导整个武田家，而武田家的旧家臣们也都不愿意听从武田胜赖的调遣，反而对家老们唯命是从。这就是使得武田胜赖比较头疼了。
因为原本武田家的继承人应当是武田义信，这也是武田家家臣们所公认的储君。但是在武田义信死后，一些家臣们便认为武田胜赖没有资格继承武田家家督之位，于是便与后者之间产生了矛盾。换句话说，武田家的家臣们将武田义信之死归咎在武田胜赖的身上，这才会导致武田家内部出现了君臣不和的现象。而武田胜赖对此采取的办法则是大力提拔自己的亲信，而这就更加激化了他和武田信玄旧臣们的矛盾。
在这种情况之下，武田胜赖想到的办法就是借重于大明，方逢时认为可以赐姓并且对武田胜赖加以支持，以收千金买骨之效，这点得到了内阁和部院重臣们的支持，扶持亲大明的地方势力也是大明一贯治理土司地区的办法。