在安东都护府命令下达之后，大部分的倭国大名都迅速向安东都护府表达了恭顺和忠诚，除了一小部分的和公卿的关系相对比较深厚的大名仍旧在扭捏之外，如北条氏、武田氏、上杉氏等大名都已经主动上疏，向大明输诚，同时武田胜赖甚至上表朱载坖，请求朱载坖赐姓，以表明他归身华夏的决心。
作为倭国中比较先投效大明的人，武田胜赖是很清楚自己的身份的，他也很清楚自己的地位，从和大明的亲近程度上来说，武田家是不如上杉和北条的，毕竟他们是率先归附的，而从实力和对大明的作用来说，武田的甲斐也处于一个很尴尬的地位，武田家综合实力其实与他的大名地位极不相称。武田信玄时代的强大，很大程度上有赖于甲斐的金矿，而武田信玄所取得的一系列胜利，事实上已使武田家的实力处于透支状态，对人口稀少的甲信来说，为胜利而损失的精壮劳动力是过于巨大的代价，对生产力的破坏更是无可挽回的损失。
武田信玄自己就说过：“人就是堤防，人就是城墙。”而武田家缺少的正是人。因此，在人口因战争锐减，生产力因之大受影响的情况下，甲州金矿的枯竭，无疑是致命的打击。而企图通过内向的积累来恢复国力，则就不是三五年就做的到的了。而武田胜赖自己很清楚，在没有金矿之后，武田家对于大明的用处就急剧下降了，大明经略倭国的主要动力就是金银，没有金银矿会使得武田家在大明中成为无足轻重的大名，再加上他自己的地位并非稳如泰山，这也使得武田胜赖比较头疼。
因为在一些甲斐的元老重臣眼中，武田胜赖并不是武田家的家督，而仅仅是武田家的家督监护人，类似于毛利兴元之子夭折前，毛利元就的地位。而胜武田赖显然是不满足于这种地位的，但他没有自立的可能，原因是武田二十四将没有一个是他自己的家臣。对四名臣等重臣来说，武田信玄的一纸遗言，比他胜赖的一百条命令都大。在这种情况下，胜赖信任迹部、长坂等近臣，也就完全符合情理了。这就导致了甲斐内部的斗争愈发激烈，而武田胜赖既无法压倒元老重臣，也无法再其中调和，所以他必须借重于大明，这样才能够更好的稳定自己的地位。
在这种情况之下，为了使得大明更加青睐自己，好保全自己的地位，同时扩充实力，武田胜赖决定彻底倒向大明，不仅仅上表求封、赐姓，极尽输诚之能事，还直接向安东都护府汇报倭国大名的动态。
方逢时则是在在处理善后事宜，将倭王等一干钦犯和抄没的家产等交给成国公朱应桢，押解回京师，同时接收原本倭国朝廷的土地，安排官军驻守，同时建立起大明在这些地方的行政、军事机构，还有就是调遣援军，朝廷所调发的援军已经开始陆续抵达倭国的，方逢时要和刘綎商量，将这些援兵调遣到倭国的要害地方，加以守卫，弹压地方，防止出现动乱。
而于此同时，方逢时还有一个很重要的任务，就是对于倭奴都统使司的土司安置，方逢时认为应该参考倭国原本的令制国，设立军民府等土司机构，任命这些地方势力为土官等土司官职，加强朝廷对于倭奴都统使司的管理，按照原本倭国的所谓律令制，整个倭国被划为五畿七道66州加上两个岛，一共是六十八国。
其实就是模仿的唐制，在律令制下，“五畿”指京畿区域内的5国，京畿之外的其他领土则仿中国唐制，共分七道。下辖共68国，并仿照唐360州，将国名简化为单字州，其中“五畿”为畿内五国:大和、摄津、河内、和泉、山城；“七道”指东海、东山、北陆、山阴、山阳、南海、西海七道。在五畿七道下置66个令制国外加壹岐、对马两岛。
令制国下设郡，郡下设里，其长官分别叫做国司、郡司、里长。这种以国、郡、里作为行政区划划分的制度在倭国历史上叫“国郡里制”。所以方逢时认为可以仍旧沿袭这个制度，将其和大明的土司制度结合起来，在倭奴都统使司下设七个宣慰司，即东海、东山、北陆、山阴、山阳、南海、西海七个宣慰司，虽然宣慰司的宣慰使也是土官，任用倭国的这些地方豪强担任，但是实施流官的管理，有安东都护府具奏朝廷予以任命。
而在各个宣慰司下，就是军民府、土州县等建制了，各个地方的大名，按照其所掌握的领土、人口和对大明的恭顺程度，分别授予土知府、土知州、土知县等官职，予以世袭，而原本倭国的所谓五畿还有原德川、丰臣等反叛大明领主，还有一些战略要地，矿产所在地，如石见银山等，由安东都护府直接领有管理，设立卫所或者是州县等加以控制。
方逢时拟定了详细的方案，上奏朝廷，而在京师，朱载坖也已经收到了倭国的相关奏疏，朱应桢押解着一干钦犯和抄没所得正在回到京师的路上，对于方逢时所采取的果断手段，朱载坖是很认可，虽然有人认为方逢时杀戮过重，但是朱载坖认为只要能够使得倭国大体上平稳，不出现大的叛乱，其他的事情没什么大碍。
除此之外当然就是押解回来的这些钦犯应该怎么处理了，朱载坖召集内阁、礼部和三法司官员商量此事，他们所犯的罪行是很清楚的，谋刺朝廷大臣，这是谋逆无疑了，关键是应该怎么处理他们，刑部尚书蔡国珍和大理院卿孙丕扬认为应当按照大明律族诛之，但是内阁和礼部显然有其他的看法。
申时行就认为，对于这种亡国之君，可以适当宽仁，以彰大明之仁。