对于这两个衙门，朱载坖也在和阁部重臣们甚至于科道、地方官员商量此事，吏部、户部、兵部、刑部都是属于分工和职责比较明确的专门衙署，但是礼部和工部所承担的职能就非常之繁杂了。以礼部为例，主要负责礼仪、外交、学政等相关事宜，还负责管理太常寺、鸿胪寺、四夷馆等相关的官署，所涉及的范围是非常之广泛的。
对于礼部和工部，朱载坖认为确实是应该要予以拆分，成立各种专门的官署对于这些衙门予以管理，这点是非常之重要的，朱载坖这次对于官制的改革主要目的就是为了因事设官，加强朝廷对于各种事务的管理，这是朱载坖希望达到的目的，这就必须要对大明的部院体制进行大规模的调整，以保证在朱载坖之后朝廷对于地方仍旧有足够的控制力，这点是非常之重要的。
所以改革部院体制是非常重要的，而这次朝廷所进行的官制改革，就是要打破原本的六部体制，其实大明的臣子们现在已经是很清楚原本的六部是无法处理朝廷这么的多事务，这点是非常之重要的，所以这次朱载坖推动的改革阻力并不大，虽然有一些官员仍旧认为祖制不能够轻易动摇，但是这次的改革已经是大势所趋了。
对于礼部的改革主要是以强化专业职能作为主要的抓手的，礼部原本的职能是礼仪、外交和学政，由于之前大明对于外交实际上是非常之不重视的，而且礼仪之前在大明相对受到重视，这并不是朱载坖所需要的礼部衙门，朱载坖认为礼仪、外交两者事务还是比较相近，仍旧留在礼部本衙当中，将礼部变更为主管礼仪外交的部门，而将负责学政的相关事务从礼部拿出来，成立单独的一个部门，专门管理教育事务。
但是在具体的办法上，朱载坖和重臣们想法是不一样的，朱载坖认为要打破六部体制，但是重臣们对于打破六部还是心存疑虑的，毕竟之前的改革所单独设立的部门一般都是总署和院、监等衙门，也就是仍旧维持了六部的体制，但是朱载坖这次要单独成立一部来管理教育事务，这就会打破六部体制，这使得一些重臣还是有顾虑的。
朱载坖认为不破不立，六部现在无法适应大明的管理，应该改就要改，尤其是文教这么重要的事务，朱载坖肯定是要重视的，朱载坖决定在原来学政总署的基础上成立学部，专门负责教育、考试等事务，原各省直的提督学政也改为提学使司，加强朝廷对于教育和考试的管理，在学部下设学政、考试等专署，负责管理大明的学校建设和考试祖制，不仅仅是科举，还是各种资格考试，机械、算学等专门人才的培养等也一样有学部负责，自朝廷到地方省府州县，都要建立相关的衙门，加强对于教育的管理。
同时开办师范学堂，为朝廷培养教师，不仅仅要懂经义，对于算学、物理等也要予以教授，才能够保证大明的人才培养。
而对于礼部本衙，则主要负责外交礼仪等事务，但是也存在一个问题，按照朱载坖的所规定的朝廷官署品级，部院同为正二品衙门，是平级机构，而总署是从二品衙门，也就是是部院可以领导总署，但是不能由部领院或者由院领部，这是违背朝廷制度的，这也就意味着按照现在的制度，礼部和理藩院是两个平行单位，同样都是正二品，如果不加以改变的话，礼部是无法领导理藩院的。
就这个问题，朱载坖和礼部以及相关的官员们进行了多次讨论，对于理藩院的事情，朱载坖认为还是应该划归礼部统一管理，这样才能够保证朝廷的衙署不过多，朱载坖而很清楚，还是要控制朝廷衙署的数量，不能够使得朝廷的官署数目过多，这样一样会使得朝廷的行政效率低下。
对于礼部，由于其下属的官署非常之多，所以要进行统编兼并，减少朝廷的官署总数量，朱载坖决定在礼部下设立两大总署，将原本的理藩院降级为理藩总署，同时成立外务总署，将原本具备外交职能的各个衙门如鸿胪寺、四夷馆、同文馆等衙署，全部收归外务总署管理，以左右侍郎分别领导外务总署和理藩总署，同时将太常等等衙门也收归礼部直接管理，负责礼仪、祭祀等活动。
而对于工部，也是一样的办法，但是工部的情况又有所不同，之前在朝廷六部之中，工部的地位确实是不高的，因为现在是有非常鲜明的身份鄙视链的。商人和工匠的身份地位是最低的，农民都要比工匠的地位高。高高在上的士大夫们，觉得工部的人就是一群无趣的“工匠”，自然瞧不上他们。
但是实际上工部确实是实实在在既有油水又需要技术的部门，尤其是朱载坖即位以来，虽然停止了从世宗朝开始的大规模宫廷营建，但是对于地方营建的规模远远比世宗朝大多了，虽然在大明都是很少见的，修整直道，大规模的加固地方，进行城市建设等，工部在其中所发挥的作用是很大的，同时工部还负有管理朝廷官营工程的职能，这就使得现在工部的事务和礼部一样繁杂。
朱载坖命令内阁将工部的相关执掌条陈来，除了经营兴造之众务，凡城池之修浚，土木之缮葺，工匠之程式，天下虞衡、山泽之事，而辨其时禁，天下川渎、陂池之政令，以导达沟洫，堰决河渠等事务之外，还有交通、工场、矿冶等事务，这些都是极为重要的。
朱载坖在和阁部重臣们一一分析了之后，将工部的主要执掌分为三部分，第一就是传统的工程营建，不管是对于交通还是城池等的工程营建组织和管理，第二就是各种官营手工业的管理，对于各个铁厂等重要的官营厂矿的管理，第三就是对于民间矿冶的勘探和管理。