对于王国光所提出这些事情，朱载坖认为确实是非常之重要的，财政权力是朝廷的重要权力之一，也是朝廷用以限制地方势力的重要手段之一，绝对不能轻易的予以变更，不管是海关关税还是盐政等事项，必须牢牢掌握在朝廷手中，这点是极为重要的，朱载坖对于此事也是极为认同的，财政大权必须在朝廷的掌握之中，不能够随意下放，这样会导致地方的势力做大，对于朝廷来说绝非什么好事，这点朱载坖还是很清楚的。
所以在这个问题上朱载坖和整个朝廷态度是一致的，就是这些赋税收入必须是朝廷来负责的，不准地方染指，地方缺乏钱粮，可以向户部申请，在预算之中列支，经过朝廷审批之后由朝廷拨给这点是非常之重要的。
对于这三大衙门的改革问题，朱载坖也听取了重臣们意见，重臣们认为，对于这些衙门，也要进行改革，首先就是对于海关衙门，将海关总署的管理范围扩大，改称海关互市总署，不仅仅是海关还要和蒙古、西番、乌斯藏等的互市贸易，都一道予以管理，设关征税，加强朝廷的管理，同时由于海关互市总署的地位极重，虽然是总署也就是相当于寺的地位，但是应当特旨以户部尚书衔兼任，这样就是事实向将海关互市总署成为一个独立的衙门。
同时对于盐政和税务总署，也要予以相应的改革，之前朱载坖原本打算将总理盐政划入税务总署一道进行管理，但是后来发现这两项事务还是很大的不同的，盐政当然对于赋税是有很大的作用，但是盐政的目的不仅仅是为了榷税，所以将总理盐政衙门并入税务总署是不正确的。
但是对于总理盐政，也要予以改革，将总理盐政衙门改为榷征总署，管理范围也予以扩大，不仅仅是盐政，而是朝廷的所有禁榷、专营物资，如盐、茶、糖、粮食、硝石、硫磺等，都要予以管理，并且向这些赋税解运京师处理，加强朝廷对于这些禁榷物资的管理。
而接下来就是一个比较痛苦的事情，税务总署应该怎么管理，作为大明负责钞关、工商赋税等赋税征收的衙门，权力肯定是极重的，关键的问题是，税务总署所征收的赋税是进行分配的，也就是由地方和朝廷分配，地方是能够从中获取一部分赋税的，当然，这样做也是比较合理的，毕竟这些赋税就是从所在地方征收的，如果一分都不给地方官府，显然是说不过去的，而且现在地方官府所担负的任务还是非常之重的，仅仅依靠田赋，确实是很难维持地方官府的运转，这点朱载坖也是很清楚的。
所以税务总署所涉及的利益是极大的，要想税务总署，必须十分之谨慎，这点朱载坖是很清楚的，对于朝廷的地方官府之间的分税，朱载坖认为暂时没有变动的必要，朝廷的主要目的是为了调整官制，不是为了解决朝廷的地方官府之间的各种矛盾的。
但是另外一个问题就是税务总署的地位和归属问题，税务之重对于朝廷度支来说是极为重要的，所以大家都很清楚税务总署的地位，和海关互市总署一样，对于朝廷的财政是极为重要的，所以一些重臣们认为也要加尚书衔，以便和地方的督抚们讨价还价。
但是户部尚书王国光认为不必如此，还是照旧直接由户部领导税务总署，至于和地方督抚的事情，由户部直接和他们打交道就行了，这点不必由税务总署负责，朱载坖也深以为然，当然王国光的这个看法也不是没有私心的，之前朱载坖就已经将仓场、司农寺、海关等衙署升格之后从户部独立了出去，如果不能将榷征和税务留在户部本衙内，户部尚书的财政权力就要受到很大的削弱了，同时这些实务衙署也确实是应该有户部直接掌握，便于稽核账目、催征等事项，海关主要是由于拥有水师和涉外的原因，才被朱载坖给独立了出来。
朱载坖同意了王国光的看法，命令内阁和相关的部院制定具体的实施方案，从朝廷到地方官府，将各级财政制度建立起来，并且正常予以运转。
而在处理了户部和刑部两个衙门之后，吏部和兵部不需要大的改动，主要是针对各自的职权予以变动，真正比较麻烦的是礼部和工部，这个两个部门都是所负责的事务十分之庞杂，解决起来非常之麻烦的部门。
礼部的职权范围非常之广泛，掌铸造皇帝宝印及内外官员印信。会同四夷馆，掌接待各藩属、外国贡使及翻译等事。还有廷坛庙、陵寝之礼乐及制造典守事宜，并掌修明礼乐、更定章制以及学政等事项，主管朝廷中的礼仪、祭祀、宴餐、学校、科举和外事活动。
按照会典，礼部掌吉、嘉、军、宾、凶五礼之用；管理全国学校事务及科举考试及藩属和外国之往来事。其下有仪制清吏司，掌嘉礼、军礼及管理学务、科举考试事；祠祭清吏司，掌吉礼、凶礼事务；主客清吏司，掌宾礼及接待外宾事务；精膳清吏司，掌筵飨廪饩牲牢事务。
而工部也是如此，负责营造工程、水利、屯田、工匠管理等事项，职掌土木兴建之制，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寝供亿之典。凡全国之土木、水利工程，机器制造工程包括军器、军火、军用器物等，矿冶、纺织等官办工业无不综理，其下有：营缮清吏司，掌宫室官衙营造修缮；虞衡清吏司，掌制造、收发各种官用器物，主管度量衡及铸钱；都水清吏司，掌估销工程费用，主管制造诏册、官书等事；屯田清吏司，掌陵寝修缮及核销费用，支领物料及部分税收。
对于这两个部门，确实要分门别类的先将他们各自的职掌弄清楚，然后再予以改革。