度支与审计构成了户部的两大主要职能，就是对于财政的计划与审核，但是之前户部还是有一些业务部门的，如海关、盐政、税务这三大总署，他们也是朝廷赋税的主要来源，地位非常之重要，对于这三大总署的管辖问题，也在朝廷之中引起了极大的关注，这三大总署都是实权极重，而且对于朝廷的财政和民生干系极大的衙门，同时也是和地方关系很深厚的衙门，对于他们的归属问题，不仅仅是在朝廷内部，甚至是在朝廷和地方之间都有所争论。
首先就是海关总署，在兵部、刑部和户部之间引发很大的争论，现在海关关税是朝廷收入的重要来源，海关总署的地位自然是不言而喻的了，但是海关总署的管辖问题现在朝廷也确实是争论不休，从职能上来说，海关总署是负责海关关税的征收，自然是应当由户部进行管理的。
但是兵部认为，海关麾下有规模不小的缉私水师，这些水师一样是官军的组成部分，兵部也应当予以管理，持有同样想法的还有刑部，毕竟海关总署所负责的打击走私的职能是和刑部有关的，所以刑部认为对于海关总署也有部分的管辖权，同时一些地方督抚，尤其是沿海各省份的地方督抚也上疏认为，海关关税全部解运朝廷，似乎是有些不妥的，这样就导致朝廷的财权过于集中，地方困顿，财政困难，所以他们请求从海关关税收入中分给所在地方一部分。
对于这些问题，朱载坖决定在西苑召集相关的重臣们予以讨论此事，对于朱载坖和重臣们来说，首先要解决的自然就是地方想要分拨海关关税一事，这点遭到了所有的重臣一致反对，他们都认为海关关税是朝廷度支的重要来源，一丝一毫都要解运京师，或者由朝廷分配，断然不能由地方染指，地方缺钱，可以奏请朝廷予以拨给，但是直接分海关关税，绝不可行。
这点朱载坖也是认同，在之前大明的财政观念是所谓出入有常，支放有节，追求动有额支，解有额拨，实际上就是一众静态财政观念，朝廷希望财政的收入、支放都有一定的年度定额，并在户部的完全掌控下运作。但是这么多年，在朱载坖的操作之下，大明臣子们也都明白了，财政这个东西是具有很大的不确定性的。
虽然朝廷想要做到的是以收定支 、量入为出，将收入 、支出视为一种积久不变的定量 。也就是所谓的：“各项作何收支 ，某项作何销算 ，不容游移于定额之中。”但是实际的操作中是很难执行的，在之前朝廷财政中，田赋是很重要的，同时也是相对比较好估算的，只要没有大的灾荒，田赋的数额是很好计算的。
户部主意是通过冬估来完成财政的预算的，户部在冬季对各省来年收支的预估，与“春拨”和“秋拨”共同构成年度财政计划?。是指各省布政使司在汇总本省赋税收入后，除按预先算好 (即冬估 ) 并经户部核准的数额 留下本省开支所需钱粮即留存钱粮之外，其余均需按规定上解户部或协济财政收入不足的邻近省份 ，留作本省支用的叫存留，解运部分叫起运 ，其中上解户部的叫京铜 ，解运它省的叫协铜 。
起运 、存留的比例 ，视各省的肥膺情况 以定。而对于海关而言，关税的报解并不经布政使司之手，而是由海关市舶使来完成。除户部奏准酌留之外 ，原则上关税并没有起运 、存留的规 定，而是年清年款 ，即扣除当年海关的用度 以外 ，余款全部从关库解出，解运到京师由朝廷支配。
对于设有海关的地方来说，他们当然是想要从中分一杯羹的，但是这样做会极大的破坏朝廷的财政制度，影响朝廷的财政拨解，这是不能容忍的事情，户部尚书王国光直接指出其中的弊端，一旦地方介入了海关关税的拨解之中，在朝廷出现财政危机，要求增加海关的拨解的时候，恐怕就没有那么容易的，首先就是地方官府从地方本位出发 ，对朝廷的指拨压力 ，试图加以缓解 ，其中，既有海关陷入财政困境企图自拔的因素，也有地方政府借助于海关财源专顾本位的意味。
王国光随意指出几种方式，如抵拨，即本省关有上解中央之款 ，而 中央又有下拨地方之款 ，两相抵除，免于款项 的互相解运 。这种方法，看似对中央、海关利益均无损失，但是实际上使得朝廷丧失了对于海关关税的拨解之权，这点是极为重要的，使得海关关税地方化，这是朝廷所不能容忍的。
除此之外，还有免拨、缓拨甚至于直接截留海关税款，这些对于朝廷的财政权力都是极为大的侵夺，其中最可怕的就是截留了，海关税只有户部或户部授权才能动拨，外省不能自行动用或截留，是为定例 。但是一旦地方能够染指关税的拨解之后，地方督抚们就可以借口需款紧急，在事先不奏报朝廷的情况下，私自动用或截留关税，先提后奏甚至提而不奏，为地方军政所用。
这样做的后果是极为可怕的，不仅仅使得朝廷的财政枯竭，更加使得地方势力做大，这点是朱载坖所绝对不能容忍的，因为督抚们肯定是希望他们所能够支配的钱粮越来越多的，而且一旦这些截留的风气形成之后，就必将积习难改，这点是朱载坖很清楚的，对于地方的各种情况，地方督抚们都加以利用和夸大，作为对抗朝廷指拨或截留税款或延不解交的借口，导致朝廷与海关所在省份的财政纠葛。
而且关税分配的苦乐不均，也激发了各省之间在沾润税款方面的利益矛盾。所以关税必须全额都朝廷所掌握，一分一厘都绝对不能由地方动支。