而朱载坖关心，不仅仅是治河，还要利用黄河发展水利，因为对于河南来说，不仅仅是水灾对朝廷和百姓造成了重大的损失，旱灾同样也是始终威胁河南等地百姓的重要灾害之一，所以怎么样利用黄河，兴修更多的水利设施，以保证河南在面临大旱的时候能够有足够的办法应对旱灾。
其实之前大明就利用黄河修筑了一些水利工程，弘治六年，河南巡抚接受建议，派朱暄修筑济源黄河，随宜宣通 ，置闸启闭，由是田得灌溉 。还有沁河等水利工程，使得济 、河 、温 、武 四邑民田数千顷得到灌溉，朱载坖认为应当加强河南的水利工程建设，除了防范水灾之外，更重要的是防范旱灾，利用黄河水扩大灌溉面积，同时清掏、疏浚黄河，避免黄河进一步加高。
而在上游，也要推广种树和煤炭的使用，减少黄河的泥沙含量，防止淤塞，在陕甘等省份，水利工程就更加重要的，原本关中平原也是重要的产粮区，秦汉、唐都在此地修建了大量的水利工程，但是现在都逐渐荒废了，尤其是自秦在关中兴修郑国渠，西汉兴修白渠、成国渠、龙首渠、 韦渠等以来，关中更有了膏壤沃野之称，大明开国的时候，也曾经在关中大修水利工程。
大明初年主要是进行了引径广惠渠与引渭通济渠的整治与兴修，而后又进行了泾渠的修整，朝廷征发了引泾灌区内的醴泉、泾阳、三原、高陵、临潼、 富平六县人民参与其中。渠段的大部分是仍旧迹疏通之。而原渠口位置则因泾河向下切蚀使河床低深，渠口相对显得高仰而难以进水，成为影响洪渠人水量严重不足的主要制约因素。这次更上移渠口，然渠口上移则要穿凿大、小二龙山。二龙山的石质非常坚硬，故在工程进行中，每遇刚顽之石，则聚火熔砾而穿窦，工程艰巨异常，也极耗费工时。最终前后十七年才得以完工。改名为广惠渠，凡溉泾阳、三原等六县田八千三百余顷。
不过相比于汉唐，大明在关中地区的水利投入确实是很不足的，因为大明的统治中心不在关中，也西北有相对比较贫瘠，地方官府要想兴修水利，基本上是处于有心无力的状态，再加上后来边患加剧，地方应对转运尚且为难，哪里还有闲心来搞水利工程了，而对于朝廷来说，从弘治以后，朝廷的财政状况就一落千丈，再加上军费开支浩大，朝廷更不可能出钱来支持关中的水利建设，这就使得不但没有新建水利设施，更是使得维护原有的水利设施就难以为继的。
这点朱载坖是很清楚的，不过之前的旱灾使得朱载坖认为此事必须要提上日程了，朱载坖当即命令工部、都水监和地方官府，首先查看当年汉唐的水利工程，有哪些堪用并且能够修复的，立即组织人手予以修复，所需要的钱粮由朝廷调拨，同时也要勘察新的水利工程，尤其是在西安府附近，关中的中部和东部地区均属西安府辖境，此区平原更加平坦开阔，自然地理条件更优于其西部地区，故在水利建设方面要得到重视。
除了这些朝廷组织兴修的水利工程之外，还有百姓自发组织的水利工程，主要是所谓的井灌，也就是打井灌溉，井灌是穿凿汲取地下水的一种灌溉方式，主要出现于引用河流、泉源等地表水所不及的地方。故井灌是地表水引灌的重要补充，现在在渭南、富平等地已经比较流行了，渭南县城东关的北崖下有多处泉水，当地居民引资灌溉，同时当地居民又利用崖下地地下水较浅的条件，凿井灌溉，打井一丈就可以取水了，朱载坖命令州县也要组织打井，提高百姓抵御旱灾的能力。
除了关中之外，在河西等地区一样要新修水利工程，重点是甘肃等地，之前杨博巡抚甘肃的时候，大兴屯田与水利，修筑肃州榆树泉水及甘州大芦泉等多处，开凿龙首渠等诸渠，成效是不错的，杨博曾经上疏朝廷称：“河西事且大者，莫过于屯田一事。遂即案行守、巡、兵、备四道，各将境内荒芜田地，通行查出，或上下水利不通，应该挑浚；或人力牛种不敷，应该处给；或从来抛荒未种，应该开垦。”
朝廷现在要经略西域，日后要经略青藏，河西、陇右都是极为重要的地方，如果全靠外地转运粮秣，根本无法持久，所以在当地屯田，增加军储，就是非常之重要的事情了，所以朱载坖决定循杨博当年的旧例，继续在河西地区兴修水利，在杨博巡抚甘肃之前，河西地区至少约有七分之一的渠道因年久失修而淤废。因此，嘉靖之前因淤塞渠坝长期得不到维护和疏通，河西地区水利衰败的情况可见一斑。
杨博在任上共计修浚旧渠道 20 处，渠道修浚主要集中在黑河流域的甘州五卫、山丹卫等卫所。其中，甘州左卫修浚了 6 处旧渠道，全都位于卫城城南。甘州右卫共疏通旧渠道 5 处，大多位于城东。甘州中卫仅疏浚了 1 处旧渠道。甘州前卫疏浚了 2 处旧渠道，均在卫城城西。山丹卫疏浚了 5 处旧渠道，全都位于城南。甘州地区的黑河上游成为杨博水利建设的重点地区。杨博当年的办法，使得十万亩的屯田得到了疏浚。
朱载坖命令按照杨博的办法，继续疏浚当年汉唐的旧渠道，如果无法疏浚的，就要另建新渠，保障朝廷屯田和百姓土地的灌溉，进而保障朝廷军储和备荒仓储的供应，所需要的钱粮有内帑支出，同时要严厉惩治当地的豪强和卫所中的贪墨军官，因为河西地区的屯田非常依赖灌溉水源，占据水源亦能侵夺屯田。地方官豪既然侵占军屯土地，那么定然会恣意侵占灌溉水源，或者拦阻渠道，截取水源。对于这些行为，朱载坖下令严惩。