朱载坖很清楚，提督大计这个职务，一般人是干不来的，朝廷需要通过大计要淘汰一批官员，而朱载坖还需要同时防止党争，这点也是很重要的，朱载坖和太子召见了劳堪和阁部重臣，对于这次的大计予以详细的讨论，除了和往常一样，通过大计对于一些贪墨和能力不足的官吏予以裁汰之外，还有将那些不安于位的官员也与调整，朝廷需要的是实心用事，而不是虚言塞责的官员，这点朱载坖还是很清楚的。
朱载坖要求除非这些之外，还要考察这些官员都是地方官员对于朝廷大政方针的执行力度，对于那些和地方势力相勾结，甚至公然对于朝廷大政方针予以抵制的官员们，要严厉处分，通过大计将其裁汰，朱载坖要加强朝廷的权威，在朱载坖之前的执政中，一直的导向就是加强朝廷对于地方的控制，主要是通过加强地方官府的力量来完成的。
而现在地方官府无论是力量还是官吏人员来说都比之前强多了，地方官府对于地方的控制能力有了很大的提升，但是同时，随着地方官府力量的强大，也形成了新的地方势力，原本的地方势力主要是由地方的所谓士绅们所构成的，但是在被朱载坖严厉打击之后，现在的地方士绅已经没有胆量和朝廷叫板了。
现在能够和朝廷叫板的主要是地方官府，围绕的赋税分配和道路、水利设施等的兴建问题，地方官府和朝廷的角力是很厉害的，地方官府总想着扩大自己的权力，尤其是财权，这在南方是很明显的，但是这点遭到了朝廷的坚决打击，朱载坖是决不容忍地方势力做大的，所以朱载坖要对于一些不能贯彻朝廷大政方针的地方官员予以调整，同时加强朝廷的权威，这点是毋庸置疑的。
朱载坖命令太子直接负责此事，所以大计的官员黜陟，先报太子批阅之后由朱载坖批准实施即可，然后就是行政区划的调整，主要就是南直的问题，之前朝廷已经将湖广予以拆分了，现在的湖广升格为总督区，下设湖南巡抚驻节长沙府，湖北巡抚驻节武昌府。
同样的方法也被朱载坖用在对于南直的拆分上，对于朝廷来说，南直隶确实是过于广大得了，所以之前朱载坖设立了苏松巡抚驻节苏州府，负责管理应天府、镇江府、常州府、苏州府、松江府、扬州府、淮安府和直隶通州，还设立了凤阳巡抚驻节凤阳，管理南直隶的其他的州府，但是从实践的效果来说，对于南直隶的析分没有对于对于湖广的拆分效果那么好，原因也是很多方面的。
首先一个重要的原因就是应天府和南六部的掣肘，其实对于凤阳巡抚来说，还是能够正常履职的，朝廷设立凤阳巡抚之后，对于江北的这些州府的管理还是得以加强，主要是苏松巡抚的问题，首先就是虽然朝廷规定应天巡抚负责管理应天府，但是在实际的操作中，苏松巡抚是很难管理应天府的，因为应天府毕竟是大明留都，就和直隶总督照例不干涉顺天府的事情是一样的，这其实是大明的一众潜规则。
这点朱载坖其实是很清楚的，但是苏松巡抚最大的问题就是受到南六部的掣肘，原本按照朝廷的行政管理体制，苏松巡抚的上级是南直总督，而南直总督则是对督师南京大学士负责，但是这里面有一个很尴尬的问题，就是督师南京大学士和南京六部并没有直接的隶属关系，南京六部虽然权力不大，但是对于南直隶辖区内的一些钱粮、刑名等事务还是有一定的权力的。
还有就是南京兵部，作为朝廷配置在留都的兵防机关，南京兵部和南京中军都督府等衙门构成了南直隶兵防的指挥机关，在这点上，督师南京大学士虽然作为朝廷钦差，以大学士之尊督师南京，对于南方诸省的兵防、钱粮事务统管，但是在南直隶兵防的问题上，南京兵部和南京中军都督府的权力显然是更重的。
同时苏松等地的钱谷、刑名事务也非常之繁杂，苏松巡抚既要对于总督、督师负责，同时南六部也经常插手苏松的事务，主要是南京户部和南京兵部，他们在职责上确实是可以干预苏松巡抚的行政。
南京户部最重要的职责就是负责征收南直隶及附近浙江、江西、湖广各省的赋税，除一部分留作自支外，另一部分则输送京师。可以说，南京户部掌握了全国的财赋命脉，可见它在全国经济运营中的重要作用。南京户部的另一重要职责是管理和收藏全国黄册。所谓黄册，即赋役黄册，记载天下人口的户籍、里甲、赋役等情况，册面黄纸，因此称为黄册。黄册每十年更定一次，并收藏于南京后湖，由南京户部保管和统计。
而南京兵部则负责南直隶的兵防，南京兵部最重要的职权是军事职权，主要负责南京及附近地区的兵防守备。南京兵部的行政职权，指的是会同南京中军都督府一道行使对于南京及南直卫所军官的考核、任用、裁撤，以及负责南京地区的武学和武举等。南京兵部的后勤保障职权，主要指的是管理南京及南直隶的官船、官马、驿站等。
南京六部在行使职权的时候或多或少的会和苏松巡抚打交道，再加上南京和苏松地理上的相近，所以南京六部对于苏松的治理形成了掣肘，这点也确实是一个大问题，朱载坖准备在这次大计中也要解决这个问题，对于南京六部的职权予以明确，作为朝廷安排在留都得一套行政机构，南六部确实有存在的必要，但是南六部的一些职权应当予以明确，不能够因为南六部影响到了朝廷的行政，同时对于苏松等经济发达地区，也要采取不同的管理办法了。