对于李成梁的能力，朱载坖还是信任的，作为大明现在擅用骑兵的名将，朱载坖对于李成梁还是比较信任的，不过朱载坖还是给李成梁搭配了副将，朱载坖任命了原山西镇总兵麻贵为征西副将军，协助李成梁征讨西域，麻贵的麻家也是累世将门，其父麻禄就以武功成名，在嘉靖朝也是屡立战功，再加上麻家久在西北，对于当地的情况更加熟悉，所以朱载坖任命了麻贵为副将，也是锻炼麻贵的能力，培养大明的下一代将领们，朱载坖才从国子武学中挑选骑兵科的学员，到前线观摩。
李成梁在奏疏中也详细向朱载坖的陈述了自己的方略，西域虽然广大，但是适合放牧的草场却不多，主要就是分布在天山的山间谷地、乌伦古河河谷、额尔齐斯河谷、准噶尔盆地和准噶尔盆地西部山区的山间谷地。还有就是沿河的绿洲，其中最大的一片草场也就是伊犁附近的河谷等处了，李成梁认为克服西域的重点就是要将这些能够放牧的地方予以控制，重点就是控制这些有水源的地方，官军的作战要点也是先控制这些水源点，才能够筑城戍卫，保证朝廷对于西域的控制。
李成梁认为对于西域，主要是要控制重要的河流和山脉，才能够起到真正控制西域的作用，这点朱载坖还是很清楚的，朱载坖放手让李成梁组织战役的实施，朱载坖主要负责保障官军的后勤，转运粮秣弹药等物资。
朱载坖在西苑中处理各种政务，而在太子的主持下，朝廷按照已经公布的工商赋税则例开始实施工商赋税的征收，之前税务总署就已经在对于各种内设机构和相关的衙门进行调整，同时和地方官府一道确定征收赋税的办法，尽管税务总署将大量的课税司局等从地方接管而来，同时在各布政使司都设立了税务总署分司以负责本省税务的税务分司。
但是在实际的执行过程当中，赋税的征收是一件非常琐碎的事情，除了这些官员之外，还需要大量的专门人才，同时要从这些富商大贾的身上征收赋税，并不是一件容易的事情，这点朱载坖之前就已经想到了，但是在实际的执行过程中，仍旧出现了各种的舞弊现象，富商大贾们凭借自己在当地的关系，逃避赋税，但是税务分司本身并没有什么武装力量，对付这些富户主要是依靠地方州县的巡检司和地方官府，但是地方官府对于这些事情肯定是不怎么认真的。
因为这些人在当地肯定是有些能量的，而且这是帮税务总署干活，好处是人家税务总署的，但是坏事可是自己来干的，地方州县对于这些事情自然是能够拖延就拖延，再加上这个富户贿赂州县官员，使得州县官员对于这些事情是极为懈怠了，他们虽然不敢正面对抗朝廷的大政方针，但是他们采取的是软对抗的办法，对抗朝廷征收的工商赋税，这点朱载坖还是很清楚的。
朱载坖对于此事并没有立即作出反应，朱载坖既然已经将庶务交给了太子处理，这些事情就要让太子来处理，看看朱翊釴处理这些事情的能力，各税务分司的奏报上来之后，内阁、户部也作出了相应的反应，内阁、户部、刑部、等相关的部院也命令地方官府要严格赋税征收，各提刑按察使司和地方府州县要配合税务分司，对于抗税或者是偷逃税款的，要予以严厉惩处。
朱翊釴也下达太子令旨，要求各巡按御史要督促地方府州县加强对于抗税以及偷逃税款的惩处，加大赋税征缴的力度，在朝廷的严令之下，赋税的征缴还是有了一些好转，这次征收工商赋税，表现最好的还是苏松等地区，苏松的商贾们基本上能够按照朝廷虽制定的则例缴纳赋税，虽然也有偷逃的行为，但是总体上上还是不多的，反而是闽浙、两广等地的商人，抗税的想法很多，尤其是两广商人，据两广总督李化龙奏报，两广的商人们对于朝廷征收工商赋税，是比较反感的，虽然他也已经严令地方官府要配合税务分司征收赋税。
但是效果并不好的，两广、福建等地，地方宗族势力比较强大，朝廷的官府相对弱势，在很多时候朝廷官府是需要和地方上大家族相互合作的，所以抗税的情形在这些地方是相对比较严重的，这点朱载坖也是很清楚的，但是朱载坖仍旧让太子领导朝廷想办法解决这些事情。
首辅张四维认为，根本问题还是要解决地方官府配合税务总署的问题，现在地方官府怠于配合税务总署对于这些抗税的富户予以打击，所以张四维呈上题本，请求朱翊釴批准将工商赋税的征缴情况列入地方官员的考成之中，敕令吏部对于配合税务总署征缴工商赋税或者是打击偷税抗税不力的地方官员，降低他们的考成等次，不予升迁，甚至要予以各种处分。
朱翊釴请示朱载坖之后同意了内给的建议，命令吏部尚书宋纁制定相关的奖惩条例，以规范朝廷的工商赋税征缴，同时刑部和提督巡检衙门，命令地方各提刑按察使司要督促州县，及时处理有关涉税的案件，同时对于涉及暴力抗税或者是金额巨大的，由税务分司直接移送提刑按察使司处理，一定要严惩这些抗税或者是偷逃赋税的富户和工场主。
在朱翊釴的领导之下，朝廷开始处理这些抗税和偷逃税款的人，对于这些人朝廷自然是要严厉处理的，但是朱载坖对于这些措施却没有这么看好，但是朱载坖并没有说出来，而是密召户部尚书王国光，还有庞尚鹏、杨俊民、沈季文等人，商量应该怎么处理这些情况。
朱载坖首先是要了解各种偷税漏税和抗税的情况，才能够为朝廷的决策提供的依据。