想到此处，朱载坖召见了文思院使朱载堉和副使程大位，对于文思院的工作，朱载坖自然还是非常之满意的，但是朱载坖也提出了自己的一个看法，就是文思院很多的是一个研发机构，利用大明现在所发现的各种现象和经验，进行总结之后将其应用到实践中来的部门。
但是理论呢？大明应该有一个负责研究各种理论的机构，招募天下的奇才异士，负责研究各种理论，将何种现象变成科学原理，而文思院则是负责利用这些科学原理，制造各种机械、设备，使之实用的部门。
朱载堉听后说道：“陛下所言，是道与术的关系了。”
朱载坖点头说道：“诚然也，术固然重要，但是道亦是根本。”朱载坖认为对于各种理论，也要加以重视，否则话的，重术轻道，未来大明将会落后于人的，这不是大明所希望看见的，之前这些传教士所带来的有关西洋的知识，确实在大明引起了一些讨论，比如传教士们将地圆说和世界五大洲观点传入大明。五大洲说、地圆说、五带说等内容极大的冲击了大明传统思维，天圆地方的说法也越来越被质疑了。
随着大明接受的这些西洋思想并且加以印证，发现大明原有的如天圆地方的想法确实是有错误的，而且是可以证明的，如越往北走，北极星越高；越往南走，北极星越低，且可以看到一些在北方看不到的新的星星。
而且随着大明越来越多的接触海洋，很多人也认为地圆说可以解释之前很多不能解释的问题，如果地面是平的，则可以在航行中一直看到远处的岛屿或陆地，然而似乎在航行的过程中，岸边陆地或岛屿总是掉入海里或从海里出来，且四面八方各个角度都是如此。
这些都说明西洋并不是一无是处，在某些方面，西洋确实比大明探索的更远了，朱载坖认为时不我待，大明必须也要成立相关的机构，负责这些最基础的科学的探索，朱载坖很清楚，这种所谓的探索也许十之八九都是徒劳无功的，但是很多时候这些最基础的原理能够解释很多的现象，进而推动大明整体的发展。
面对朱载坖的这个想法，朱载堉一时之间有些无法回答，应该研究什么，应该找哪些人来，这些事情都不是一时半会儿能够决定的，朱载坖当然也不会要求朱载堉现在就向朱载坖提出完整的方案来，只是让朱载堉去思考应该怎么去组织，陈大位也可以协助朱载堉，不管是通过密疏还是直接面陈，都可以随时向朱载坖汇报他们的想法，反正朱载坖的要求就是要成立一个真正研究道的部门，不是那种虚无缥缈的道，而是事务的道，比如一匹马有多大力量，为什么铁矿石能够变成铁，不是搞哲学，而是真正的原理问题解决了，只有将这个原理问题解决了，大明才能够持续的发展。
但是现在文思院的工作也不能够停止，对于朝廷来说，现在最重要的就是将蒸汽机予以实用化，不过蒸汽机要能够实用，也需要大量的算学和其他学科的参与，所以还是要对于这些予以研究，原本的以经验为主的办法已经是不实用了。
朱载坖在西苑内并没有消停下来，不过无丝竹之乱耳，无案牍之劳形，对于朱载坖来说确实是很舒服的，朱载坖现在要批阅的奏疏数量已经是很少了，对于朱载坖来说自然是精力做其他的事情了，朱载坖也召见了这些传教士们，他们帮助朱载坖翻译了大量的西洋文献，对于大明还是有很大的作用的，朱载坖也兑现了承诺，在京师为他们建了一座教堂，不过这些传教士们发现，在大明传教实在是太困难了，因为读书人要科举，根本没有空搭理他们，而一般的百姓也对这些不敢兴趣，而朱载坖也在明里暗里对他们加以防范，使得他们的传教工作是很难开展的。
不过在其他方面，朱载坖对于他们还是很优待的，不仅仅是给他们优厚的待遇，同时还给他们封官加赏，这些传教士们也愿意在大明工作，同时介绍了大量的工匠和有一技之长的人到了大明，对于大明来说使得很多之前不会的技术都有了突破，最重要的就是玻璃的制造，有了无色玻璃，大明的各种光学器材才能够发展起来，不仅仅是官军需要，钦天监等其他部门也都需要这些器材。
朱载坖召见他们主要是对他们加以赏赐，同时托他们给教皇去信，表达善意，当然朱载坖的善意不是白表达的，整点西洋的各种书籍、海图、地图等过来才是真的，有了大明皇帝的亲笔书信，这些传教士们也认为可以对教廷有所交代了，他们欣然答应了朱载坖的要求。
朱载坖也命令陆绎要严密检查他们的书信，严防他们向西洋泄露大明的情报，尤其是有关科技、军事等方面的信息，而李成梁也向朱载坖上了密疏，同时向朱载坖进贡西域良马五百匹，李成梁认为现在时机已经成熟，他奏请再给他两万精骑，同时从土默特部中征召一些打过瓦剌的老兵，就可以对西域用兵的。
西域用兵的窗口很短暂，夏季酷热，冬季严寒，都是难以用兵的，所以李成梁请求朱载坖调拨大量的御寒衣物，同时在今年先用兵打通从哈密到伊犁也就是亦力把里的道路，因为这里水草丰美，便于大军屯驻，然后在向北推进，直抵唐努乌梁海，形成对于西域南部居高临下的优势。
朱载坖同意了李成梁的上奏，让李成梁相机战守，同时命令从三千营、蓟辽大宁等镇抽调精骑二万，由三千营总兵哱拜指挥，驰援李成梁部，土默特部也要由朱载坖下达诏命，要求土默特部和大明一道征讨瓦剌，朱载坖很清楚，从俺答汗开始，土默特部和瓦剌早就是生死仇敌了，在这点上土默特部和大明的利益是一致的。