现在关键的问题还是朝廷和地方的财政分配问题，朱载坖的看法很简单，地方财政要保证地方官府能够履行职能，但是不能够放任地方官府的做大，这点是很重要的，不管是朱载坖还是朝廷重臣们，对于此事都是极为防范的，地方势力不能做大，这点是很关键的事情，对于如何分配这些赋税，朱载坖认为还是要分类处理的。
对于一些经济实力雄厚，赋税数量很大的州府，朝廷肯定是要予以重点关注的，对于这些州县的赋税，朝廷要直接予以监管，保证朝廷的收入。
而对于普通的州县，则要制定相应的分配规则，对这些赋税予以分配，既要保证州县官府的正常运作，也要保证足额钱粮的起运，还有一些则是相对贫困的州县，朝廷为了保证州县官府的运作，肯定是要予以扶持的，为了支持这些落后州县的发展，朝廷甚至是要拨款予以扶持的。
朱载坖的这个分类处理的办法其实是得到了大家的赞同，因为现在闹得最厉害的，就是这些经济相对比较好的州县，因为他们可以从中获取大量的钱粮，所以他们的声音是最大的，这点朱载坖还是知道的。所以朱载坖首先要做的就是确定好这些州县的管理，朱载坖命令户部，将工商赋税预期很高的州府予以罗列，现在制定对于这些州府的管理办法，然后再处理其他的州县。
户部很快就向朱载坖奏报了这些州县的名单，分别是直隶顺天府、天津府；山西太原府；山东济南府、德州；陕西西安府；四川成都府；湖广武昌府、长沙府；南直隶应天府、常州府、扬州府、淮安府、苏州府、松江府；浙江杭州府、嘉兴府、绍兴府、湖州府；福建福州府、台湾府；广东广州府、肇庆府；交趾交州府；云南云南府；贵州贵阳府，这些州府，要么是省会，要么是经济发达的地区，确实是要加以重点管理的地方。
对于这些地方的赋税，朝廷和地方实施动态分配，除了地方的开支之外，剩余的钱粮都要解运朝廷，由朝廷支配，当然了，既然朝廷从这些州府获得了相对多的赋税，对于这些州县的正印官，也要适当的给一些好处，除了应天府和顺天府已经是正三品衙门之外，对于其他的州府，正印官和佐贰官俱升半级，加俸一等，部分重要的城市，如苏州府、松江府、广州府、杭州府、天津府，知府升正三品，秩同布政使，以示朝廷对于这些州府的优待和重视。
当然这些州府的正印甚至佐贰官都是要经过吏部部选之后上奏内阁，然后经皇帝御批之后才能够任命的，属于地方官中的肥缺。
而对于一般的州府，则在核算之后留下部分赋税以供州县开支，剩余的也要解运朝廷，而对于相对贫困的州府，则是由朝廷予以资助，保证地方官府的正常运转，以这个作为基准，建立朝廷和地方的分税制度，同时除了州县之外，省级一样也要建立自己的财政体系，除了由朝廷直接控制这些州府的财政，其余州府的留存钱粮中，还有由一部分要上交给省级，作为省级财政的开支，由巡抚负责编制本省的财政预算，同时还要实施省内的重大工程。
这样的话，从朝廷到省然后再到府州县，建立了一整套的财政体系，而巡按御史、各分守道、户部的各分司，则是监察机构，专门负责对于地方的财政用度进行监察。
在具体的赋税征缴上，加重税务总署的权力，以税务总署作为大明朝廷的税务机关，总领天下赋税之事，地方的所有课税机构，除了海关和市舶司受海关总署的管理之外，其余都要受税务总署的管理，税务总署向各省和重要的地方派出分司，负责一定区域内的赋税征缴，查缉等事项。
对于发现有偷税漏税的情况，立即移交地方法司侦办处理，重大案件要上陈户部和刑部，上达天听，严密赋税的征收，朱载坖命令各地督抚就这个分税方案予以讨论，虽然很多东南和南方的地方官员认为朝廷将绝大部分的税收都予以起运了，对于东南和南方各省的支持力度不够，但是大部分的督抚还是赞同这个方案的。
而通过各个行会，商人们和这些工场主对于朝廷的这个工商则例还是能够接受的，毕竟除了一些奢侈品被可以重税之外，大部分的商品的税率都在十分之一作用，一些大宗商品甚至只有百分之三四，税率相对并不高，但是商贾们担心的是重复征税的问题，尤其是在流通税这个环节，以往朝廷的钞关就经常重复征税。
除此之外，他们还建议出口商品免征流通税，因为他们认为出口商品已经征收了关税了，再征收流通税有重复征税的嫌疑，这点朱载坖并不认可，流通税是针对国内市场的流通，关税是出口赋税，两者不能等同，但是可以采取出口退税的措施，用以鼓励出口，对于朝廷鼓励出口的产品，退还已纳的国内税款，即商家在商品报关出口时，退还其生产该商品已纳的国内税金。出口退税，有利于增强本国商品在国际市场上的竞争力，这是可以采用的一个方式。
对于现在的大明来说，面向海洋，增加出口是一个极为重要的措施，朱载坖一向都是采取鼓励出口的政策，支持大明的各种产品向南洋、西洋出口，赚取金银和其他大明所必须的物资，所以对于出口产品，符合条件的，可以予以退税，用以鼓励出口。
朱载坖很清楚，赋税不仅仅是朝廷获取钱粮的手段，也是朝廷干预经济的重要的手段，朝廷要利用好赋税，作为管理经济的重要办法，这才是朱载坖所要达到的目的。
商人们对于各种契税也是有一些看法的。