在朱载坖的命令之下，大明朝廷也开始重新运作起来了，在朱载坖的指令之下，各部院也开始行动起来，对于朱载坖的来说，眼下的重要事情就是筹备有关经略西域的事情，朱载坖命令在哈密等处兴建大型仓储，储备相应的道路，同时还要修通道路，保障官军的后勤。
测绘地图，为官军的行动的提供相应的保障，同时官军在甘肃、青海的马场也要为官军提供战马，训练西北数镇的官员，为了经略西域，朱载坖已经做了很大的准备，但是朱载坖认为目前还不够，因为西域的面积实在是太过广大，远远超过大明之前所征服的领土之和，而且受限于地形和气候，官军的行动也受到很大的影响，所以大明必须严密组织，周密计划才行。
而对于朱载坖来说，要做的事情还有很多，朱载坖之前就命令礼部征集天下的古籍善本，朱载坖要编撰一本丛书，和永乐大典这样的类书不同，丛书的体量更加庞大，编撰的难度更大，而且和传统的经史子集不同，这次朱载坖所要编撰的，是一本百科全书，要更加注重于自然科学和技术类的书籍，所以不仅仅是翰林院，还有文思院、翰林医官院等相关的衙门都要参与进来，所调动的人力物力都是非常之巨大的。
而且和之前所编撰的这种丛书、类书不同，之前历代所编写的这种丛书、类书，虽然编撰起来，往往是藏之内府，密不示人，之前的永乐大典就是如此，虽然予以编撰，但是对于大明的作用其实是微乎其微的，永乐大典从编撰以来，除了世宗皇帝看得比较多之外，其余的皇帝甚少翻阅，甚至出现了翰林院的小吏盗窃永乐大典的事情。
这次朱载坖准备编撰的百科全书，要具备更加的强的实用性，同时覆盖的人群也要更广，不仅仅是为了皇帝装点所谓的盛世所用，更加重要的是要成为一部能够惠及百姓的书籍，这点是很重要的，不过编撰丛书或者是类书是一件工程量极为浩大的事情，所需要的钱粮数量是非常之多的。
嘉靖朝的时候，曾经重新抄录过一次永乐大典，所耗费的钱粮就是极大的，因为像这样的书籍，是不可能的刊刻的，朝廷也没有这么大的投入来刊刻这种大部头的书籍，唯一的办法就是抄录，也就是所谓的抄本，一个字一个字的抄，永乐大典多少字呢？也不太多，全书缮写成卷，目录60卷，成书册，约3.7亿字，汇集古今图书近8000种。
嘉靖年间那一次重抄永乐大典，由吏部和礼部主持了“糊名考试”，选拨出109位善书人。内府调拨了画匠、砑光匠、纸匠等。惜薪司、光禄寺和翰林院也分别负责木炭、酒饭和“月米”的供应。耗时达十年之久，而且现在抄书纸张也是不菲的，朝廷所用的各种公文纸张，主要是取自于江西广信府。
朱载坖要编撰图书，纸张的问题必须先解决了，否则的话，就是空谈了，朝廷现在所用的纸张，大多是江西布政使司各府县所造的，主要有竹纸，以山竹为主要原料：皮纸，以桑、楮等树皮为主要原料；草纸，以稻草、麦秸等为主要原料。各类纸又以工艺过程、规格、用途不同而有多种名称。其中，玉山、铅山、永丰、上饶四县所产纸张尤为着名。
供朝中各衙门给皇帝写奏疏用的奏本纸，每年派造30万纸，由铅山县石塘制造，所需费用732元，由南昌、抚州、建昌、广信四府督造，这个价格简直是在明抢，朱载坖并非不知世事的皇帝，在京师，奏本纸一百张大概的价格在六钱到七钱之间浮动，朝廷给江西的这个价格简直是在胡扯。
所以之前江西的地方官员也上疏，表示很难完成朝廷的督造任务，他们在奏疏中表示：“广信府铅山、玉山、永丰三县，原系产纸地方，既钦依派造，自应如期速完解进，缘在官积槽悉系市井豪猾，原非本业纸户，瞰文一到，居为奇货，百计钻营，始以夤缘之费酬干请，继以分例之费以贿赂官吏，后将领出余银转展觅息，及奉臣等严限催督，仅照时估，向本业纸户勒买供官，毫无加益。”
之前严世蕃也上疏讨论过这个问题：“重纸铺户止应办各衙门公用纸劄，衙门既多取用无时，差重人少，已不能胜。自二十一史之书成，纸张数多，印刷甚众，而乃加灾于铺户。又有以公用之余纸给铺户，以追其价。久藏之故纸发铺户，以换其新交纳之时，又不免有前项诸费。此重纸之所以困也。”
对于这些事情，朱载坖也是很清楚的，所以朱载坖首先是要解决大量的纸张问题，朱载坖认为派造的价格太低，是这些造纸户不愿意承接朝廷纸张的主要原因，朱载坖命令江西地方官府提高纸张价格，与市价差不多，由于朝廷所需要的纸张数目庞大，所以在价格上可以有所减少，但是也要保证民间有一定的利润。
同时为了保证这些书籍能够对天下有所帮助，朱载坖的思考是否采取刻板的形式，以便于大量的印刷书籍，虽然现在已经有活字印刷了，但是对于大规模印刷来说，刻板仍然是最好选择，而大明皇家内府所藏的书籍，大多是抄本，这些抄本的流传中，不可避免的会发生讹误，最简单的例子就是明实录的流传。
原本实录乃是朝廷的文书，在修成之后深藏内府，等闲人是看不到的，但是朱载坖为了编修本朝国史，开国史官，大量的官吏得以见到原本深藏于内府的实录，这些官吏们借此机会抄录大量的实录抄本，在市面上流传，但是这些抄本谬误颇多，甚至有些故意歪曲，为之后明实录的勘误造成了极大的麻烦。